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Dans tes requêtes il y a déjà le nom des colonnes et dans un message tu as donné les index. SHOW CREATE TABLE ne donne pas le contenu de la table mais le script de création de la structure de la...

Tu continues de ne pas écrire tes jointures de manière normalisée ! :fessee:

Il utilise comme index la clé primaire. Quelle est-elle ?

On peut avoir le descriptif complet de la table (SHOW...

As-tu essayé l'une ou plusieurs des commandes d'entretien des tables ?

Je ne suis pas un spécialiste du fonctionnement interne des SGBD mais je pense que ça ne pose pas de problème.
Logiquement, l'index doit être trié de manière croissante donc quand il atteint la...

On peut avoir le nouvel EXPLAIN sans le ORDER ?

Je suppose qu'il y a plus de valeurs différentes sur color_count que sur color_id ?
Essaie d'inverser l'ordre des colonnes dans l'index double sur...

Ceci indique qu'il retient 6396 lignes (sur 48 millions si j'ai bien compris dans un précédent message) et qu'il utilise une table temporaire pour ça.
Le serveur est-il suffisamment dimensionné ?
...

Avec la syntaxe normalisée depuis 1992 pour les jointures, ce sera déjà un peu mieux :

SELECT a.photo_id, a.color_count, b.color_count,c.color_count
FROM photos_colors_new a
INNER JOIN...