Faire une régression avec intervalles de confiance

je continue mes débuts sur R.
J'essaye de dessiner une régression avec intervalles de confiance avec ggplot2.
Voici mon code. Il dessine une droite de régression à l'extérieur de l'intervalle de confiance !! :traine:

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30

#charge la librairie (à ne faire qu'une fois) install.packages("ggplot2", dependencies = TRUE)   #monte la librairie principale et ses dépendants # doc sur file:///C:/Documents%20and%20Settings/planchoo/Bureau/ggplot2/html/00Index.html library(ggplot2)   #ouvre le jeu de données diamonds inclu dans le package ggplot2 data("diamonds", package = "ggplot2")   #crée un sous-ensemble aléatoire de 100 lignes pour certains graphiques set.seed(1410) dsmall <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 100),]   #effectue la régression model <- lm(price ~carat, data=dsmall)   # crée les données X à plotter pour le fit carat = seq(from = min(dsmall$carat), to = max(dsmall$carat), length.out = 20) nd = data.frame(carat)   # Prédictions du modèle sur les nouvelles données err <- stats::predict(model, newdata=nd, se = TRUE)   # affecter la prédiction +/- 2 stdev à de nouvelles variables nd$ucl <- err$fit + 1.96 * err$se.fit nd$lcl <- err$fit - 1.96 * err$se.fit   #plot les points + les prédictions avec intervalle de confiance qplot(carat, price, data=dsmall, alpha=0.5, xlim = c(0,3)) + geom_smooth(aes(x=carat, ymin = lcl, ymax = ucl), data=nd, stat="identity")

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le problème est dans la dernière ligne :

Code:

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1 2 3

#plot les points + les prédictions avec intervalle de confiance qplot(carat, price, data=dsmall, alpha=0.5, xlim = c(0,3)) + geom_smooth(aes(x=carat, ymin = lcl, ymax = ucl), data=nd, stat="identity") [

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Je ne comprends trop ton code vu que avec geom_smooth on a deja l'intervalle de confiance.......Bon pour le graph d'une regression avec intervalle de confiance je pense que ca suffit :

Code:

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1 2	qplot(carat, price ,data=dsmall,geom="point")+geom_smooth(method="lm")

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Et dans ligne ou il y'a un probleme tu n'a pas mis de "geom" dans ton qplot.

merci merci :) :ccool:
hier c'était ma première journée sur ggplot après 2 jours d'initiation à R donc forcément, tout n'est pas encore rangé à la bonne place. :?

Du coup je remets un autre problème sur le même fil car il concerne toujours les intervalles de confiance : quand je mets un intervalle de confiance, ça me pourrit mes légendes.

ci dessous du code "jouable" avec les donnée en dur
voir la jolie légende de l'avant dernière ligne, et voir comment ça se pourrit dans la dernière ligne.

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26

#ici les données en dur Angle <- as.factor(as.vector(c("A", "A", "A", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "B", "B", "B", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "D", "D", "D", "D", "D", "D", "E", "E", "E", "E", "E", "E"))) Distance <- as.factor(as.vector(c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "1", "2", "3", "4", "5", "6", "1", "2", "3", "4", "5", "6", "1", "2", "3", "4", "5", "6", "1", "2", "3", "4", "5", "6"))) Measured <- as.vector(c(2.26, 2.54, 3.91, 3.61, 3.35, 2.19, 2.12, 2.39, 3.33, 3.49, 3.56, 2.26, 2.12, 2.72, 3.33, 3.76, 3.75, 2.41, 2.36, 2.8, 3.38, 3.64, 3.56, 2.32, 2.6, 2.78, 3.4, 3.53, 3.57, 2.26)) Modelled <- as.vector(c(2.1231, 2.6525, 3.505, 3.7705, 3.5531, 2.2558, 2.1231, 2.6525, 3.505, 3.7705, 3.5531, 2.2558, 2.1231, 2.6525, 3.505, 3.7705, 3.5531, 2.2558, 2.1231, 2.6525, 3.505, 3.7705, 3.5531, 2.2558, 2.1231, 2.6525, 3.505, 3.7705, 3.5531, 2.2558)) M = data.frame(list(Angle, Distance, Measured, Modelled)) names(M)<-c("Angle", "Distance", "Measured", "Modelled") summary(M)   my_theme = opts(plot.background = theme_rect(fill = NA, colour = NA), panel.background = theme_rect(fill = NA, colour = "black", size = 0.5), panel.grid.major = theme_line(size=0.5, colour = "black"), axis.text.x = theme_text(colour = "black", size = 12), axis.text.y = theme_text(colour = "black", size = 12), axis.ticks.margin = unit(12, "points"), legend.background = theme_rect(fill="white"), legend.key = theme_rect(fill="white") )   original_theme = theme_update (my_theme) summary(original_theme)   #jolie légende qplot(Measured, Modelled, data = M, shape = Angle, size = Distance, geom = "point")   #légende pourie qplot(Measured, Modelled, data = M, shape = Angle, size = Distance, geom = "point")+ geom_smooth(aes(group=1), method="lm")

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PS. J'ai bien galéré pour mettre les données en dur dans le code, donc si il y a plus simple, je suis preneur :lol:

Excuse moi pour le retard..j'étais un peu busy ces derniers jours. Pour regler ton problème avec la légende tu peux faire ca :

Code:

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qplot(Measured, Modelled, data = M, shape = Angle, size = Distance, geom = "point")+ geom_smooth(aes(group=1), size = .8 ,method="lm")

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Donc l'idée c'est de fixer toi même le paramètre size pour le geom_smooth sinon par defaut ca garde celui dans le qplot (i.e Distance).
Et par rapport à ton code si tu veux genererer des facteurs rapidement :

Code:

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1 2 3

? gl # pour repeter des valeurs comme tes "A","B"... ? rep

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cordialement

Merci. Je note dans un coin.
La figure est finie, mais je vais regarder en détail pour la prochaine fois.