Recherche:

push @{$hash{$key}}, $value;

si la liste n'existe pas, elle sera créée la première fois que tu appelles cette ligne.

n'hésite pas à chercher dans les forums et faq

tu ne retiens la dernière valeur que parce que
$table{Total_Power_net} = $1 ; écrase la valeur précédente.

il te faut donc stocker correctement, pour ça tu as le choix: une liste, une somme, une...

alors oui ça marche mais c'est améliorable

que penses-tu de celle-là:
\s+(\S+)\s+Watt$ ?

tout d'abord, si ce n'est pas déjà fait je te conseille de débuter tes scripts par
use strict;
use warnings;

ensuite veille à tes noms de variables, $line/$ligne, $file_pt1/$file_pt2 (fautes de...