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Ah, on voit enfin à quoi ressemble p. Il aura fallu attendre le 22ième post.
Mais c’est quoi ce machin ?
Je vois une chaîne et je me demande quel est le rapport de cette chaîne avec une instance...

Note bien que je ne comprends pas parfaitement tout ce qui se trouve au dessus de la ligne
p.read_Matrice(m2) # partition des log-probabilites maximales en chaque position
parce que je ne connais...

Si le fichier se présente vraiment sous l’aspect que tu décris, on ne peut pas parler de
« la ligne correspondant a la sequence hg.18 »puisque celle-ci s’étend sur PLUSIEURS lignes.


Pour...

Et donc ? y a-t-il besoin de quelque chose de plus, ou bien c’est bon ?

Tes deux fichiers ne sont pas clean, il y a des caractères d’informations avant la chaîne ADN , il y a des fins de ligne \n dans la chaîne et il y a, après comme avant la chaîne, des blancs.

Il...

Quand on ne peut plus, on peut encore.



Pas besoin de créer un dictionnaire deek intermédiaire.
Il faut constituer le dictionnaire p_condensed directement au moment de l’itération dans le...

Mon code ci-dessus est idiot.

Je construis un dictionnaire
position dans ADN : position dans ADN_bases
pour toutes les “position dans ADN“ qui sont celles de lettres AGCT dans ADN (car...

Peut être ai-je mal compris l’objectif, mais le problème qui me paraissait compliqué au départ m’est apparu à la suite de mon précédent post assez simple.

Je me suis donné un brin d’ADN et des...

J’ai regardé sur Wikipedia ce que sont les chaînes de Markov. Ouh , c’est chaud !




Ce que je comprends du reste:

p=partition.Partition()
for s in p:

p est apparemment une instance de Partition() qui contient plusieurs éléments.
Quelle sorte d’éléments ?



p.read_Matrice(m2)
Que fait la méthode...