Discussion :

[Mayeu]

Bonjour,

Voila aprés mainte recherche j'ai trouvé des programme qui m'interesse. Mon but étant la recherche de motif en IUB code dans le génomes de riz.

Donc comment les utiliser dans perl? (la doc et pas toujours clair a mon gout :/) Vont il tourner en local, ou vont t'il se connecter a internet pour aller sur un serveur quelconque?

Voila, si vous savez quelque chose, je vous écouterez avec joie!

Mayeu

Edit : Mon coeur balance plus en faveur de fuzznuc (mes test ce sont avéré concluant a travers le serveur de l'institut pasteur). Maintenant j'aimerai quíl tourne en local par contre ^^ Je continue de me renseigner
Si j'ai une solution je la posterais ici!

[djibril]

c'est quoi "la recherche de motif en IUB code"??
et de quelle doc tu parles? et fuzznuc c'est quoi?
Rechercher un motif, je vois bien mais pour le reste soit un peu plus clair.
Merci

[Mayeu]

Alors, je vais eclaircire tout ca (bon je trouve pas le c cédille sur un clavier qwerty :/).

L' IUB code, ou IUPAC-IUB et un code complémemtaire des acides nucléiques traditionnel (ACTG). En fait il permet de les noter de manière ambigue (si on est pas sur que là ou là ce soit telle ou telle Acide Nucleique) cf ce lien pour l'IUB code : IUB code.

Pour la doc je parle de la doc de BioPerl sur Fuzznuc et TACG.

Fuzznuc et TACG sont deux outils permettant de réaliser la recherche de motif dans des séquences nucléiques. Fuzznuc gère l'IUB code j'en ai eu la preuve dans mon essai mené contre le serveur de l'Institut Pasteur. Fuzznuc fait partie de la suite de logiciel EMBOSS.

TACG et Fuzznuc sont donc tout les deux disponible dans BioPerl, mais je suppose qu'il ne s'agit en fait que de "lien" entre un serveur qui fait les calculs et mon script, mon but serais de le faire tourner en local (fuzznuc) sans avoir a installer (si possible) la suite EMBOSS compléte.

Voila, j'éspère avoir été plus clair que tout à l'heure

Edit : petite précision en sus, ces deux log permettent la recherche de motif, en acceptant un petit nombre de Mismatches (6 max il me semble). Par contre TACG et limité dans la recherche de motif par des motifs inférieurs a 30 acide nucléique (une raison supplémentaire pour laquel je préfère Fuzznuc).

Edit2 : j'ai réussi a obtenir Fuzznuc seul. En compilant le paquet EMBOSS il sort l'executable de chaque petit logiciel qui le compose, dont Fuzznuc il faut juste que je mène un test voir si cela marche ou pas ^^).
J'ai aussi trouvé les paquets de devellopement EMBOSS qui peuvent être utilisé sous Perl. Mais j'ai pas tout bien compris .
Donc voila j'avance pitit a pitit!

Edit3 : Bon la récupération de Fuzznuc seul et pas top :/ Faut que je gère les dépendances non satisfaite et ca iras! Par contre Fuzznuc en local reste trés lent :/ Depuis 40minute il est en train de m'analyser le premier des 12 chromosome du riz :/

[Mayeu]

Alors voila, j'ai finie par dompter Fuzznuc
Donc un petit topo pour ceux que ca interesse :

Que permet Fuzznuc?
Fuzznuc permet la recherche de motif dans des séquences. Il accepte l'IUB code (caractère ambigue autre que N ou X). Personnellement je l'ai testé sur le gènôme du Riz complet.
Pour donner une idée du temps de calcul, en utilisation purement local sur un MacBook avec 1Go de Ram un core 2 Duo a 2Ghz et un disque dur a 5400 trs/min, j'en avais pour 1h30 par chromosome, 12 en tout . Sur les serveurs de l'Institut Pasteur c'était 10 min par chromosome

Ou trouver Fuzznuc?
Fuzznuc ce trouve dans la suite de logiciel EMBOSS. Vous pouvez le tester en ligne sur le site de l'Institut Pasteur, qui a créé de nombreuse interfaces graphique pour des logiciels de l'EMBOSS et autres.

Puis-je réaliser de manière simple un serveur t'elle que celui de l'Institut Pasteur pour fuzznuc?
Parfaitement. En effet la distribution Pise (devellopée par l'Institut Pasteur) et en téléchargement libre (Je ne l'ai pas essayé personnellement).

Et Perl dans tout ca?
Et bien l'implementation de fuzznuc (et de tout les logiciels que l'on trouve dans Pise) a été fait par l'Institut Pasteur. Ainsi lorsqu'on utilise ces méthodes, le travail et soumis à l'Institut par defaut. Mais il y'a la possibilité de le rediriger vers un serveurs autre possédant la distribution Pise installée dessus.
Voir la documentation de BioPerl : Pise, PiseApplication, PiseJob.

Bien sur si vous avez la possibilité d'utiliser un serveur "personnelle" avec Pise installer (genre au labo) cela permettrais de decharger les serveurs de l'Institut

Voila En éspèrant que ca puisse aider quelqu'un d'autre que moi

P.S.: Si vous voulez certain code source que j'ai réalisé (envoie en chaîne de travaux a effectuer, + recupération de resultats). Faites en pars ici, et je les posterais!

[djibril]

Tu peux toujours nous faire un petit topo sur le rôle, l'utilisation de Fuzznuc, de perl dans tout ça, avec une explication des modules bioperl et autres.
C'est une trés bonne idée.
Je te suggére même de faire un beau fichier doc avec tout ça et je l'intégrerai dans le FAQ en attendant de créer un article dédié à la bioinformatique.

[Mayeu]

Ok! Ba dès que j'ai un peu de temps je ferais ça

[Tourniaire]

Salut

J'essaye d'utiliser le logiciel fuzznuc, mais je galère pour le faire fonctionner correctement. J'arrive à entrer les données correctement, du moins je crois, mais je n'ai pas compris comment récupérer les résultats de la recherche. Si quelqu'un habitué à utiliser fuzznuc pouvait me donner un coup de main j'accepterais avec plaisir.

Merci