Bonjour à tous,
Je suis confrontée à un problème que je n'arrive pas à résoudre.
J'ai un fichier qui ressemble à cela :
Je souhaiterai trouver la séquence la plus petite que toutes ces séquences partagent entre elle (en gras dans mon exemple), et donc la seule séquence que j'aimerai récupérer est la seq 8 et seq14
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29 >seq1 ACTTTCCACAACGATGGAAGATGATGA >seq2 ACTTTCCACAACGATGGAAGATGATGAA >seq3 ATTCCACAACGATGGAAGATGATGAA >seq4 CTTTCCACAACGATGGAAGATGATGAA >seq5 NTCCACAACGATGGAAGATGATGAAGA >seq6 TACTTTCCACAACGATGGAAGATGATGA >seq7 TACTTTCCACAACGATGGAAGATGATGAA >seq8 TCCACAACGATGGAAGATGATGA >seq9 AAAGAAGAAATTGAATAAATATATGTC >seq10 AAAGAAGAAATTGAATAAATATATGT >seq11 AAAGAAGAAATTGAATAAATATATGTCA >seq12 AAAGAAGAAATTGAATAAATATAT >seq13 AAAGAAGAAATTGAATAAATATATG >seq14 AAAGAAGAAATTGAATAAATATA
>seq8
TCCACAACGATGGAAGATGATGA
>seq14
AAAGAAGAAATTGAATAAATATA
Quelqu'un aurait une idée ?
Partager