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SQLite possède un vocabulaire SQL limité et ne connait pas les fonctions de regroupements analytiques qui ont été intégrées dans la norme SQL:2003, soit il y a plus de dix ans.

ça ne fonctionne pas n'est pas un message d'erreur.
Décris le problème que tu rencontres.

Une résultat plus sûr :

SELECT (Note1 + Note2) / 2 AS moyenne
FROM ligne_note
Ta modélisation suppose qu'on ne peut avoir que deux notes par matière... C'est limitant.