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| # récupération des séquences déjà trouvées présentes dans le fichier de sortie
my $in_23S = Bio::SeqIO->new(-file => $outfile_23S , '-format' => 'fasta');
while ( my $seq = $in_23S->next_seq() ) {
my ($acc_recup) = $seq->primary_id =~ m/^(\w+?)_[a-z]*_[a-z]*/i;
# si aucun nuc n'est présent dans la séquence
if ($seq->seq !~ m/[atcg]/i){
$acc_incomplets{$acc_recup} = 1;
}
}
...
# on supprime les 3 vieux fichiers fasta
unlink ($outfile_old_16S, $outfile_old_23S, $outfile_old_16S_23S) or die $!; |
