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Ah oui... J'ai fait une petite erreur de débutant...
Il faut initialiser i à 1, et non à 0, ici :

$contenu = array();
$i=1;

Salut,

C'est ici :

echo '<a href="' . $dir . $contenu[$i] . '">' . $i . '</a>';

Suffit de modifier comme suit :

echo '<a href="' . $dir . $contenu[$i] . '">' . $i+1 . '</a>';