Discussion :

[svagrim]

Bonjour,

J'essaye depuis un moment de générer des fichiers tif à partir de matrices de data en format double.
Le but du tif est principalement d'accepter les "double" contrairement à beaucoup d'autre format qui ne gère que des entiers.

donc j'imagine que c'est forcément possible de le faire sous matlab.
mais je trouve pas comment ...

j'ai essayé avec imwrite.
t = tiff('nom','w')
tagstruct = etc ...

je n'y arrive pas.

Si quelqu'un a une idée je suis preneur.

Cordialement,
PS: j'utilise matlab 2009b ou 2010b suivant la station que j'utilise.

[Jean Dumoncel]

Bonjour,

a priori il faut régler les champs BitsPerSample et SampleFormat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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tagstruct.BitsPerSample = 64
tagstruct.SampleFormat = 3

pour que le fichier tiff accepte les double.
A vérifier si cela suffit.

[svagrim]

bonjour,

j'ai essayé ça mais sans résultat.

[Jean Dumoncel]

Peux-tu préciser? Quel est le code que tu as utilisé? Quel résultat obtiens-tu? Comment as-tu vérifier que ça ne marchait pas?

[svagrim]

Alors pour donner un peu plus de détails,

mon image est une image 353*353*15 (c'est un volume quoi)
elle est en niveau de gris (un seul canal à coder, pas en RGB ou autre truc du genre).
Les valeurs sont comprises entre -1 et 1000 en réel.

le code que j'utilise est :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    t = Tiff(filename2,'w');
    tagstruct.ImageLength = size(data,1);
    tagstruct.ImageWidth = size(data,2);
    tagstruct.Photometric = Tiff.Photometric.MinIsBlack;
    tagstruct.BitsPerSample = 64;
    tagstruct.SamplesPerPixel = zsize;
    tagstruct.SampleFormat = 3;
    tagstruct.PlanarConfiguration = 2;
    tagstruct.Software = 'MATLAB';
    t.setTag(tagstruct);
    t.write(data);

j'ai essayé quelques variantes; sampleformat =1 et planarconfiguration = 1.
j'ai essayé d'enregistrer 1 coupe seulement au lieu des 15, quitte à changer le nom pour chaque coupe et avoir 15 fichiers.

j'obtiens soit une image qui est codée en entier et nom pas en réel.
avec une relation entre les entiers et les réels que je ne trouve pas.
je veux dire par là que l'image qui s'ouvre est bien la même visuellement.
mais dans les différentes infos du tiff, je ne trouve pas d'information qui me permettrait de relier les valeurs entières qu'il me retourne aux valeurs réelles que je voulais.

Et des fois je n'obtiens pas d'image dans le sens où j'obtiens un fichier dont je suis incapable d'extraire des informations. Je ne sais pas comment l'ouvrir.

Pierre

[svagrim]

si j'ai bien compris le sampleperpixel est soit 1 soit 3 (niveau de gris ou rgb).
donc dans le code d'avant j'ai essayé sampleperpixel = 1 et enregistrer une coupe du volume à la fois.
avec en resultat une image codée en entier.
dans le code d'avant avec sampleperpixel = 15, je n'arrive pas à ouvrir l'image.
(le but est à terme d'ouvrir le tif avec imagej par exemple avec des données quantitative.)

[svagrim]

Ah au fait, en forçant mes datas en single (au lieu de double), et en mettant bitpersample = 32 ça a marché. (et pour une image 2D, je n'arrive toujours pas à faire les stacks)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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t = Tiff('data_export-matlab-via-windows4.tif','w');
tagstruct.ImageLength = size(data,1);
tagstruct.ImageWidth = size(data,2);
tagstruct.Photometric = Tiff.Photometric.MinIsBlack;
tagstruct.BitsPerSample = 32; % cas du single (64 pour du double)
tagstruct.SamplesPerPixel = 1;
tagstruct.SampleFormat = 3;
tagstruct.PlanarConfiguration = 1;
tagstruct.Software = 'MATLAB';
t.setTag(tagstruct);
t.write(data);
t.close();

Je sais pas pourquoi il veut pas le double.