Liste des logiciels de bioinformatique conseillés

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31/07/2009, 15h47
Jasmine80

Liste des logiciels de bioinformatique conseillés

Le post de Stoyak m'a donné une idée. On devrait créer une discussion dans laquelle on conseillerait les logiciels qu'on trouve les plus utiles.

Bioedit (gratuit): pour ce qui est d'éditer et d'analyser des séquences.
Ce programme est vraiment génial, il est plein de fonctions utiles et en plus, il est gratuit ... malheureusement il n'est disponible que sur windows.

Autodimer (gratuit): pour l'analyse des amorces, recherche simplement les hairpins et dimères.

Perlprimer (gratuit) : pour ceux qui veulent designer des amorces. Je ne le connais pas bien mais vu qu'il est écrit en Perl, parlons-en.
31/07/2009, 16h26
yann.falevoz

Pourquoi ne pas les ajouter à la liste des meilleurs outils gratuits pour Windows

Yann
31/07/2009, 16h36
djibril

C'est une bonne idée.

Citation:

Pourquoi ne pas les ajouter à la liste des meilleurs outils gratuits pour Windows

Yann

Je pense qu'il faudrait déjà lister pas mal de logiciels et ensuite, il sera plus simple de le faire ajouter au logiciel de Windows.
04/08/2009, 11h01
stoyak

Pour l'analyse de données transcriptomiques, je conseille TigrMeV !!! PAs forcément le plus intuitif au départ, les fichiers doivent être formatés le plus souvent avant import, mais il est quand même bien utile!
16/03/2010, 21h58
Homaradieux

comment blaster une séquence protéique consensus

Très bonne initiative
Moi je voudrais bien savoir quel logiciel utiliser pour pouvoir faire un blast global de toutes les protéines à partir d une séquence consensus que j ai élaboré. est ce qu on peu blaster par exemple GGVxxxxxTKLxPR donc en remplaçant les acides aminés intercheangeables par des x sur le site du NCBI?
04/07/2011, 11h35
-SKUD-

la très bonne suite de bioinformatique initialement développée pour unix qui se nomme EMBOSS (european molecular biology open software suite) qui compte plus de 300 microprogrammes existe en version executable sur windows et se nomme mEMBOSS, downloadable here : http://memboss.software.informer.com/
ou
sur le site officiel : http://www.interactive-biosoftware.c...embosswin.html

Un MUST have...
04/07/2011, 11h36
-SKUD-

Citation:

Envoyé par Homaradieux

Très bonne initiative
Moi je voudrais bien savoir quel logiciel utiliser pour pouvoir faire un blast global de toutes les protéines à partir d une séquence consensus que j ai élaboré. est ce qu on peu blaster par exemple GGVxxxxxTKLxPR donc en remplaçant les acides aminés intercheangeables par des x sur le site du NCBI?

PSIBLAST serait bien adapté à ta demande, son nouveau nom est BLASTPGP
04/07/2011, 12h13
djibril

Vous pouvez les alimenter ici.