bioperl : selection par features
Bonjour,
Je recherche depuis hier comment selectionner toutes ls features d'un type donné, pour une sequence annoté (format genbank actuellement). Le but est d'ensuite de rechercher des oligo dans des séquences d'interet (genome entier, CDS, exons...) d'un ou plusieurs génomes.
La doc de bioperl etant assez pauvre, j'ai reussi a me concocté le sript suivant, qui ne me satisfait pas.
Je pense être passé a coté d'une méthode qui permetrait de tout selectionner d'un coup, par exemple tous les CDS.
Voici mon code, qu'en pensez vous ?
Code:
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| while (my $seq = $seqio->next_seq) {
print "$seq->accession\n";
my @features = $seq->get_all_SeqFeatures;
foreach my $feat (@features) {
if ($feat->primary_tag eq 'CDS') {
print "\t", $feat->primary_tag, "\n";
}
}
} |
Z.
