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Bioinformatique Perl Discussion :

Liste des logiciels de bioinformatique conseillés


Sujet :

Bioinformatique Perl

  1. #1
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    Avatar de Jasmine80
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    Par défaut Liste des logiciels de bioinformatique conseillés
    Le post de Stoyak m'a donné une idée. On devrait créer une discussion dans laquelle on conseillerait les logiciels qu'on trouve les plus utiles.


    Bioedit (gratuit): pour ce qui est d'éditer et d'analyser des séquences.
    Ce programme est vraiment génial, il est plein de fonctions utiles et en plus, il est gratuit ... malheureusement il n'est disponible que sur windows.

    Autodimer (gratuit): pour l'analyse des amorces, recherche simplement les hairpins et dimères.

    Perlprimer
    (gratuit) : pour ceux qui veulent designer des amorces. Je ne le connais pas bien mais vu qu'il est écrit en Perl, parlons-en.
    -- Jasmine --

  2. #2
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    Pourquoi ne pas les ajouter à la liste des meilleurs outils gratuits pour Windows

    Yann

  3. #3
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    Avatar de djibril
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    C'est une bonne idée.

    Pourquoi ne pas les ajouter à la liste des meilleurs outils gratuits pour Windows

    Yann
    Je pense qu'il faudrait déjà lister pas mal de logiciels et ensuite, il sera plus simple de le faire ajouter au logiciel de Windows.

  4. #4
    Rédactrice

    Avatar de stoyak
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    Pour l'analyse de données transcriptomiques, je conseille TigrMeV !!! PAs forcément le plus intuitif au départ, les fichiers doivent être formatés le plus souvent avant import, mais il est quand même bien utile!
    Cela demande du courage d'en tirer du plaisir
    Quand on n'a qu'un marteau, tous les problèmes ressemblent à un clou

  5. #5
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    Par défaut comment blaster une séquence protéique consensus
    Très bonne initiative
    Moi je voudrais bien savoir quel logiciel utiliser pour pouvoir faire un blast global de toutes les protéines à partir d une séquence consensus que j ai élaboré. est ce qu on peu blaster par exemple GGVxxxxxTKLxPR donc en remplaçant les acides aminés intercheangeables par des x sur le site du NCBI?

  6. #6
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    Par défaut
    la très bonne suite de bioinformatique initialement développée pour unix qui se nomme EMBOSS (european molecular biology open software suite) qui compte plus de 300 microprogrammes existe en version executable sur windows et se nomme mEMBOSS, downloadable here : http://memboss.software.informer.com/
    ou
    sur le site officiel : http://www.interactive-biosoftware.c...embosswin.html

    Un MUST have...

  7. #7
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    Citation Envoyé par Homaradieux Voir le message
    Très bonne initiative
    Moi je voudrais bien savoir quel logiciel utiliser pour pouvoir faire un blast global de toutes les protéines à partir d une séquence consensus que j ai élaboré. est ce qu on peu blaster par exemple GGVxxxxxTKLxPR donc en remplaçant les acides aminés intercheangeables par des x sur le site du NCBI?
    PSIBLAST serait bien adapté à ta demande, son nouveau nom est BLASTPGP

  8. #8
    Responsable Perl et Outils

    Avatar de djibril
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