Création d'une application bioinformatique

Bonjour,

Je me demandais si vous seriez intéressés par la réalisation d'une application graphique faite en Perl/Tk qui permettrait d'effectuer des tâches répétitives en bioinformatique. Elle serait gratuite, installable sous Windows (et pourquoi pas sous Linux). Elle pourrait permettre de faire ceci :
:arrow: Traduire une séquence d'ADN en séquence protéique (les 6 cadres de lecture)
:arrow: Fusionner ou découper des fichiers fasta
:arrow: Convertir un fichier fasta en embl
:arrow: Trouver un motif dans une séquence fasta
:arrow: Parser un fichier Genbank (récupérer la séquence, les positions d'exons, introns, etc)
:arrow: Parser un fichier de résultat blast
:arrow: .../...

Si oui, il faudrait que tout le monde propose des idées de fonctions à ajouter.
Que l'on fasse ensuite un mixage des propositions, que ceux qui le souhaitent proposent un ou plusieurs codes réalisant des tâches précises.

Je me chargerais en plus de certaines tâches, de concevoir l'application graphique en combinant tous vos codes.

Intérêt : Le but est que chacun puisse avoir un outil bioinfo basique en local sans être dépendant du net.

N'hésitez pas à me dire ce que vous en pensez, à faire des propositions, des suggestions que vous soyez pour ou contre.

Merci

A oui, ça pourrait être chouette. Je travaille justement sur une interface Tk calculant à partir d'une amorce dégénérée ou non, toutes les séquences possibles ainsi que leur Tm respectif et le Tm moyen.

Une autre fonction pourrait être de rechercher les dimères et hairpin possibles dans un couple d'amorce afin de vérifier leur compatibilité mais c'est déjà plus compliqué à coder.

A partir d'une séquence, trouver le bon cadre de lecture.


...

Je suis pour à 100%.
Déjà 2 votes pour, c'est un bon début.

L'idée dans l'absolu est bonne, mais j'ai plusieurs remarques :
- beaucoup de labos utilisent des Macs ; dans beaucoup de labos, on a carrément le choix de la distri et les OS libres (surtout Ubuntu) commencent à être très présents => faire une appli qui tourne sous Windows me paraît d'un intérêt assez limité...
- GenBank n'est pas utilisé par tout le monde; perso (et beaucoup de gens que j'ai vu dans divers instituts), j'utilise SRS et donc, EMBL;
- je me souviens d'une discussion assez récente sur la liste des Mongueurs où beaucoup de Perlistes abandonnent Perl/Tk au profit de Python dont les bindings sont très enviables...;
- pourquoi recréer un truc alors que plein de softs existent déjà? C'est tout de même disperser les efforts...

Salut MaliciaR,

De ce que j'ai compris de l'idée de stoyak, le but n'est pas de réinventer la roue, mais juste de faire un outil qui regrouperait diverses fonctionnalités (simple) dont la plupart des biologistes se servent, d'où la liste qui est à compléter, à murir. Donc Genbank n'est pas un choix absolu, si l'application peut gérer plusieurs formats différents ce serait pas mal. Par expérience, beaucoup de personnes utilisent expasy ou autres sites pour bénéficier des outils développés, ce qui est très bien. Mais des fois, certains biologistes, ou même bioinformaticiens ont besoin de tâches simples à développer mais pas toujours disponible comme parser un fichier fasta, découper un très gros fichier fasta en plusieurs en fonction du nombre d'entrées, d'une taille précise, etc. Donc je pense que l'idée est pas mal. A vous de donner des idées., faire des propositions.

En ce qui concerne l'OS, Je pense que ça ne pose pas de soucis. Perl Tk est utilisable sur toutes les plate-formes existantes (Windows, Linux ou Mac). Il suffit d'avoir Perl et Tk. Il est également possible de créer des exécutables qui pourraient être utilisables directement sous Windows sans avoir Perl, Idem pour Linux et même Mac. Il est vrai que MAC est très présent dans les instituts de l'INRA par exemple, mais je ne vois pas où est le problème.

