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Non, c'est bien pour ça que j'ai dit conteneur de servlet, JEE est un ensemble de spec, un serveur d'app est un moyen de les mettre en oeuvre via des implémentations fournie.
Un serveur...

Pas forcément, tu peux très bien faire du jee dans un conteneur de servlet plutôt qu'un serveur d'app.

t'es pas obligé d'utiliser un orm, tu peux faire du raw avec jdbc, du dbfirst généré avec jooq, ou effectivement de l'orm, avec jpa et une implémentation, la plus utilisée étant hibernate.