Discussion :

[matt41fr]

Bonjour,

Je suis bloqué dans un code que j'ai téléchargé sur le net (http://www.cis.upenn.edu/~jshi/software/) à cause d'une fonction nommé arpackc. Si j'ai bien compris, à partir de maintenant, je peux faire la même chose que cette fonction (calcul des valeurs propres d'une matrice je pense), en utilisant la fonction eigs. Malheureusement cela ne semble pas fonctionner et ne me donne pas la même chose.

Voilà les lignes originales :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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arpackc( 'dseupd', rvec, 'A', select, 'A', select, ...
                 d, v, ldv, sigma, ...
                 bmat, int32(n), whch, nev, tol, resid, ncv, ...
                 v, ldv, iparam, ipntr, workd, workl, lworkl, info );

que j'aurai espérer remplacer par une simple fonction :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

d = eigs(matrice)

Sauf que la fonction arpackc apparemment, me permet de calculer des vectors propres sur une matrice rectangulaire en passant par des Lanczos vectors (entre autres...). Ca a l'air bien compliqué et je me demande si je peux y faire quelque chose... et surtout si on peut faire la même chose avec la fonction eigs...

D'avance merci

[matt41fr]

Petite précision car le message ci dessus n'était peut être pas très clair...
En fait j'ai essayé d'utiliser le code que j'ai télechargé en suivant les instructions du readme.txt directement, soit :

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% Normalized Cut Segmentation Code %
% %
% Timothee Cour (INRIA), Stella Yu (Berkeley), Jianbo Shi (UPENN) %
% %
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

License
This software is made publicly for research use only. It may be modified and redistributed under the terms of the GNU General Public License.

Citation
Please cite the following if you plan to use the code in your own work:
* Normalized Cuts and Image Segmentation, Jianbo Shi and Jitendra Malik, IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence (PAMI) 2000
* Normalized Cut Segmentation Code, Timothee Cour, Stella Yu, Jianbo Shi. Copyright 2004 University of Pennsylvania, Computer and Information Science Department.

Tested on matlab R2009b.

Installation Notes :

1) After you unzipped the files to mydir,
put the Current Directory in Matlab to mydir

2) In the matlab command prompt,
type compileDir_simple to compile the mex files (ignore the error on the C++ non-mex file; needs to be done once)

3) You can now try any of the functions

type demoNcutImage to see a demo of image segmentation
type demoNcutClustering to see a demo of point cloud clustering


Other top level functions:

NcutImage.m: given image "I", segment it into "nbSegments" segments
[SegLabel,NcutDiscrete,NcutEigenvectors,NcutEigenvalues,W]= NcutImage(I,nbSegments);

ICgraph.m: compute Intervening Contour based pixel similarity matrix W
W = ICgraph(I);

ncutW.m: Given a similarity graph "W", computes Ncut clustering on the graph into "nbSegments" groups;
[NcutDiscrete,NcutEigenvectors,NcutEigenvalues] = ncutW(W,nbSegments);


Release notes:

2010, January 22: release of all c++ source mex files compatible with matlab R2009b
2006, May 04: release version 8: fixed incompatibility issues with new matlab
2004, June 18: release version 7: initial release

Maintained by Timothee Cour, timothee dot cour at gmail dot com

January 22, 2010.

Malheureusement, il semblerait que j'ai un soucis lors de la compilation (je tappe compileDir_simple dans le command line) :

mex -largeArrayDims ._a_times_b_cmplx.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims ._affinityic.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims ._cimgnbmap.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims ._mex_w_times_x_symmetric.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims ._sparsifyc.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims ._spmtimesd.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims a_times_b_cmplx.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims affinityic.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims cimgnbmap.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims mex_w_times_x_symmetric.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims sparsifyc.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims spmtimesd.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)

Une idée ?

[Jerome Briot]

Sur quel système d'exploitation et avec quelle version de MATLAB travailles-tu ?

