Discussion :

[thom_v2010]

Bonjour à tous,

J'espère être sur la bonne section du forum pour ma question.

Il se trouve que j'ai un petit problème concernant l'ouverture automatique par macro de stacks sous imageJ.

J'ai une macro qui me permet de trier des images au format dicom en vrac dans des dossiers en fonctions de leurs informations dicom.
Après le tri de celles-ci je souhaiterai ouvrir chacun des dossiers créés en stacks.
j'ai pondu un petit bout de code mais malheureusement cela ne fonctionne pas.
ce qu'il se passe:
- le tri s'effectue sans problème
- j'affiche un message "tri ok"
- je ferme toutes les fenêtres actives de ImageJ pour repartir sur quelquechose de "propre". Le problème existe aussi quand je laisse tout ouvert.
- imageJ m'affiche bien en bas à gauche 2/2 , 3/3 en fonction du nombre d'images par dossiers mais aucune image n'est ouverte et tout en reste là.

ci-dessous la portion de code créant un problème:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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// code de tri des images
 
waitForUser("tri ok");
closeallwindows();
 
for (i=0;i<nb_dossiers_crees;i++){
	nom_dossier_a_ouvrir=dir_creation+"/"+champ[i]+"/";
	openStack(nom_dossier_a_ouvrir);
}
 
 
function closeallwindows(){
	if (isOpen("Results")) {
		selectWindow("Results");
		run("Close");
	}
	if (isOpen("Log")) {
		selectWindow("Log");
		run("Close");
	}
	while (nImages()>0){
		selectImage(nImages());
		run("Close");
	}
	if (isOpen(nom_dossier_pour_tri)) {
		selectWindow(nom_dossier_pour_tri);
		run("Close");
	}
}
 
function openStack(nom_dossier_a_ouvrir){
	nom_dossier_a_ouvrir=replace (nom_dossier_a_ouvrir,"\\","/");
	run("Image Sequence...", "open=["+nom_dossier_a_ouvrir+"] sort");
}

Auriez-vous une idée du problème? une solution?

Merci d'avance.

PS: Je ne programme sous ImageJ que depuis peu et google ne m'a pas permis de solutionner ce problème que ce soit en francais ou en anglais.

[Tchoukatroc]

Bonjour,

C'est peut être le chemin d'accès à ton fichier qui pose problème. As-tu déjà essayé de remplacer la variable nom_dossier_a_ouvrir par un chemin d'accès de l'un de tes dossiers (sous forme de chaine de caractères)?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 run("Image Sequence...", "open=[C:\Mes documents\tonDossier] sort");

[thom_v2010]

Bonjour,

Merci de t’intéresser à mon problème, et pardon pour le retard.
Je viens de faire le test en rentrant directement les adresses des dossiers à ouvrir et j’obtiens exactement le même résultat: les chiffres 1/12 -> 12/12 apparaissent pour un dossier de 12 images mais aucune fenêtre ouverte avec ces images.

Une autre idée?

Merci encore.

[thom_v2010]

Bon , finalement j'ai réussi à faire tourner le programme.

Il se trouve que j'avais simplement oublié qu'en haut, avant mon tri des images j'avais laissé un petit "setBatchMode(true);", du coup l'affichage ne pouvait plus se faire pour la suite.

Merci Tchoukatroc de t'être intéressé à mon problème.