Discussion :

[david893]

Bonjour,

Je traite des images tomographiques à l'aide d'imageJ. Pour une étude, je souhaiterais additionner toutes les slices sur une seule slice. Il y a t il une solution pour cela ou faut il que je les cumul une par une (travail long et fastidieux... )

Merci d'avance pour votre aide

[ToTo13]

Veux tu mettre toutes images cote à cote dans un stack ou bien veux tu faire une image qui est la somme de toutes les autres ?

[david893]

Je souhaite sommer toutes les images sur une seule.
Finalement, j'ai trouvé comment faire en utilisant une fonction sur imageJ (Image>Stacks>Tools>Grouped Z project>Sum slices)
Merci de ta réponse en tous cas

[ToTo13]

Euh... attention !
La z-projection n'est "normalement" pas une sommation : pour un stack donné, elle analyse les informations de chaque image et selon un critère garde les plus pertinentes. Elle permet donc de transformer un stack 3D en une image 2D.
Cela implique qu'une image peut n'apporter aucune information dans l'image finale.

Normalement, lorsque l'on parle de somme, on pense plutôt à addition.

En revanche, si tu souhaites réellement faire de la z-projection, je te conseille de ne pas utiliser les algorithmes fournis par ImageJ, mais plutôt celui de l'EPFL qui utilise des ondelettes :

AGUET, F., VAN DE VILLE, D. & UNSER, M. (2008). Model-Based 2.5-D Deconvolution for Extended Depth of Field in Brightfield Microscopy. Image Processing, IEEE Transactions on 17(7), 1144-1153

Ils ont un plugin ImageJ pour cela, tu peux simplement contacter l'auteur pour l'avoir.

[ToTo13]

Ben en fait tu peux directement tout trouver ici.