En ce qui concerne Perl et python, chacun fait ce qu'il veut. J'ai déjà conçu des logiciels en Perl/Tk que j'ai packagé, mis en production et distribuer chez des clients sans soucis. Donc c'est tout à fait faisable. A chacun ses choix et compétences. Sinon, on pourrait dire aussi qu'il est préférable d'utiliser JAVA ou .Net pour concevoir l'appli.

De plus, nous sommes sur le forum Perl, alors c'est toujours une bonne occasion de parler de Perl, donnez envie aux forumeurs à tester Perl/Tk, etc.

Je rajoute à liste ceci :
:arrow: Découper un fichier fasta en plusieurs en fonction du nombre d'entrées, d'une taille précise en ko ou autres
:arrow: Diverses manipulations des fichiers tabulés très utilisés en bioinfo
- nombre de lignes, colonnes, transposition de fichiers, matching de lignes, colonnes
:arrow: Parsing de fichiers fasta, embl, SRS, PDB, etc


Voilà

Je ne suis toujours pas convaincue de l'utilité de cet outil, si l'on prend en compte le temps qu'il représentera pour être créé. Les commentaires que j'apporte plus bas sont un complément à mon précédent post pour tenter d'expliquer encore une fois pourquoi. Par ailleurs, je trouve plus utile de contribuer à des projets déjà entamés tel EMBOSS, à la traduction d'outils déjà existants et de grande utilité à la communauté ou encore au packaging pour Debian et Debian-like à des outils utilisés, mais pas encore sous forme de .deb... Ce n'est évidemment que ma position personnelle :)

Citation:

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Envoyé par djibril

De ce que j'ai compris de l'idée de stoyak, le but n'est pas de réinventer la roue, mais juste de faire un outil qui regrouperait diverses fonctionnalités (simple) dont la plupart des biologistes se servent, d'où la liste qui est à compléter, à murir.

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Je n'ai pas l'impression que ce soit des taches si demandées que ça, finalement. Je pense qu'un outil pour visualiser des séquences après séquençage ou pour de la digestion de vecteurs est beaucoup plus utilisé. Ou pour designer des primers. Or, ces outils existent déjà depuis bien longtemps...
Mais bon, ça ne reste que mon avis.

Citation:

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Envoyé par djibril

En ce qui concerne l'OS, Je pense que ça ne pose pas de soucis. Perl Tk est utilisable sur toutes les plate-formes existantes (Windows, Linux ou Mac). Il suffit d'avoir Perl et Tk. Il est également possible de créer des exécutables qui pourraient être utilisables directement sous Windows sans avoir Perl, Idem pour Linux et même Mac. Il est vrai que MAC est très présent dans les instituts de l'INRA par exemple, mais je ne vois pas où est le problème.

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Je parlais de l'OS parce que ça :

Citation:

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Envoyé par stoyak

installable sous Windows (et pourquoi pas sous Linux)

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Je ne savais pas que c'est difficile, mais cette phrase m'a fait réagir. C'est tout.

Citation:

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Envoyé par djibril

En ce qui concerne Perl et python, chacun fait ce qu'il veut. J'ai déjà conçu des logiciels en Perl/Tk que j'ai packagé, mis en production et distribuer chez des clients sans soucis. Donc c'est tout à fait faisable. A chacun ses choix et compétences. Sinon, on pourrait dire aussi qu'il est préférable d'utiliser JAVA ou .Net pour concevoir l'appli.

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Tu n'as pas compris ce que je voulais dire... Je suis désolée, mais là où je suis d'accord avec certains mongueurs, c'est que là où Python écrase Perl, c'est le côté graphique; Matplotlib par exemple ou encore Chaco n'ont aucun comparatif en Perl... Les bindings de Python pour Qt par exemple sont sans comparatif chez Perl. Sans parler de la doc.
Donc, ce que je veux dire ici, c'est pas que faire des interfaces en Perl/Tk est impossible ou que sais-je, c'est qu'il y a moyen de faire de la visualisation de données et des interfaces nettement plus facilement et mieux avec un autre langage.
En ce qui concerne Java, BioJava a l'air pas mal, mais je ne connais pas bien du tout pour en apporter un avis constructif. Concernant .Net, il n'y a à ma connaissance pas de BioDotNet, donc ce n'est ptet pas un super choix ;)

Citation:

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Envoyé par djibril

De plus, nous sommes sur le forum Perl, alors c'est toujours une bonne occasion de parler de Perl, donnez envie aux forumeurs à tester Perl/Tk, etc.

