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Quand je fais un nouveau projet C/C++ (avec CDT) sous Eclipse, j'ai la possibilité de faire un "empty project", et là y a rien dedans, donc je fais mon arborescence.

Là je suis sur un projet où...

Si tu crée un projet "Makefile project with existing code", Eclipse ne trifouillera pas dans tes Makefile, tu pourras les définir de A à Z. Je m'en sers pour mes projets où je génère mon Makefile via...