Discussion :

[Kro86]

Bonjour,

J'espere etre sur le bon forum.
Je travaille sur des sequences d'images .tif, j'ai trouve comment les diviser en plusieurs images pour pouvoir travailler dessus sous Matlab, mais je n'arrive pas a les enregistrer une fois traitee dans un autre fichier .tif. J'ai cherche dans l'aide mais tout ce aue j'essaye me donne un fichier ou seule la derniere image de la sequence est enregistree. J'ai utilise imwrite et a mon avis c'est moi qui fait une betise.
Merci d'avance.

[Caro-Line]

Peux-tu nous montrer ton code ?
En particulier lorsque tu divises ton image en plusieurs images : dans quelle(s) variable(s) sont enregistrées ces nouvelles images.

[Kro86]

Salut
Bien sur, voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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info = imfinfo('C:\Documents and Settings\GaudinC\Desktop\caro\image\0110074bewerkt-1_20nm.tif');
hauteur = info(1).Height;
largeur = info(1).Width;
 
 
init = uint8(zeros(hauteur,largeur,1,200));
% the movie will cut in 200 parts
 
for frame=1:200
[init(:,:,:,frame),map] = imread('C:\Documents and Settings\GaudinC\Desktop\caro\image\0110074bewerkt-1_20nm.tif',frame);

J'ai juste mis la partie interressante, ce que je ne sais pas c'est si je dois faire l'enregistrement dans la boucle ou apres et surtout quelle fonction utiliser.
Merci beaucoup.

[Caro-Line]

Pour répondre à ta question finale je dirais de faire l'enregistrement dans la boucle (à moins que tu n'enregistres toutes tes images dans la boucle mais ça ne doit pas être le cas vu ton premier post)
Et pour la fonction IMWRITE est effectivement adaptée.

Par contre ton code ne m'avance guère => quelle est la variable que tu veux enregistrer ? init(:,:,:,frame) ?

D'autre part quel nom donnes-tu à ton fichier ?
Une FAQ qui peut t'aider : Comment nommer une suite de fichiers : nom_1.ext, nom_2.ext... nom_N.ext ?


Sinon le tutoriel Gestion des images peut peut-être t'aider.

[Kro86]

Je dois enregistrer la variable init dans un autre fichier 'essai.tif'' par exemple. Le probleme lorsque je fais l'enregistrement dans la boucle, c'est que je pense que la nouvelle image ecrase la derniere enregistree, car le fichier cree ne contient qu'une seule image. Y a t'il une etape que j'oublie de faire ? Peut etre une option qui m'aurait echappe.
init contient 200 images que je dois sauvegarder dans le fichier 'essai'.

Merci.

[Caro-Line]

Je ne dois pas bien comprendre : tu essayes d'enregistrer 200 images dans un seul fichier image ?
Il me semble bien que c'est impossible
Un fichier image = 1 image.
Donc oui à chaque imwrite sur ton fichier essai.tif l'ancienne image est écrasée.
Ceci dit je ne suis pas une spécialiste des images

Et que se passe-t-il si tu essayes d'enregistrer la variable init "entière" dans ton fichier ?

[Kro86]

J'ai essayer de l'enregister entierement a la fin de la boucle mais j'obtiens un fichier completement vide.
Je suis desolee, je n'est pas ete assez precise, en fait a la base ce sont des sequences video je dois filtrer le bruit image par image et reconstituer un fichier .tif avec toute la sequence.

[vinc-mai]

Je ne dois pas bien comprendre : tu essayes d'enregistrer 200 images dans un seul fichier image ?
Il me semble bien que c'est impossible
Un fichier image = 1 image.

Le format tif permet d'enregistrer une image en ayant plus de 2 dimensions. La troisième dimension représentant ici le temps apparemment.

J'ai pas la solution au problème mais as-tu essayé la fonction imwrite avec l'option WriteMode à append?

[Caro-Line]

Le format tif permet d'enregistrer une image en ayant plus de 2 dimensions. La troisième dimension représentant ici le temps apparemment.

J'ai pas la solution au problème mais as-tu essayé la fonction imwrite avec l'option WriteMode à append?

Merci pour les infos
Mais là apparemment sa variable init a 4 dimensions...
Bien que la 3ème dimension est à 1 c'est bizarre ?

