Discussion :

[mellie]

Bonjour,

je développe un programme java en bioinformatique. Ce programme est destiné à être lancé par une commande PHP depuis une application Web et utilise des bibliothèques extérieures sous formes de jar.

Son but est d'extraire les données d'une BD, de traiter ces données, et de créer un fichier MAGE-ML (XML).

Le programme fonctionne bien qd il est lancé depuis eclipse ou en ligne de commande. Par contre, il ne se lance pas avec ma commande PHP. J'ai ciblé le pb : il se situe au niveau de l'uitlisation des bibliothèques extérieures.

Je travaille sous windows et configure mes variables d'environnement de cette façon :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
SET CLASSPATH=C:\Program Files\Java\SDK1.4\jdk\lib;C:\Program Files\Java\SDK1.4\lib;.;C:\Program Files\Java\SDK1.4\lib\MAGEstk-2003-11-13-v1.0-compatible.jar;C:\Program Files\Java\SDK1.4\lib\mysql-connector-java-3.0.14.jar;C:\Program Files\Java\SDK1.4\lib\postgre74.213.jdbc3.jar
SET PATH=C:\Program Files\Java\SDK1.4\jdk\bin;C:\Program Files\Java\SDK1.4\bin

Quelqu'un a t-il une idée sur l'origine du pb? Pourquoi mon prog ne trouve t-il pas mes bibliothèques?

Merci d'avance

[mellie]

je suis vraiment bloquée depuis plusieurs jours avec ça.
Pensez vous qu'il faille spécifier le chemin vers les bibliothèques dans les variables PATH et CLASSPATH? Dans ce cas, où se situe mon erreur...
Faut-il en spécifier le chemin en entrée dans la commande shell?
Y a t-il autre chose à paramétrer?

J'attend des suggestions avec impatience.

[mellie]

J'ai finalement réussi à lancer mon prog java en lui indiquant la location des bibliothèques. C'était un pb de CLASSPATH, mais un set CLASSPATH ne fonctionnait pas bien...
J'ai finalement opté pour :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
$jars = array("", "C:\Program Files\Java\SDK1.4\lib\MAGEstk-2003-11-13-v1.0-compatible.jar",
		 "C:\Program Files\Java\SDK1.4\lib\mysql-connector-java-3.0.14.jar");
$jars = implode(";", $jars);
$jvm_lib="-cp \"$jars\"";
$cmd = "java $jvm_lib Export < configExport.txt > logExport.txt";

Je vais enfin pouvoir avancer...