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Oracle Data Integrator (ex Sunopsis), mais c'est payant.

Pour réduire la volumétrie du fichier généré, il suffit de le compresser avant de le transférer ! Les fichiers de données se compressent...

Plusieurs millions de lignes avec SQL*Loader c'est tout à fait jouable.
Je ne connais pas MySQL, je ne sais pas s'il y a un équivalent aussi performant.

Sinon n'importe quel ETL devrait faire...