Discussion :

[20905313t]

Bonjour,

lorsque je liste tous les fichiers d'un répertoire contenant :
casltel1.dcm
castel2.dcm
...
castel10.dcm
castel11.dcm
etc...
C'est à dire des fichiers rangés dans l'ordre croissant, du premier au n-ième,

le tableau de cellule range les données de la manière suivante :
castel1.dcm => cellule 3
castel10.dcm => cellule 4
castel11.dcm => cellule 5
...
castel2.dcm => cellule 14
castel20.dcm => cellule 15
castel21.dcm => cellule 16

Est-il possible de garder l'ordre croissant des fichiers, correspondant à un ordre croissant de cellules?
Sans renomer tous les fichiers au départ tel que :
castel0001.dcm ... castel0010.dcm etc...

En vous remerciant de votre attention.

[Jerome Briot]

Une solution (il y a sans doute plus simple) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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d = dir('*.dcm');
 
{d.name}
 
num = strread(char({d.name}).','castel%d.dcm');
[idx,idx] = sort(num);
d = d(idx);
 
{d.name}

[20905313t]

désolé, pour le post dans le mauvais forum.

le problème avec :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

d = dir('*.dcm')

c'est qu'il indique seulement les fichiers présents dans notre répertoire de travail. Donc dans mon cas aucun, même si j'ai ajouté le chemin du répertoire dans mon espace de travail.

Mon code qui marche est celui-ci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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directory_name = uigetdir
addpath(directory_name)
filelist = dir(directory_name);
 
for n=3:numel(filelist)
file1 = sprintf(filelist{n,1}.name);
image{n} = dicomread(file1);
end

Maintenant avec ce code mes images ne sont pas dans l'ordre pour les traiter, à cause de filelist.

[Jerome Briot]

Rien ne t'empêche de mixer les deux codes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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directory_name = uigetdir;
 
d = dir(fullfile(directory_name,'*.dcm'));
 
%{d.name}
 
num = strread(char({d.name}).','castel%d.dcm');
[idx,idx] = sort(num);
d = d(idx);
 
%{d.name}

Et sinon plus généralement, la norme DICOM ne spécifie pas que le nom des fichiers soit utilisé pour le classement des images. En théorie, il te faut au mieux le fichier DICOMDIR, au pire lire toutes les images et les classer par date/heure d'étude et d'acquisition.

Mais bon dans ton cas, les images sont peu être dans le bon ordre quand même...

Et aussi si le nom des fichiers est plus générique, tu peux essayer :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

num = strread(char({d.name}).','%*s%d.dcm');

[20905313t]

Merci encore pour le code.
Dans le cadre de l'exemple castel%d, cela marche très bien.
Sinon mes images dicom sont issues d'une acquisition volumique donc elles ont un ordre précis.

Le point général que tu as mentionné m'intéresse particiulièrement, mais le code renvoie systématiquement une erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

num = strread(char({filelist.name}).','%*s%d.dcm');

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Error using ==> dataread
trouble reading integer from file (row1, field2) ==> castel2.dcm castel3.dcm castel4.dcm castel5.dcm
Error in ==> strread at 51

J'ai essayé d'autres formats, d'autres syntaxe et même de regarder comment est fait la fonction strread mais je reste bloqué.

[Jerome Briot]

Arf... désolé...

Une solution :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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names = [filelist(:).name];
idx = isstrprop(names,'digit');
names(~idx) = ' ';
num = str2num(names)

ou encore :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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matches = regexp([filelist(:).name],'\d*','match')
num = str2num(char(matches))

[20905313t]

bonjour,

Je te remercie pour toutes ces réponses, cela m'aide beaucoup.
Toutes les solutions marchent très bien.