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Très bonne question, je n'ai jamais eu ce problème, je sais juste que c'est possible de modifier le nombre de tables à afficher. Et je suppose que changer la configuration de ton phpmyadmin pourra...

Phpmyadmin limite à l'affichage de 250 tables.

Tu peux le changer dans le fichier "config.default.php" dans le dossier "libraries" de phpmyadmin.

Le champ est
$cfg['MaxTableList'] = 250;