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Je ne suis pas totalement sur de ce que tu essaies de faire (je n'ai que des connaissances superficielles en 3D) mais pour ce que j'en ai pu tester :

une camera est un nœud et donc on peut la...

Normalement tu peux déclarer un contenu 3D sans soucis dans du FXML.

Cependant, il n'est pas possible de déclarer une SubScene directement dans du FXML (la classe n'a pas de constructeur par...

Oui mais qu'est ce que tu appelles une "fenêtre 3D" ?
Outre Scene, le contrôle pour faire de la 3D en JavaFX 8 s'apelle SubScene ; et utilise les éléments 3D de SceneGraph.

Tout autre façon...