Utilisation de HDF5, impossible de compiler

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Bonjour

Je souhaite utiliser les API du format HDF5 pour stocker des données scientifiques de gros volume (DNS). J'ai tout installé (sous ubuntu 9.04) mais je ne parvient pas à localiser le module HDF5. J'ai en effet lancé le code suivant :

Code:

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!
! The following example demonstrates how to create and close an HDF5 file.
! It creates a file called 'file.h5',  and then closes the file.
!
 
     PROGRAM FILEEXAMPLE
 
     USE HDF5 ! This module contains all necessary modules 
 
     IMPLICIT NONE
 
     CHARACTER(LEN=8), PARAMETER :: filename = "filef.h5" ! File name
     INTEGER(HID_T) :: file_id                            ! File identifier
 
     INTEGER     ::   error  ! Error flag
 
!
!    Initialize FORTRAN interface.
!
     CALL h5open_f (error)
     !
     ! Create a new file using default properties.
     ! 
     CALL h5fcreate_f(filename, H5F_ACC_TRUNC_F, file_id, error)
 
     !
     ! Terminate access to the file.
     !
     CALL h5fclose_f(file_id, error)
!
!    Close FORTRAN interface.
!
     CALL h5close_f(error)
     END PROGRAM FILEEXAMPLE

Et j'obtiens :

Code:

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~/Bureau$ f95 HDF5.f95
HDF5.f95:8.59:
 
     USE HDF5 ! This module contains all necessary modules 
                                                           1
Fatal Error: Can't open module file 'hdf5.mod' for reading at (1): Aucun fichier ou dossier de ce type

J'ai donc téléchargé les sources de HDF5, puis j'ai tout compilé, et installé, mais rien n'y fait. J'ai pourtant tout les compilateurs de type h5cc, H5cp, etc mais pas de h5fc, et aussi pas de hdf5.mod. :cry:

L'un d'entre vous aurait-il une idée pour réussir à localiser la chose ?

En vous remerciant d'avance, je vous souhaite un excellent weekend. ;)

Moomba

04/11/2009, 14h31
TheOyoStyledMan

Bonjour,

si tu as compilé et installé correctement ton hdf5, le hdf5 doit se retrouver dans /usr/include ou dans le répertoire include de l'installation. Il faudra peut-être ajouter à ta ligne de compilation -I/usr/include
04/11/2009, 15h52
genteur slayer

quand tu as compilé ta lib hdf5, il devais y avoir un paramètre à rajouter dans le ./configure genre --with-h5fc ou un truc similaire...

cela dit, si tu dois juste compresser tes donné, il y a d'autres méthode (zip, tar... etc...)
05/11/2009, 11h45
moomba

Merci pour vos réponses :)

Et bien j'ai compilé avec les options suivantes :

./configure F9X=gfortran --enable-fortran

(cf ici :http://cblfs.cross-lfs.org/index.php/HDF5 )

Mais rien n'y fait... Et dans /usr/include je n'ai que des fichiers *.h, pour c donc, et rien pour le fortran...

Apparemment, il y a un bug avec le package de ubuntu (je sais plus sur quel forum), mais je ne conçoit pas que la version compilée ne fonctionne pas... :?

En fait je veut utiliser le HDF5 pour mes codes de calcul MPI, la compression viendra ensuite (c'est que c'est gourmand en disque dur la DNS :D )

Auriez vous d'autres idée de où pourrais provenir le bug ? :calim2:

(énorme ce smiley ^^)
05/11/2009, 15h01
genteur slayer

et tes fichier .mod ne sont pas ailleur (dans un rep de compilation par exemple et tu les colle dans le /usr/incude ensuite ou bien dans un sous rep auquel cas dans la compil de ton prog tu rajoute un "-I<le bon rep>"

sinon, sauf si tu tiends absolument au hdf5, prend un autre algo de compression...
19/11/2009, 13h33
moomba

Bonjour

Désolé pour le retard :oops:

En fait, j'ai trouvé un moyen détourné : j'injecte du code C dans le fortran. Je compile les parties en C qui s'occupent de la sauvegarde en HDF5, puis dans le makefile je les incorpore au code principal et ça marche. Ca vas poser quelques pépins pour faire tourner le C sur les supercalculateurs, mais ça devrait passer.

Sujet résolu donc :D

Merci beaucoup pour l'aide :ccool:

Bon courage pour la fin de semaine

Cordialement

Moomba