Quel compilateur as-tu sélectionné avec mex -setup ?

[Jerome Briot]

Si tu travailles sur Windows, voici une version améliorée du contenu du fichier compileDir_simple.m :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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compileDir_simple(Cdir)
if nargin<1
    Cdir=pwd;
end
 
files = dir(fullfile(Cdir,'*.cpp'));
 
oldDir=pwd;
cd(Cdir);
 
for j=1:length(files)
 
    if strncmp(files(j).name,'.',1)
        continue
    end
 
    try
        cm = sprintf('mex -largeArrayDims %s',files(j).name);
        disp(cm);
        mex('-largeArrayDims',files(j).name)
    catch
        disp(lasterr);
        disp('IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)');
    end
end
 
cd(oldDir);

Encore une utilisation abusive de eval

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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cm = sprintf('mex -largeArrayDims %s',files(j).name);
eval(cm);

devient simplement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

mex('-largeArrayDims',files(j).name)

Bref, voici ce que j'obtiens sur Windows 7 64 bits :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>> compileDir_simple
mex -largeArrayDims a_times_b_cmplx.cpp
a_times_b_cmplx.cpp 
a_times_b_cmplx.cpp(52) : error C4430: missing type specifier - int assumed. Note: C++ does not support default-int 
a_times_b_cmplx.cpp(52) : error C2143: syntax error : missing ',' before '*' 
a_times_b_cmplx.cpp(64) : error C2065: 'pntrb' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(65) : error C2065: 'pntrb' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(67) : error C2065: 'b' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(67) : error C2065: 'indx' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(68) : error C2065: 'c' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(194) : error C4430: missing type specifier - int assumed. Note: C++ does not support default-int 
a_times_b_cmplx.cpp(194) : error C2143: syntax error : missing ',' before '*' 
a_times_b_cmplx.cpp(201) : error C2065: 'c' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(211) : error C2065: 'pntrb' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(212) : error C2065: 'pntrb' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(214) : error C2065: 'indx' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(216) : error C2065: 'c' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(216) : error C2065: 'b' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(220) : error C2065: 'c' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(220) : error C2065: 'b' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(222) : error C2065: 'c' : undeclared identifier 
a_times_b_cmplx.cpp(222) : error C2065: 'b' : undeclared identifier 
 
  C:\MATLAB\R2011B\BIN\MEX.PL: Error: Compile of 'a_times_b_cmplx.cpp' failed. 
 
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims affinityic.cpp
mex -largeArrayDims cimgnbmap.cpp
mex -largeArrayDims mex_w_times_x_symmetric.cpp
mex -largeArrayDims sparsifyc.cpp
mex -largeArrayDims spmtimesd.cpp

Le premier fichier a_times_b_cmplx.cpp ne compile pas car ce n'est pas un fichier MEX.
D'où le try-catch et la mention :

IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)

On se demande donc ce que fait ce fichier source dans l'archive zip

Les démos fonctionnent normalement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>> demoNcutImage
Ncut Image Segmentation demo
This is the input image to segment, press Enter to continue...
computing Ncut eigenvectors ...
The computation took 4.3018 seconds on the 160x160 image
This is the edges computed, press Enter to continue...
This is the segmentation, press Enter to continue...
This is the Ncut eigenvectors...
The demo is finished.
>> demoNcutClustering
Ncut Clustering demo
This is the input data points to be clustered, press Enter to continue...
Compute clustering...
The computation took 0.053352 seconds
This is the clustering result
The demo is finished.
>>

[matt41fr]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Sur quel système d'exploitation et avec quelle version de MATLAB travailles-tu ?

Je travaille sur Windows 7 32 bits avec Matlab 2013a.

Je ne m'y connais pas trop en compilation et me perds un peu je crois, je vais tester les modifications listées dans la précédente réponse...

[Jerome Briot]

Comme tu travailles sur une machine 32 bits, enlève l'argument -largeArrayDims utilisé avec mex

Sinon tu n'as pas répondu à ceci ?

