shell function et subprocess

bonjour,
Par avance désolé pour la longueur de cette question, mais je tourne en rond sur ce problème depuis 3 semaines. J'ai essayé de faire un exemple simple.
Je suis sous linux et je suis dépendant d'un environement de dev que je set via des bash fournis par une infra.
Pour la suite, considérons que le fichier tar joint est décompressé dans /tmp (tar -C /tmp/ -xvf env.tar.gz)

Pièce jointe 613526


je veux scripter via python la séquence suivante

~$ . /tmp/tools/setEnv
~$ activateEnv v1
~$ rootCmd.sh
runing rootCmd : /tmp/tools/envs/cmds/common/rootCmd.sh
calling subCmd : /tmp/tools/envs/cmds/v1/convert-1.0.3.sh -u http://www.operation.com/api/
convert : trying reaching http://www.operation.com/api/
~$ activateEnv v2
~$ rootCmd.sh
runing rootCmd : /tmp/tools/envs/cmds/common/rootCmd.sh
calling subCmd : /tmp/tools/envs/cmds/v2/inspect-1.4.2.sh -u http://www.audit.com/api/
inspect : trying reaching http://www.audit.com/api/

mon soucis, c'est que setEnv definis des fonctions shell (ici activateEnv), et positionne des variables.
Pour les variables j'ai pu régler le problème en passant par une fonction python qui après chaque call de commande récupère les variables et vient les setter dans l'environement python.
cf /tmp/python/utils.py

Code:

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def call_cmd(cmd): with tempfile.NamedTemporaryFile() as f: call = cmd + ' && env>' + f.name out = (subprocess.Popen(call, shell=True, stdout=subprocess.PIPE).stdout.read().decode('utf-8')) for e in f.read().splitlines(): e = e.decode('utf-8').strip().split('=') os.environ[e[0]] = e[1] return out

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si je scripte la séquence initiale, j'obtiens une erreur car la fonction shell activateEnv n'est pas trouvée

~$ python3 /tmp/python/script_KO.py
***** ENV V1 *****
/bin/sh: activateEnv: command not found
/tmp/tools/envs/cmds/common/rootCmd.sh: line 4: /-.sh: No such file or directory
runing rootCmd : /tmp/tools/envs/cmds/common/rootCmd.sh
calling subCmd : /-.sh -u

***** ENV V2 *****
/bin/sh: activateEnv: command not found
/tmp/tools/envs/cmds/common/rootCmd.sh: line 4: /-.sh: No such file or directory
runing rootCmd : /tmp/tools/envs/cmds/common/rootCmd.sh
calling subCmd : /-.sh -u

Code:

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utils.call_cmd('. /tmp/tools/setEnv')   print ('***** ENV V1 *****') utils.call_cmd('activateEnv v1') o = utils.call_cmd('rootCmd.sh') print(o)   print ('***** ENV V2 *****') utils.call_cmd('activateEnv v2') o = utils.call_cmd('rootCmd.sh') print(o)

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pour que ça fonctionne, il faut que j'appelle setEnv avant chaque activateEnv

~$ python3 /tmp/python/script_OK.py
***** ENV V1 *****
runing rootCmd : /tmp/tools/envs/cmds/common/rootCmd.sh
calling subCmd : /tmp/tools/envs/cmds/v1/convert-1.0.3.sh -u http://www.operation.com/api/
convert : trying reaching http://www.operation.com/api/

***** ENV V2 *****
runing rootCmd : /tmp/tools/envs/cmds/common/rootCmd.sh
calling subCmd : /tmp/tools/envs/cmds/v2/inspect-1.4.2.sh -u http://www.audit.com/api/
inspect : trying reaching http://www.audit.com/api/

Code:

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print ('***** ENV V1 *****') utils.call_cmd('. /tmp/tools/setEnv && activateEnv v1') o = utils.call_cmd('rootCmd.sh') print(o)   print ('***** ENV V2 *****') utils.call_cmd('. /tmp/tools/setEnv && activateEnv v2') o = utils.call_cmd('rootCmd.sh') print(o)

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Dans mon exemple ça n'a pas d'impact. En revanche dans le vrai cas d'usage, setEnv est très très coûteux.
Je précise que la solution ne peux pas passer par une modification des shells dans /tmp/tools. Dans mon cas cette partie est fournie et non modifiable.

D'avance merci pour votre aide

Bonjour

Citation:

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Envoyé par crashXpert

mon soucis, c'est que setEnv definis des fonctions shell (ici activateEnv), et positionne des variables.
Pour les variables j'ai pu régler le problème en passant par une fonction python qui après chaque call de commande récupère les variables et vient les setter dans l'environement python.

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Si j'ai bien compris, tu voudrais que ton script Python puisse appeler la fonction shell "activateEnv", fonction créée dans le progamme "setEnv" et appelé avant que Python ne soit lancé.
Je suis désolé, ce n'est pas possible.