Pourquoi initialises-tu init de la façon suivante ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

init = uint8(zeros(hauteur,largeur,1,200));

[Kro86]

Pourquoi initialises-tu init de la façon suivante ?

euh... j'qi recopier l'aide de matlab en l'adaptant a mon programme c'est vrai que je ne me suis pas pose la question. Peut etre que c'est inutile, je pensai que c'etait le debut de la numerotation de mes images.
Je n'ai pas essayer l'option append, comment elle marche, svp ?

Merci.

[Caro-Line]

Donc un truc à essayer :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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init = uint8(zeros(hauteur,largeur,200));
%blabla
for frame=1:200
[init(:,:,frame),map]=...

Comme ça init ressemblera plus à une variable image à 3 dimensions.
Et tu fais un IMWRITE "global" à la fin de la boucle en enregistrant init en entier.

[Kro86]

J'ai enleve la dimension inutile mais imwrite ne marche toujours pas, il me cree un fichier vide, je l'ai peut etre mal utilise.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imwrite ([init,map],'C:\Documents and Settings\GaudinC\Desktop\Caro\Image\essai.tif','tiff');

Je ne suis pas sure de moi.

[Caro-Line]

Il ne faut pas concaténer tes 2 variables init et map : donc enlèves-moi ces crochets et réessayes.

Pour expliquer : là du coup la matrice (représentant une image, même pas sure) que tu essayes d'enregistrer est [init,map] (je ne sais même pas d'ailleurs comment il ne te sort pas une erreur sur ce coup-là)

[vinc-mai]

Merci pour les infos
Mais là apparemment sa variable init a 4 dimensions...
Bien que la 3ème dimension est à 1 c'est bizarre ?

Peut-être que la troisième est réservée à la troisième dimension de l'espace est la 4ème au temps !??

[Kro86]

Desolee.
J'ai essaye sans les crochets et il me fait une erreur :

??? Error using ==> imwrite
Invalid colormap

Je dois utilise imwrite juste avec ma variable init ? Parce que si je fais ca, il n'y a aucun enregistrement.

[Caro-Line]

J'ai relu la doc de IMWRITE et quand même il y a quelque chose qui m'échappe :

A can be an M-by-N (grayscale image) or M-by-N-by-3 (truecolor image) array. A cannot be an empty array. If the format specified is TIFF, imwrite can also accept an M-by-N-by-4 array containing color data that uses the CMYK color space. For information about the class of the input array and the output image, see Class Support.

Là ta matrice init est soit N*M*200 (ce que tu avais au début), soit M*N*200 donc a priori ça ne peut pas fonctionner (bizarre que tu n'aies pas de message d'erreur à l'appel de imwrite).

Tu peux peut-être tenté la solution de vinc-mai, mais je suis quand même sceptique.
A placer dans la boucle (avec ou sans la variable map) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imwrite(init(:,:,frame),map,'C:\Documents and Settings\GaudinC\Desktop\Caro\Image\essai.tif','tiff','WriteMode','append');

[vinc-mai]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
imwrite(init(:,:,:,1),'matlab.tif','compression','none')
imwrite(init(:,:,:,2),'matlab.tif','compression','none','WriteMode','append')

J'ai essayé ce code avec une image tif 3d. Lorque j'ouvre matlab.tif avec un logiciel d'image, je vois bien une image 3d ayant 2 voxels d'épaisseur.

Cela marche-t-il avec ton image?

Ensuite pour la "map" l'aide indique:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imwrite(init(...),map,...)

J'ai pas de map sur mes images 3d du coup je peux pas essayé.

[Kro86]

Il me met une erreur pour vos 2 suggestions, je ne comprends pas pourquoi.

??? Error using ==> imwrite
Invalid colormap

[Kro86]

c'est bon j'ai reussi

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imwrite([init(:,:,frame),map],'C:\Documents and Settings\GaudinC\Desktop\Caro\Image\essai.tif','compression','none','WriteMode','append');

Je sais, j'ai remis les crochets mais ca a l'air de marcher comme ca.
J'ai juste une derniere question si vous savez comment je peux recuperer le nombre d'images contenues dans un fichier ? J'en ai certain avec 200 images et d'autres avec 600 et je veux automatiser mes traitement pour toutes les images.

Encore merci.

[vinc-mai]

La taille de imfinfo('image.tif') doit être égale à ton nombre d'images.

Sinon le champ ImageDescription de imfinfo donne le nombre d'images. Cependant, je redoute que ce champ soit différent suivant le logiciel utilisé pour enregistrer l'image.