extraire colonne python3

Bonjour !

mon_fichier.txt

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 SCALE1 0.015962 0.000000 0.002703 SCALE2 0.000000 0.012132 0.000000 SCALE3 0.000000 0.000000 0.018947 PICK 1 N VAL A 1 10.720 19.523 6.163 PICK 2 CA VAL A 1 10.228 20.761 6.807 PICK 3 C VAL A 1 8.705 20.714 6.878 PICK 4 O VAL A 1 8.164 20.005 6.015 PICK 5 CB VAL A 1 10.602 22.000 5.966 PICK 6 CG1 VAL A 1 10.307 23.296 6.700 PICK 7 CG2 VAL A 1 12.065 21.951 5.544

---

Je travaille sur plusieur de type mon_fichier.txt
J'aimerai créer une fonction où j'extraire uniquement les lignes avec PICK et les colonnes 3, 4, 6, 7, 8 et 9 de mon_fichier.txt. Puis convertir la colonne 6 en entier, et mettre les 3 dernières colonnes en format décimal car tout est par défaut en chaîne de caractères.
J'aimerai enfin stocké ce que je viens d'extraire dans une liste nommé liste_atomes qui écrit la sortie telle quelle:

Code:

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1 2 3

[['N', 'VAL', 1, 10.720 19.523 6.163], ['CA', 'VAL', 1, 10.228, 20.761, 6.807] ...

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Si quelqu'un a une idée ?? :)

Salut,

J'ai essayé de comprendre mais ce fut en vain... Il y a des points que je n'ai pas compris :

Citation:

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Envoyé par judkil

de mon_fichier.txt mais uniquement pour les lignes commençant par atom

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Mais dans l'exemple aucune ligne ne commence par "atom"... Ce mot n'est même pas du tout présent...

Citation:

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Envoyé par judkil

convertir la colonne 3 en entier,

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C'est laquelle la colonne 3 ? Je ne vois pas de nombre à la colonne 3...

Citation:

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Envoyé par judkil

..., et mettre les 3 dernières colonnes en format décimal.

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Ce sont lesquelles les trois dernières colonnes ? Si on regarde votre exemple : ['N', 'VAL', 1, 10.720 19.523 6.163] eh bien on voit que bien trois nombres décimaux (10.720 19.523 6.163) mais ils ne sont pas dans les trois dernières colonnes où on a plutôt ça : 6.163 1.00 21.36 ???

Citation:

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Envoyé par judkil

Bonjour !

mon_fichier.txt

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 SCALE1 0.015962 0.000000 0.002703 SCALE2 0.000000 0.012132 0.000000 SCALE3 0.000000 0.000000 0.018947 PICK 1 N VAL A 1 10.720 19.523 6.163 PICK 2 CA VAL A 1 10.228 20.761 6.807 PICK 3 C VAL A 1 8.705 20.714 6.878 PICK 4 O VAL A 1 8.164 20.005 6.015 PICK 5 CB VAL A 1 10.602 22.000 5.966 PICK 6 CG1 VAL A 1 10.307 23.296 6.700 PICK 7 CG2 VAL A 1 12.065 21.951 5.544

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Je travaille sur plusieur de type mon_fichier.txt
J'aimerai créer une fonction où j'extraire les lignes uniquement avec PICK et les colonnes 3, 4 , 6, 7, 8 et 9 de mon_fichier.txt. Puis convertir la colonne 6 en entier, et mettre les 3 dernières colonnes en format décimal.
J'aimerai enfin stocké ce que je viens d'extraire dans une liste nommé liste_atomes qui écrit la sortie telle quelle:

Code:

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1 2 3

[['N', 'VAL', 1, 10.720 19.523 6.163], ['CA', 'VAL', 1, 10.228, 20.761, 6.807] ...

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Si quelqu'un a une idée ?? :)

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Je viens de réaliser quelques petites corrections pour que ce soit plus claire :)

Cela ne paraît pas bien compliqué.
Ce qui serait bien, c'est que vous mettiez là où vous êtes arrivé et ce que vous avez fait pour tenter de résoudre votre problème.

Et bien je ne sais pas par où commencer

Code:

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1 2 3 4

def function(mon_fichier.txt)   return

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Je ne vois pas comment extraire uniquement les lignes ayant POINT. avec un if et une inégalité ?

Il ne faut peut-être pas exagérer non plus...

Bon okk j'abuse. Je sais qu'il faut que j'utilise un open pour ouvrir un fichier. Un if va me permettre de définir des conditions pour les colonnes. Je vais devoir créer une liste vide, puis utiliser apprend.
Ce sont des morceaux d'idées que j'ai mais pour tout mettre en bloc je ne vois pas.