Sous Unix/Linux, il y a un grand principe: indépendance des processus. Chaque programme que tu appelles (ls, vi, rm, cp, cat, echo, ...) génère un processus, un environnement dans lequel le programme va travailler. Ce processus, qui possède sa propre mémoire, sa propre gestion de périphériques, est totalement indépendant et isolé du shell dans lequel toi tu te trouves quand tu appelles le programme. On appelle cet environnement un "fils" (le fils de l'environnement dans lequel toi tu te trouves)

Or, contrairement aux variables du shell (ex HOME, LOGNAME, PATH) les fonctions qui sont dans ton environnement à toi ne sont pas exportables à tes fils. Tu aurais dit "j'ai une variable toto j'aimerais que Python la connaisse" ok ça aurait pu se faire => import os; print(os.environ["toto"]) à condition que "toto" ait été exportée (rôle de la commande "export" du bash qui permet à une variable d'être automatiquement transmise à chaque fils à sa création).
Mais impossible à Python (qui, comme tous les autres programmes Unix, tourne lui-aussi dans un processus indépendant) de connaitre les fonctions de ton environnement. Donc Python ne connaissant pas "activateEnv", ses propres fils (qui sont les sous-processs créés par call_cmd()) ne la connaissent pas non plus.

Désolé.

Salut,

La suite de commandes bash:

Code:

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. /tmp/tools/setEnv activateEnv v1 rootCmd.sh

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devrait pouvoir s'exécuter avec un seul appel à subprocess. Un truc genre:

Code:

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commands = '''./tmp/tools/setEnv activateEnv v1 rootCmd.sh''' subprocess.run(commands, shell=True,...)

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note: je n'ai pas essayé/testé.

- W

Citation:

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Envoyé par wiztricks

Code:

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1 2 3 4

commands = '''./tmp/tools/setEnv activateEnv v1 rootCmd.sh''' subprocess.run(commands, shell=True,...)

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Attention, ce n'est pas "./tmp/tools/setEnv" mais ". <espace> /tmp/tools/setEnv", ls ". <espace>" étant une syntaxe signifiant "exécute le script dans le shell courant et non dans son fils" et qu'on voit souvent dans des commandes telles que . .profile. Ensuite cette syntaxe peu lisible a été remplacée par source dans les shells plus récents => source /tmp/tools/setEnv.

Citation:

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Envoyé par wiztricks

note: je n'ai pas essayé/testé.

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Je l'ai fait mais ça n'a pas été une réussite
1) un source "fct.sh" contenant

Code:

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1 2 3 4 5

#!/bin/bash   fct() { echo ok }

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Je charge le script via source fct.sh (ou . fct.sh) et je peux appeler fct => j'obtiens "ok" à l'écran.

2) un script Python contenant

Code:

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1 2 3 4

#!/usr/bin/env python   import subprocess subprocess.Popen("source fct.sh; fct", shell=True)

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Ben que dalle, "source" n'est pas connu. Remarque le message d'erreur vient de /bin/sh ("source" est une commande bash) mais même avec subprocess.Popen(". fct.sh; fct", shell=True) ça ne change rien.
Ensuite on peut peut-être essayer voir du côté du paramètre "env" de Popen() mais là ça dépasse mes connaissances (et qqchose me dit que c'est limité aux seules variables). Mais même si on y arrive de cette façon, le PO ne souhaite pas appeler setEnv à chaque fois (trop lourd), il aimerait l'appeler une fois avant d'appeler Python et ça...

Citation:

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Envoyé par Sve@r

1) un source "fct.sh" contenant

Code:

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1 2 3 4 5

#!/bin/bash   fct() { echo ok }

---

Je charge le script via source fct.sh (ou . fct.sh) et je peux appeler fct => j'obtiens "ok" à l'écran.

2) un script Python contenant

Code:

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1 2 3 4

#!/usr/bin/env python   import subprocess subprocess.Popen("source fct.sh; fct", shell=True)

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Ben que dalle, "source" n'est pas connu.

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subprocess.Popen(["/bin/bash", "-c", "source fct.sh; fct"]) marche et affiche "ok".

Par contre, effectivement, comme les processus sont indépendants, les appels suivants à Bash ne connaîtront pas la fonction fct sans la recharger : subprocess.Popen(["/bin/bash", "-c", "fct"]) ne marchera pas.

Remarque pour tout le monde : en Python, pour le module subprocess, sur Linux hors Android, shell=True revient à remplacer le premier argument (la commande) args par ["/bin/sh", "-c", args] ou ["/bin/sh", "-c"] + list(args) : https://github.com/python/cpython/bl...py#L1693-L1707

Or, sur les distributions Linux que je connais, sh n'est pas un alias de Bash. Par exemple, sur Ubuntu, depuis un certain temps, sh est un alias de Dash : https://wiki.ubuntu.com/DashAsBinSh

Si vous voulez exécuter du Bash, il faut oublier shell=True et passer directement en premier argument quelque chose de la forme ["/bin/bash", bashScriptFilePath] ou ["/bin/bash", "-c", bashCodeString] ou ["/bin/bash", "-ceou", "pipefail", bashCodeString].

