Discussion :

[pontarose]

Bonjour,

Comment récupérer la ligne ENTIERE de mon fichier fasta?

exemple:
>eb|xxx|xxx; xxxx xxxxx xxxx xxxxx xxxxx
catgtacgtgtagttagtagtacgtcagtacgtca
catgacgtcatgatcctgatcggatacggta

A l'aide de mon script, je récupère seulement: eb|xxx|xxx;
(je pense que cela est du à l'espace après le point virgule!)
Je voudrais récupérer: eb|xxx|xxx; xxxx xxxxx xxxx xxxxx xxxxx

Merci par avance

Mon script:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $file = 'xxx.fa ';
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => $file , '-format' => 'fasta');
my %hash;
my $nb_seq++;
 
while ( my $seq = $in->next_seq() ){
    $nb_seq++;          
    $hash{$seq->seq} = $seq->primary_id ;
}
foreach my $seq (keys %hash){   
    print ">$hash{$seq}\n$seq\n";
}

[Beniou]

Bonjour,

En fait pour Bioperl, l'identifiant fasta est tout ce qui se trouve sur la ligne commençant par ">" jusqu'au premier espace ou retour ligne (accessible via les fonctions primary_id ou display_id). Ensuite, il considère que cela fait partie de la description (avec la fonction desc).

Donc si tu veux récupérer toute la ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $file = 'xxx.fa ';
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => $file , '-format' => 'fasta');
my %hash;
my $nb_seq++;
 
while ( my $seq = $in->next_seq() ){
    $nb_seq++;          
    $hash{$seq->seq} = $seq->display_id.$seq->desc ;
}
foreach my $seq (keys %hash){   
    print ">$hash{$seq}\n$seq\n";
}

[pontarose]

Merci beaucoup Beniou, j'ai compris