Dans ce cas, il faut envisager de prendre un tuto et d'apprendre tout cela.
Il ne faut pas hésiter à utiliser les "print" pour voir si ce qui sort correspond à ce que tu attends.

Je suis sur un boulot de plusieurs étapes. Je cherche à résoudre ce problème par une solution possible.

Quand qql a un problème de téléphone, on ne lui dit pas tu vas sur le site d'Androïd essayes d'apprendre le perl. On lui dit l'étape 1 pour résoudre ta panne c'est ça, cliques là. L'étape 2 c'est ça, cliques ici et tous le monde est content et les personnes qui ont le même problème utilisent la même solution et sont contents...

Si quelqu'un a une idée de solution je suis preneur ...... :)

Mais c'est très gentil de ta part de m'avoir apporté un début de réponse.

En fait, ce n'est pas un forum où on demande aux autres de faire son travail, c'est un forum où tu demandes de l'aide quand tu bloques, lorsque tu te trouves en face d'une erreur que tu ne comprends pas. Là, il n'y a aucune recherche de ta part, dirait-on.

Voici un bout de code, que je n'ai pas pris la peine de tester. C'est déjà bien trop vous donner vu le si peu d'éléments que vous avez présenté, et ce n'est pas vous faire un cadeau car rien ne vaut la recherche par soi même pour comprendre.

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

def get_data(fichier): d=[] with open(fichier,'r') as f : for line in f : if line.startwith('PICK'): l = line.split(' ') d.append( [ l[3] , l[5], float(l[6]), float(l[7]), float(l[8]) ] ) return d   print(get_data('mon_fichier.txt'))

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Salut,

Il y a une petite erreur de frappe à la ligne 5 if line.startwith('PICK'): mais je laisse judkil trouver...

Sinon il y aura peut-être aussi un problème par rapport à la ligne 6 l = line.split(' ') car il se peut que les données ne soit pas séparées par un seul espace... D'ailleurs il y a plusieurs espaces entre les données dans le texte posté par judkil... Dans le fichier il se peut que ce soit une tabulation...

Ok je vais réfléchir

Il manque un s après le t à

Code:

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startwith

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Si j'ai bien compris, quand python ouvre un fichier il le voit comme un tableau de colonnes et de lignes ?

Un fichier txt ou csv, oui.

Salut,

Citation:

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Envoyé par judkil

On lui dit l'étape 1 pour résoudre ta panne c'est ça, cliques là. L'étape 2 c'est ça, cliques ici et tous le monde est content et les personnes qui ont le même problème utilisent la même solution et sont contents...

Si quelqu'un a une idée de solution je suis preneur ...... :)

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Dans une logique de dépannage, on a un objet "construit" supposé fonctionner dans des conditions normales de température et de pression.
Beaucoup d'utilisateurs rencontrent les mêmes soucis, partager leur expérience fait du sens.

La programmation est une activité de construction. L'objet qu'on veut construire est à définir et ses caractéristiques pourront évoluer dans le temps.

On ne connait que la première étape: ouvrir des tutos et passer du temps à apprendre.

Ignorer cette étape, c'est ignorer l'étendue de son ignorance sur ce que peut être "apprendre à programmer"...

Citation:

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Envoyé par judkil

Si j'ai bien compris, quand python ouvre un fichier il le voit comme un tableau de colonnes et de lignes ?

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On ne va pas vous expliquer ce qu'est un fichier, vous avez un tuto. dans lequel il y a une table des matières et certainement un ou plusieurs chapitres sur les fichiers.

Si vous les aviez déjà potassé, fait quelques exercices, vous sauriez déjà répondre à cette question par vous même ou aller revoir ce que racontent ces chapitres pour vous rafraichir la mémoire.

Vous auriez même des exercices corrigés qui auraient pu servir de point de départ de votre code.

Allez demander de l'aide dans un forum de professionnels suppose qu'on est suffisamment motivé pour apprendre à programmer et le montrer en postant le code qu'on a essayé de faire...
Sinon, c'est juste considérer que c'est une sorte de hotline de gens qui savent et qui ont du temps pour faire votre boulot (et essuyer des remarques désagréables).

