Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

Je n'arrive pas à supprimer un fichier qui a été précédemment ouvert avec le module Bio::SeqIO le problème est que ce module ne supporte pas la fonction close(). Comment puis-je résoudre ce problème?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	# récupération des séquences déjà trouvées présentes dans le fichier de sortie
	my $in_23S  = Bio::SeqIO->new(-file => $outfile_23S , '-format' => 'fasta');
 
	while ( my $seq = $in_23S->next_seq() ) {
		my ($acc_recup) = $seq->primary_id =~ m/^(\w+?)_[a-z]*_[a-z]*/i;
 
		# si aucun nuc n'est présent dans la séquence
		if ($seq->seq !~ m/[atcg]/i){
			$acc_incomplets{$acc_recup} = 1;
		}
	}
 
 
        ...
 
 
 
	# on supprime les 3 vieux fichiers fasta
	unlink ($outfile_old_16S, $outfile_old_23S, $outfile_old_16S_23S) or die $!;

ligne 172 : le unlink

Permission denied at GB_ComplexeQuery_toFile_multi_16S_23S_list.pl line 172, <GEN9> line 29.

Merci,

[ours_en_pluche]

bonjour,

Permission denied at GB_ComplexeQuery_toFile_multi_16S_23S_list.pl line 172, <GEN9> line 29.

permission denied, veux dire que tu n as pas les droits pour supprimer ce fichier, pas qu il ne veux pas les effacer.

si tu es sous linux, regarde qui est proporiétaire des fichiers "ls -a | grep <un nom de fichier>" et quels en sont les droits, chmod et chown semble etre a priori la solution.

sous windows, aucune idée.

have a nice day

ours_en_pluche

[djibril]

si tu fais

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

undef $in_23S;

avant le unlink, ça fonctionne ?

[Jasmine80]

Merci pour vos réponses. Je suis sous Windows, si je n'ouvre pas ces fichiers avec Bio::SeqIO avant de les effacer, ils s'effacent. Le problème vient donc de la compatibilité entre Bio::SeqIO et unlink().

[Jasmine80]

J'ai réécrit le code sans le module Bio::SeqIO et cela fonctionne. Je n'aime pas lire les fichiers fasta via la fonction open(), mais je n'ai rien trouvé d'autre.