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Il utilise le Jdk du java pour que le Shell comprenne le Java, tu es obligé de l'avoir sur ton pc si tu développes en Java ^^

Oui une simple application console, avec un System.out.println() qui sera ce que tu récupéreras en C#.

EDIT : Dans la classe Main bien sûr ^^

De ce que j'ai pu voir dans les exemples d'utilisation de ce crypte en java ils mettent bien en paramètre un Salt et un Nombre d'itération ^^

Mais sûrement que la classe StandardPBEStringEncryptor...

Si je dis pas de bêtise tu dois faire en sorte d'éxécuter ton .jar dans du Shell, cela est faisable en C# et récupérer le résultat : Lien google
Ou alors passer par un WebService.

Et pour ton...