En fait le soucis ici, c'est de savoir comment il veut passer les différente commandes au shell:
-En une seul fois (donc là , c'est simple)
-De façon fragmenter, c'est à dire:
-une commande shell
-python fait des actions
-une autre commande
-python
...
Et dans ce cas, c'est plus compliqué, car pour ne pas à avoir a rejouer le setEnv à chaque fois, il faudra créer un process bash qui communique avec le python en permanence, or subprocess ou autre n'implémente pas cette feature.
si on passe par popen (ou run), on ne peut faire qu'un seul envoi de commande car le stdin du process bash est fermé dans la foulée et donc on ne peut faire un autre envoi.
Donc l'astuce, serait que python lance un bash en arrière plan et communique avec lui via des pipe nommé.

Mais avant de sortir l'artillerie lourde, faudrait connaitre vraiment le besoin.

Désolé pour ma reaction tardive, je rentre de congés (et je ne pensais pas que les réponses seraient aussi rapides)
Grand merci pour vos réponses.

Merci disedorgue d'avoir su résumer mon problème en 5 lignes.
C'est exactement ça:

Citation:

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Envoyé par disedorgue

-De façon fragmenter, c'est à dire:
-une commande shell
-python fait des actions
-une autre commande
-python
...

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Donc sur ce patern et en reprenant l'exemple que j'ai fournis, ça donnerait le scripting via python de la séquence

Code:

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. /tmp/tools/setEnv [shell] activateEnv v1 [shell] rootCmd.sh (/tmp/tools/envs/cmds/common/rootCmd.sh sait retrouver et exécuter /tmp/tools/envs/cmds/v1/convert-1.0.3.sh via le setenv de activateEnv v1) [python] some python commands [shell] activateEnv v2 [shell] rootCmd.sh (/tmp/tools/envs/cmds/common/rootCmd.sh sait retrouver et exécuter /tmp/tools/envs/cmds/v2/inspect-1.4.2.sh via le setenv de activateEnv v2) [python] some python commands

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Merci wiztricks et sve@r pour les détails sur les subprocess. J'avais découvert ces comportements empiriquement (sourcing, export), c'est maintenant plus clair. Avec le pattern de ma fonction python [CODE=python]call_cmd[CODE] je contourne le problème des variables d'env (dans mon use case réel, les scripts fournis par mon infra font de l'export).

Code:

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def call_cmd(cmd): with tempfile.NamedTemporaryFile() as f: call = cmd + ' && env>' + f.name out = (subprocess.Popen(call, shell=True, stdout=subprocess.PIPE).stdout.read().decode('utf-8')) for e in f.read().splitlines(): e = e.decode('utf-8').strip().split('=') os.environ[e[0]] = e[1] return out

---

Comme mentionné dans mon message initial, si je préfixe toute mes commandes shell lancées depuis python par . /tmp/tools/setEnv && alors je n'ai plus de soucis avec les fonctions shell non trouvées.
Mais je confirme que dans mon UC réel, l'équivalent du call à . /tmp/tools/setEnv ne doit se faire qu'une fois car extrêmement couteux, mais indispensable pour executer les commandes shells suivantes.

Du coup, comme vérifié par pyramidev, l'export des fonctions shell n'existent pas et il n'y a pas vraiment de solution.

L'idée de disedorgue me conviendrait.
Avoir une sorte de singleton dans python qui représente une sorte de sandbox bash sur laquelle je peux exécuter mes commandes et récupérer les sorties standard (err, out, returncode). Pas de soucis si elle doive persister sur toute la durée de vie de mon process python.

Auriez-vous un pattern à proposer, ou un tuto/doc à me pointer SVP ?

Encore un immense merci pour votre temps.

Voici un poc largement améliorable, dans le même shell, il fait un ls -l, il défini une variable et ensuite il demande la valeur de cette variable et chacune des commandes sont envoyer par le python après la fin de la précédente.
Le gros défaut, c'est que ici, on ne récupère pas directement le status de la commande shell qui a été envoyée, juste son stdout.

Code:

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import subprocess import os   read_path = "/tmp/pipe.in" write_path = "/tmp/pipe.out"   if os.path.exists(read_path): os.remove(read_path) if os.path.exists(write_path): os.remove(write_path)   os.mkfifo(write_path) os.mkfifo(read_path)   myPopen = subprocess.Popen(['bash', '-i'], stdin = os.open(write_path,os.O_RDONLY | os.O_NONBLOCK) , stdout = os.open(read_path,os.O_NONBLOCK | os.O_RDWR),) wf = os.open(write_path, os.O_RDWR) os.write(wf,'ls -l\n'.encode())   fifo=os.open(read_path,os.O_RDONLY)   while True: data = os.read(fifo,1024) print('{0}'.format(data.decode()),end='') if len(data) < 1024: break   os.write(wf,'FOOBAR=valeur1\n'.encode()) print('On a envoyé une commande sans retour stdout, donc on ne lit surtout pas fifo')   os.write(wf,'echo la valeur de FOOBAR est $FOOBAR\n'.encode()) while True: data = os.read(fifo,1024) print('{0}'.format(data.decode()),end='') if len(data) < 1024: break   os.close(wf) os.close(fifo) myPopen.terminate()

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