Discussion :

[loula427]

J'aimerais savoir s'il existe une module bioperl utile pour parser les résultats de Jackhmmer j'ai bien trouver quelques chose :

http://www.bioperl.org/wiki/Module:Bio::SearchIO::hmmer

Mais bon d'après la doc et les test que j'ai pu faire il est seulement possible de parser les résultats de HMMsearch et HMMpfam, cela ne fonctionne pas avec les resultats de Jackhmmer, est ce quelqu'un connait quelques choses qui pourrait faire mon affaire ?

[mathgon]

As tu essayé d'utiliser l'option --tblout de Jackhammer. En produisant un fichier tabulé tu ne devrais pas avoir trop de problème à parser tes résultats?

[loula427]

Merci pour cette suggestion...
Finalement je me suis mon parseur, enfin je suis encore entrain de travailler sur des details mais il semble plutot fonctionner correctement.
Si celui ci interresse des gens ca ne me derange pas de donner mon code source...

Encore merci pour la suggestion, car meme si je ne vais sans doute pas utiliser cette option cela m'a permis de voir une ou deux autres options qui m'interesse fortement .

[mathgon]

Ca serait en effet sympa de donner ton code. Si quelqu'un arrive sur le forum en ayant eu le même problème que toi il sera ainsi dépanné et le sujet pourra être mis en [Réglé]