Quel compilateur as-tu sélectionné avec mex -setup ?

Voir la FAQ : Fichiers MEX

[matt41fr]

J'ai fait un copier/coller du code proposé dans compilDir_simple (puis save) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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compileDir_simple(Cdir)
if nargin<1
    Cdir=pwd;
end
 
files = dir(fullfile(Cdir,'*.cpp'));
 
oldDir=pwd;
cd(Cdir);
 
for j=1:length(files)
 
    if strncmp(files(j).name,'.',1)
        continue
    end
 
    try
        cm = sprintf('mex -largeArrayDims %s',files(j).name);
        disp(cm);
        mex('-largeArrayDims',files(j).name)
    catch
        disp(lasterr);
        disp('IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)');
    end
end
 
cd(oldDir);

Mais ça ne fonctionne toujours pas... même problème...

mex -largeArrayDims a_times_b_cmplx.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims affinityic.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims cimgnbmap.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims mex_w_times_x_symmetric.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims sparsifyc.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)
mex -largeArrayDims spmtimesd.cpp
Error: Could not detect a compiler on local system
which can compile the specified input file(s)
Error using mex (line 206)
Unable to complete successfully.
IGNORE if the file is a C++ file which is not a mex file (ie without a mexFunction inside)

Et quand je lançe la démo (même problème également) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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demoNcutImage
Ncut Image Segmentation demo
This is the input image to segment, press Enter to continue...
computing Ncut eigenvectors ...
Undefined function 'cimgnbmap' for input arguments of type 'double'.
 
Error in computeW (line 6)
[w_i,w_j] = cimgnbmap([p,q],dataW.sampleRadius,dataW.sample_rate);
 
Error in ICgraph (line 37)
W = computeW(I,dataW,edgemap.emag,edgemap.ephase);
 
Error in NcutImage (line 16)
[W,imageEdges] = ICgraph(I);
 
Error in demoNcutImage (line 23)
[SegLabel,NcutDiscrete,NcutEigenvectors,NcutEigenvalues,W,imageEdges]= NcutImage(I,nbSegments);

[matt41fr]

Comme tu travailles sur une machine 32 bits, enlève l'argument -largeArrayDims utilisé avec mex

Sinon tu n'as pas répondu à ceci ?



Voir la FAQ : Fichiers MEX

Je n'ai pas répondu car je ne sais pas répondre...
Je pensais que j'aurai juste à lancer la fonction compileDir_simple... Mais à en croire ta remarque, c'est faux !

J'ai enlevé l'argument, pas mieux...


Les lignes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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        cm = sprintf('mex -largeArrayDims %s',files(j).name);
        disp(cm);
        mex('-largeArrayDims',files(j).name)

deviennent :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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        cm = sprintf('mex %s',files(j).name);
        disp(cm);
        mex(files(j).name)

Mais la je ne suis pas sur du tout de mes modifications

[Jerome Briot]

Je n'ai pas répondu car je ne sais pas répondre...

C'est expliqué ici : Comment choisir le compilateur à utiliser pour créer un fichier MEX ?

[matt41fr]

Je n'ai qu'un Compiler proposé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 Lcc-win32 C 2.4.1 in C:\PROGRA~1\MATLAB\R2013a\sys\lcc

[Jerome Briot]

La compilateur Lcc ne permet que de compiler du code C (ANSI) pas du C++

Ferme MATLAB et installe ce compilateur : Microsoft Windows SDK for Windows 7 and .NET Framework 4

[matt41fr]

Fait... Mais je suis de nouveau bloqué... Décidemment

Quand je fais mex -setup :

- Si je réponds yes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Please choose your compiler for building MEX-files: 
 
