extraire colonne python3

Salut,

Si vous voulez ajouter une liste à deux éléments à chaque itération, il faut construire la liste à ajouter avec les éléments choisis puis ajouter la liste (plutôt qu'ajouter les éléments).

Poster du code comme:

Code:

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1 2 3 4

if line.startswith('PICK'): l = line.split(' ') d.append(line[3]) d.append(line[5])

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est une très bonne idée mais relisez le avant car ce n'est pas la bonne version (celle qui fait la sortie que vous présentez: line n'est pas l...).

- W

Salut,

Est-ce cela fonctionne vraiment avec l = line.split(' ') ?

Citation:

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Envoyé par Beginner.

Sinon il y aura peut-être aussi un problème par rapport à la ligne 6 l = line.split(' ') car il se peut que les données ne soit pas séparées par un seul espace... D'ailleurs il y a plusieurs espaces entre les données dans le texte posté par judkil... Dans le fichier il se peut que ce soit une tabulation...

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J'ai retiré cette ligne

Code:

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l = line.split(' ')

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car cela ne marchait pas

J'obtiens

Code:

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['N', 'VAL', 'CA', 'VAL']

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et non

Code:

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[['N', 'VAL'],['CA', 'VAL']]

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salut,

Citation:

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Envoyé par judkil

extraire uniquement les lignes avec PICK et les colonnes 3, 4, 6, 7, 8 et 9 (...) Puis convertir la colonne 6 en entier, et mettre les 3 dernières colonnes en format décimal car tout est par défaut en chaîne de caractères. (...) stocké (...) dans une liste nommé liste_atomes

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je choisis de te répondre.

un truc comme ça devrait fonctionner :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

import re   liste_atomes = [] with open('donnees.txt', 'r') as f: for line in f: if line.startswith('PICK'): l = re.split(r'[\s]+', line.rstrip())[2:10] l = l[:2] + l[3:] l[2] = int(l[2]) l[3:] = map(float, l[3:]) liste_atomes.append(l)

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et le résultat :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7

[['N', 'VAL', 1, 10.72, 19.523, 6.163], ['CA', 'VAL', 1, 10.228, 20.761, 6.807], ['C', 'VAL', 1, 8.705, 20.714, 6.878], ['O', 'VAL', 1, 8.164, 20.005, 6.015], ['CB', 'VAL', 1, 10.602, 22.0, 5.966], ['CG1', 'VAL', 1, 10.307, 23.296, 6.7], ['CG2', 'VAL', 1, 12.065, 21.951, 5.544]]

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la compréhension du code est laissée en exercice, si ça t'intéresse.

Oui merci je suis en train de le lire lignes par lignes..... :)

Je pense que je n'ai pas toute à fait bien présenter le problème

Voici le input

Code:

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1 2 3

Voici la position des string pour extraire les chaine de caractere [0:6] [6:11] [12:16] [17:20] [21:22] [22:26] [30:38] [38:46] [46:54] PICK 1291 C ASP B 275 36.749 95.634 34.461

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Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

PICK 1288 ND2 ASN B 274 36.786 93.769 29.079 PICK 1289 N ASP B 275 36.697 93.705 32.859 PICK 1290 CA ASP B 275 37.362 94.316 34.010 PICK 1291 C ASP B 275 36.749 95.634 34.461 PICK 1292 O ASP B 275 36.698 95.930 35.652 PICK 1293 CB ASP B 275 38.837 94.563 33.695 PICK 1294 CG ASP B 275 39.609 93.283 33.449 PICK 1295 OD1 ASP B 275 39.558 92.378 34.313 PICK 1296 OD2 ASP B 275 40.277 93.192 32.395 PICK 1297 N ASN B 276 36.311 96.431 33.496 HETPCK 1587 ZN ZN A 501 45.429 65.126 31.470 HETPCK 1588 ZN ZN B 502 17.304 93.631 37.510

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