Ouverture image Landsat matplotlib

**romainmill** · 14/12/2013, 22h21

Bonsoir,

Je suis débutant en python, et j'aimerai ouvrir une image Landsat TIFF (taille importante). J'utilise l'éditeur Canopy sous Windows 7, et voici mon programme très simple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
 
 
from matplotlib import pyplot
from matplotlib import pyplot as plt
im=plt.imread('LE72160152001246EDC00_B8.TIF')
plt.imshow(im)
plt.show(im)

Mais bon le programme plante complet, la fenêtre de figure s'ouvre mais rien ne s'affiche (ne répond plus). (même si j'enleve le plt.show(im)).
En fait je suis plus à l'aise en matlab, du coup avec le programme suivant cela marche bien sous matlab :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
imread('LE71490352001241SGS00_B8.TIF');
figure
im=imread('LE71490352001241SGS00_B8.TIF');
imshow(im)

Du coup, je me suis dit que python ne gère pas de la même manière les images.
J'ai donc regardé le type d'image (sous matlab) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
 
  Name          Size                   Bytes  Class    Attributes
 
  im        14301x15781            225684081  uint8

Je ne comprend pas très bien du coup. Est-ce que quelqu'un pourrais m'aider pour faire ce truc simple?

Merci d'avance

**romainmill** · 15/12/2013, 09h58

Ah et j'ai oublié les messages d'erreurs :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
 
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\App\appdata\canopy-1.1.0.1371.win-x86_64\lib\site-packages\IPython\utils\py3compat.pyc in execfile(fname, glob, loc)
    174             else:
    175                 filename = fname
--> 176             exec compile(scripttext, filename, 'exec') in glob, loc
    177     else:
    178         def execfile(fname, *where):
 
C:\Users\Romain\Desktop\Cosi-corr\ouvert_image2.py in <module>()
      9 im=plt.imread('LE72160152001246EDC00_B8.TIF')
     10 plt.imshow(im)
---> 11 plt.show(im)
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\pyplot.pyc in show(*args, **kw)
    143     """
    144     global _show
--> 145     _show(*args, **kw)
    146 
    147 
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\backend_bases.pyc in __call__(self, block)
     88 
     89         if block is not None:
---> 90             if block:
     91                 self.mainloop()
     92                 return
 
ValueError: The truth value of an array with more than one element is ambiguous. Use a.any() or a.all()

Et avec la commande im.any() ou im.all() :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
 
 
plt.imshow(im.any())
---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-7-e5b2c05b0eec> in <module>()
----> 1 plt.imshow(im.any())
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\pyplot.pyc in imshow(X, cmap, norm, aspect, interpolation, alpha, vmin, vmax, origin, extent, shape, filternorm, filterrad, imlim, resample, url, hold, **kwargs)
   2890                         vmax=vmax, origin=origin, extent=extent, shape=shape,
   2891                         filternorm=filternorm, filterrad=filterrad,
-> 2892                         imlim=imlim, resample=resample, url=url, **kwargs)
   2893         draw_if_interactive()
   2894     finally:
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\axes.pyc in imshow(self, X, cmap, norm, aspect, interpolation, alpha, vmin, vmax, origin, extent, shape, filternorm, filterrad, imlim, resample, url, **kwargs)
   7297                        filterrad=filterrad, resample=resample, **kwargs)
   7298 
-> 7299         im.set_data(X)
   7300         im.set_alpha(alpha)
   7301         self._set_artist_props(im)
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\image.pyc in set_data(self, A)
    427         if (self._A.ndim not in (2, 3) or
    428             (self._A.ndim == 3 and self._A.shape[-1] not in (3, 4))):
--> 429             raise TypeError("Invalid dimensions for image data")
    430 
    431         self._imcache = None
 
TypeError: Invalid dimensions for image data

**__dardanos__** · 15/12/2013, 11h18

Salut,
L'erreur vient de la méthode show. Il faut faire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
...
plt.imshow(im)
plt.show()
...

Pas besoin de all ni any.

**romainmill** · 15/12/2013, 20h47

Et non, voilàs ce qu'il se passe avec ce que tu m'a suggérés :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
 