- W

Re-bonjour

Voici un debut de code

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8

d = [] with open(donnees.txt, 'r') as f: for line in f: if line.startswith('PICK'): l = line.split(' ') d.append(line[3]) d.append(line[5]) # le l'essaie avec les deux premières colonne print(d) # avec return j'obtiens un message d'erreur

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Pour extraire les lignes contenant PICK et uniquement les colonnes 3 et 4

données

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 SCALE1 0.015962 0.000000 0.002703 SCALE2 0.000000 0.012132 0.000000 SCALE3 0.000000 0.000000 0.018947 PICK 1 N VAL A 1 10.720 19.523 6.163 PICK 2 CA VAL A 1 10.228 20.761 6.807 PICK 3 C VAL A 1 8.705 20.714 6.878 PICK 4 O VAL A 1 8.164 20.005 6.015 PICK 5 CB VAL A 1 10.602 22.000 5.966 PICK 6 CG1 VAL A 1 10.307 23.296 6.700 PICK 7 CG2 VAL A 1 12.065 21.951 5.544

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output
Je bloque lorsque j'essaie de mettre chaque ligne dans une sous liste de la liste d.


J'aimerai

Code:

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[['N', 'VAL'], ['CA', 'VAL'] , .... ]

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et non

Code:

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['N', 'VAL', 'CA', 'VAL']

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Salut,

Si vous voulez ajouter une liste à deux éléments à chaque itération, il faut construire la liste à ajouter avec les éléments choisis puis ajouter la liste (plutôt qu'ajouter les éléments).

Poster du code comme:

Code:

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1 2 3 4

if line.startswith('PICK'): l = line.split(' ') d.append(line[3]) d.append(line[5])

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est une très bonne idée mais relisez le avant car ce n'est pas la bonne version (celle qui fait la sortie que vous présentez: line n'est pas l...).

- W

Salut,

Est-ce cela fonctionne vraiment avec l = line.split(' ') ?

Citation:

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Envoyé par Beginner.

Sinon il y aura peut-être aussi un problème par rapport à la ligne 6 l = line.split(' ') car il se peut que les données ne soit pas séparées par un seul espace... D'ailleurs il y a plusieurs espaces entre les données dans le texte posté par judkil... Dans le fichier il se peut que ce soit une tabulation...

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J'ai retiré cette ligne

Code:

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l = line.split(' ')

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car cela ne marchait pas

J'obtiens

Code:

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['N', 'VAL', 'CA', 'VAL']

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et non

Code:

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[['N', 'VAL'],['CA', 'VAL']]

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salut,

Citation:

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Envoyé par judkil

extraire uniquement les lignes avec PICK et les colonnes 3, 4, 6, 7, 8 et 9 (...) Puis convertir la colonne 6 en entier, et mettre les 3 dernières colonnes en format décimal car tout est par défaut en chaîne de caractères. (...) stocké (...) dans une liste nommé liste_atomes

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je choisis de te répondre.

un truc comme ça devrait fonctionner :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

import re   liste_atomes = [] with open('donnees.txt', 'r') as f: for line in f: if line.startswith('PICK'): l = re.split(r'[\s]+', line.rstrip())[2:10] l = l[:2] + l[3:] l[2] = int(l[2]) l[3:] = map(float, l[3:]) liste_atomes.append(l)

---

et le résultat :

Code:

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1 2 3 4 5 6 7

[['N', 'VAL', 1, 10.72, 19.523, 6.163], ['CA', 'VAL', 1, 10.228, 20.761, 6.807], ['C', 'VAL', 1, 8.705, 20.714, 6.878], ['O', 'VAL', 1, 8.164, 20.005, 6.015], ['CB', 'VAL', 1, 10.602, 22.0, 5.966], ['CG1', 'VAL', 1, 10.307, 23.296, 6.7], ['CG2', 'VAL', 1, 12.065, 21.951, 5.544]]

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la compréhension du code est laissée en exercice, si ça t'intéresse.

Oui merci je suis en train de le lire lignes par lignes..... :)

Je pense que je n'ai pas toute à fait bien présenter le problème

Voici le input

Code:

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1 2 3

Voici la position des string pour extraire les chaine de caractere [0:6] [6:11] [12:16] [17:20] [21:22] [22:26] [30:38] [38:46] [46:54] PICK 1291 C ASP B 275 36.749 95.634 34.461

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Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

PICK 1288 ND2 ASN B 274 36.786 93.769 29.079 PICK 1289 N ASP B 275 36.697 93.705 32.859 PICK 1290 CA ASP B 275 37.362 94.316 34.010 PICK 1291 C ASP B 275 36.749 95.634 34.461 PICK 1292 O ASP B 275 36.698 95.930 35.652 PICK 1293 CB ASP B 275 38.837 94.563 33.695 PICK 1294 CG ASP B 275 39.609 93.283 33.449 PICK 1295 OD1 ASP B 275 39.558 92.378 34.313 PICK 1296 OD2 ASP B 275 40.277 93.192 32.395 PICK 1297 N ASN B 276 36.311 96.431 33.496 HETPCK 1587 ZN ZN A 501 45.429 65.126 31.470 HETPCK 1588 ZN ZN B 502 17.304 93.631 37.510

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