Bio::Seq => une séquence de quel chromosome ?

Salut,

La réponse doit être évidente, mais après 2h dans la doc, je ne vois toujours pas comment trouver le chromosome d'un objet Bio::Seq.

Pour situer le problème, j'ai téléchargé des fichiers genbank sur le ftp d'ensembl et je dois classer les infos de ces fichiers par chromosome.

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

use Bio::SeqIO;   my $o_seqs = new Bio::SeqIO( -file => $filepath, -format => 'GenBank' );   while( my $o_seq = $o_seqs->next_seq() ) {   my $chrom = $o_seq->? ... }

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S'il y a une fonction qui donne directement le chrom, c'est que je suis très fatigué, sinon, pouvez-vous me dire quel objet obtenu à partir de $o_seq contient l'info ?

[edit]
Je viens de voir que la fonction desc renvoie une chaine de caractère avec l'info, je vais donc utiliser ça, mais je serai déçu s'il n'y avait une manière plus propre.
[/edit]


Merci,
KooK

Tu peux utiliser la fonction suivante :

Code:

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get_tag_values('chromosome')

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Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20

use strict; use warnings;   use Bio::SeqIO;       my $o_seqs = new Bio::SeqIO( -file => 'chromXVI.txt', -format => 'GenBank' );   while( my $o_seq = $o_seqs->next_seq() ) { foreach my $feat ( $o_seq->get_SeqFeatures() ) {   if($feat->has_tag('chromosome') ){   print "chromosome : ", $feat->get_tag_values('chromosome'), "\n"; } } }

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get_tag_values

Citation:

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j'ai téléchargé des fichiers genbank sur le ftp d'ensembl et je dois classer les infos de ces fichiers par chromosome

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Tu n'es pas obligé de télécharger les fichiers, tu peux directement te connecter à GenBank et entrer un accession ou une requête classique

Code:

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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

use strict; use warnings;   use Bio::DB::GenBank;   my $gb = new Bio::DB::GenBank; my $o_seq = $gb -> get_Seq_by_acc('NC_001148');     foreach my $feat ($o_seq->get_SeqFeatures){   if($feat->has_tag('chromosome') ){   print "chromosome : ", $feat->get_tag_values('chromosome'), "\n"; } }

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Avec beaucoup de retard, merci.