---------
MemoryError                               Traceback (most recent call last)
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\backends\backend_qt4.pyc in resizeEvent(self, event)
    297         self.figure.set_size_inches( winch, hinch )
    298         FigureCanvasBase.resize_event(self)
--> 299         self.draw()
    300         self.update()
    301         QtGui.QWidget.resizeEvent(self, event)
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\backends\backend_qt4agg.pyc in draw(self)
    146         # causes problems with code that uses the result of the
    147         # draw() to update plot elements.
--> 148         FigureCanvasAgg.draw(self)
    149         self.update()
    150 
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\backends\backend_agg.pyc in draw(self)
    449 
    450         try:
--> 451             self.figure.draw(self.renderer)
    452         finally:
    453             RendererAgg.lock.release()
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\artist.pyc in draw_wrapper(artist, renderer, *args, **kwargs)
     52     def draw_wrapper(artist, renderer, *args, **kwargs):
     53         before(artist, renderer)
---> 54         draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
     55         after(artist, renderer)
     56 
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\figure.pyc in draw(self, renderer)
   1032         dsu.sort(key=itemgetter(0))
   1033         for zorder, a, func, args in dsu:
-> 1034             func(*args)
   1035 
   1036         renderer.close_group('figure')
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\artist.pyc in draw_wrapper(artist, renderer, *args, **kwargs)
     52     def draw_wrapper(artist, renderer, *args, **kwargs):
     53         before(artist, renderer)
---> 54         draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
     55         after(artist, renderer)
     56 
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\axes.pyc in draw(self, renderer, inframe)
   2084 
   2085         for zorder, a in dsu:
-> 2086             a.draw(renderer)
   2087 
   2088         renderer.close_group('axes')
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\artist.pyc in draw_wrapper(artist, renderer, *args, **kwargs)
     52     def draw_wrapper(artist, renderer, *args, **kwargs):
     53         before(artist, renderer)
---> 54         draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
     55         after(artist, renderer)
     56 
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\image.pyc in draw(self, renderer, *args, **kwargs)
    362                               " correctly with this backend.")
    363 
--> 364             im = self.make_image(renderer.get_image_magnification())
    365             if im is None:
    366                 return
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\image.pyc in make_image(self, magnification)
    586         im, xmin, ymin, dxintv, dyintv, sx, sy = \
    587             self._get_unsampled_image(self._A, [_x1, _x2, _y1, _y2],
--> 588                                       transformed_viewLim)
    589 
    590         fc = self.axes.patch.get_facecolor()
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\image.pyc in _get_unsampled_image(self, A, image_extents, viewlim)
    202             else:
    203                 if self._rgbacache is None:
--> 204                     x = self.to_rgba(self._A, bytes=False)
    205                     # Avoid side effects: to_rgba can return its argument
    206                     # unchanged.
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\cm.pyc in to_rgba(self, x, alpha, bytes)
    259         x = ma.asarray(x)
    260         x = self.norm(x)
--> 261         x = self.cmap(x, alpha=alpha, bytes=bytes)
    262         return x
    263 
 
C:\Users\Romain\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\lib\site-packages\matplotlib\colors.pyc in __call__(self, X, alpha, bytes)
    605                 # override its alpha just as for any other value.
    606 
--> 607         rgba = np.empty(shape=xa.shape + (4,), dtype=lut.dtype)
    608         lut.take(xa, axis=0, mode='clip', out=rgba)
    609                     #  twice as fast as lut[xa];
 
MemoryError:

C'est assez bizarre d'avoir memory error : j'ai une machine avec 6GO de ram, un processeur 4 coeurs i7...je ne vois pas ce que je peux faire de plus, et cela s'ouvre sans probleme sur matlab !

**romainmill** · 17/12/2013, 10h52

Personne n'a d'idées, de conseils ?

**wiztricks** · 17/12/2013, 12h33

Envoyé par romainmill

Personne n'a d'idées, de conseils ?

Comment faire tomber en marche un programme qui plante parce qu'il n'arrive pas a allouer assez de mémoire (virtuelle) lorsqu'on lui demande d'afficher un TIFF de +200Mo?

Si vous utilisez un OS 64 bits et un Python 64 bits, il faut vérifier que l'OS permet d'allouer une quantité de mémoire virtuelle supérieure a celle que demande l'affichage du TIFF (via Python/Canopy).

Pour les détails du "comment" faire tout ça, c'est essentiellement de l'administration système, des tests d'allocation de mémoire virtuelle.
Ce qui savent traînent en général dans les forum OS.

- W

**fred1599** · 17/12/2013, 13h10

Il est aussi conseillé d'utiliser les outils adéquates (j'y connais pas grand chose mais avec un peu de recherches...) pour faire ce genre de travail et il se trouve qu'une bibliothèque (GDAL) libre existe.

Il ne suffit plus que de retrouver une API Python pour cette librairie grâce à notre ami google, et le résultat est le suivant : GDAL API python

Il en existe peut-être/sans doute d'autres, il faut chercher...

Bonne continuation.

**wiztricks** · 17/12/2013, 13h56

Envoyé par fred1599

Il est aussi conseillé d'utiliser les outils adéquates (j'y connais pas grand chose mais avec un peu de recherches...) pour faire ce genre de travail et il se trouve qu'une bibliothèque (GDAL) libre existe.

Canopy est un bon framework, il inclut aussi GDAL.
Après que veut faire le PO... mystère.

- W

**VinsS** · 17/12/2013, 14h05

Salut,

Il y a une raison pour utiliser Matplotlib ?

Tu veux tracer par dessus l'image ou simplement l'afficher ?

Parce que, une TIFF de 228 Mo, il n'y a aucune raison que ça coince, avec la plupart des frameworks graphiques.

Tu as le lien pour cette image ?

**romainmill** · 18/12/2013, 10h21

Merci pour vos réponses ! du coup je vais regarder un peu du côté des forums OS alors.

VinsS, je cherche à afficher l'image, mais je veux aussi tracer par dessus.

Le lien ? en fait ces images sont téléchargeable via l'USGS http://glovis.usgs.gov/.

mais je peux envoyer par mail aussi.

**wiztricks** · 18/12/2013, 10h26

Envoyé par romainmill

VinsS, je cherche à afficher l'image, mais je veux aussi tracer par dessus.

La vraie question est de savoir si matplotlib est l'outil le plus adapte pour ce que vous voulez faire (compare CGAL déjà mentionne).
Passez du temps a comprendre pourquoi l'image ne s'affiche pas avec matplotlib a peu d’intérêt sans ca.

- W

**romainmill** · 19/12/2013, 14h51

J'utilise canopy express, et il ne comprend ni le module CGAL ni le module GDAL.

Je vais voir comment installer ces bibliothèques du coup.

Ouverture image Landsat matplotlib

Python

Discussions similaires

Partager

Partager