Would you like mex to locate installed compilers [y]/n? y
 
Select a compiler: 
[1] Lcc-win32 C 2.4.1 in C:\PROGRA~1\MATLAB\R2013a\sys\lcc 
 
[0] None

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Select a compiler: 
[1] Intel C++ 13.0 (with Microsoft Software Development Kit (SDK) linker) 
[2] Intel C++ 13.0 (with Microsoft Visual C++ 2010 linker) 
[3] Intel C++ 13.0 (with Microsoft Visual C++ 2012 linker) 
[4] Intel C++ 12.0 (with Microsoft Software Development Kit (SDK) linker) 
[5] Intel C++ 12.0 (with Microsoft Visual C++ 2008 SP1 linker) 
[6] Intel C++ 12.0 (with Microsoft Visual C++ 2010 linker) 
[7] Intel C++ 11.1 (with Microsoft Visual C++ 2008 SP1 linker) 
[8] Intel Visual Fortran 13 (with Microsoft Software Development Kit (SDK) linker) 
[9] Intel Visual Fortran 13.0 (with Microsoft Visual C++ 2010 linker) 
[10] Intel Visual Fortran 13.0 (with Microsoft Visual C++ 2012 linker) 
[11] Intel Visual Fortran 12 (with Microsoft Software Development Kit (SDK) linker) 
[12] Intel Visual Fortran 12.0 (with Microsoft Visual C++ 2008 SP1 linker) 
[13] Intel Visual Fortran 12.0 (with Microsoft Visual C++ 2008 Shell linker) 
[14] Intel Visual Fortran 12.0 (with Microsoft Visual C++ 2010 linker) 
[15] Intel Visual Fortran 11.1 (with Microsoft Visual C++ 2008 SP1 linker) 
[16] Intel Visual Fortran 11.1 (with Microsoft Visual C++ 2008 Shell linker) 
[17] Lcc-win32 C 2.4.1 
[18] Microsoft Software Development Kit (SDK) 7.1 
[19] Microsoft Visual C++ 2005 SP1 
[20] Microsoft Visual C++ 2008 SP1 
[21] Microsoft Visual C++ 2010 
[22] Microsoft Visual C++ 2012 
[23] Open WATCOM C++

mais pour ceux la, j'obtiens le message d'erreur suivant (un exemple) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Warning: The default location for Intel C++ compiler is: 
         "C:\Program Files\Intel\Composer XE 2013" 
         but either that directory does not exist or the configuration 
         is invalid.

[Jerome Briot]

As-tu redémarré l'ordinateur ?

[matt41fr]

Oui je l'ai fait... Quand même :-) !

[matt41fr]

En fait c'est que l'installation ne s'est pas faite !!!
Ca dépasse une fois de plus mes compétences...
Une idée ? Pourquoi je ne peux pas installer Microsoft Windows SDK for Windows 7 ?

A problem occurred while installing selected Windows SDK components.

Installation of the "Microsoft Windows SDK for Windows 7" product has reported the following error: Please refer to Samples\Setup\HTML\ConfigDetails.htm document for further information.

Please attempt to resolve the problem and then start Windows SDK setup again. If you continue to have problems with this issue, please visit the SDK team support page at http://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=130245.

Click the View Log button to review the installation log.
To exit, click Finish.

[matt41fr]

Détail qui pourrait avoir son importance, j'ai un windows 7 entreprise... Et apparemment je ne suis pas le 1er à avoir ce soucis :

http://social.technet.microsoft.com/...s-7-enterprise

[matt41fr]

J'ai résolu mon problème...
Ma solution --> J'ai changé de PC !
J'utilise maintenant une version W7 (non entreprise) avec Matlab 2010.
J'ai pu installer le programme et utiliser les fonctions sans soucis.

Cette solution me plait moyennement, car très peu exploitable d'un PC à un autre, mais c'est un début pour mes tests !

Merci pour votre aide !

[Jerome Briot]

Tu pouvais aussi essayer avec le compilateur gratuit Open Watcom 1.8 en téléchargeant le fichier open-watcom-c-win32-1.8.exe ici