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Effectivement, il semble que MySQL tronque les fractions de secondes (vraiment pas bon ce SGBD !).
Il faudra probablement stocker ces fractions de seconde dans une colonne séparée.
mesure (msr_id,...

Un SGBD est capable de traiter de nombreuses requêtes par seconde.

Tu dis que les données arrivent en continu mais le continu réel n'existe pas. Tu vas avoir un programme qui va lire les données...