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Ca, c'est une autre question. Si le projet est "faire vivre le forum Perl en créant une appli pour la bioinfo", faut le dire ;)

Citation:

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Envoyé par djibril

:arrow: Parsing de fichiers fasta, embl, SRS, PDB, etc

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Euh, juste une remarque : SRS n'est pas un fichier. C'est une plateforme d'interrogation de banques de données biologiques.

Bon écoute, si tu penses que Perl n'est pas un langage de programmation qui doit être utilisé en bioinfo via perl Tk ou autre, rien ne t'oblige à l'utiliser.
Si je peux me permettre, je ne te vois pas poster dans le sous forum interface graphique de Perl, donc je ne pense pas que tes compétences informatique en Perl soient en adéquation à des critiques sur ce sujet. En ce qui concerne tes compétences en python, je ne les jugerais pas.
Le but de ce poste n'est pas de faire une comparaison entre python et Perl qui sera sans fin (c'est de même pour d'autres langages).

1-Juste pour ton information, Il est possible de faire des interfaces en Perl via Tk, Qt, Wx, GTK2; opengl, etc. Python n'a rien inventé à ce sujet car il utilise les librairies suivantes : Tkinter, wxPython, pyGTK, et pyQt. Bref, je n'ai absolu rien contre python, si j'étais sur le forum C++, j'en ferais de même.

2- J'ai déjà conçu des applications bioinfo pour faire de la visualisation de données, de génomes, gènes, sondes, etc en Perl/Tk, idem dans d'autres langages. J'en ai déjà vu conçu en tcl/Tk (langage d'origine). Donc rien n'est impossible.

3- Pour information, il existe beaucoup d'applications conçues en JAVA, C++, C#, etc. BioJAVA, Biopython et bioperl, ne servent pas à concevoir des applis graphiques, c'est juste un regroupement des fonctionnalités permettant aux développeurs de ne pas réinventer la roue pour certaines tâches bioinformatique. Mais dès qu'il s'agit de concevoir des widgets, c'est le même train train.

4. En ce qui concerne les tâches les plus demandées en bioinformatique, je ne pense pas que tu as assez d'expériences dans ce domaine pour donner un avis si tranché. Connaissant parfaitement ce milieu que ce soit dans le privée ou dans le publique, tu te trompes, mais bon, je ne vais pas revenir dessus.

5- On ne te demande pas de tout développer et si tu penses que le seul but est faire vivre le forum, tu peux toujours passer ton chemin et voter contre. Nous sommes sur un forum publique.

6- Concernant les fichiers de banques de données, désolé du lapsus, mais il n'est pas nécessaire d'avoir des réactions si hautaine.

Désolé si ma réaction est sanglante, mais j'en ai un peu marre de voir des critiques non fondées et surtout de lire des inepties dans des domaines d'applications que les gens ne maitrisent pas.

Donc, je maintien que l'idée de stoyak est intéressante. Je ne pense pas que son but soit de faire une application qui va révolutionner le monde ou faire du café :aie:. Elle pourrait même être très très basique au début et ne servir qu'à traduire une séquence. C'est bête, mais c'est un début. elle pourra toujours évoluer par la suite. Et si je ne me trompe, c'était juste une proposition, donc si personne n'est intéressée, y a pas de mal, il peut toujours se débrouiller tout seul.

Merci

Mon but n'est pas ici d'être à l'origine de velléités!

J'ai proposé aux forumeurs cette idée d'application bioinfo, car au contraire de MaliciaR, c'est quelque chose qui revient souvent dans les retours que me font les biologistes, aussi bien dans les grosses pharma que les instituts publiques ... Pour moi, la bioinfo, c'est d'abord fournir un outil agréable et convivial aux biologistes. Je trouve désolant de conserver son petit savoir entre spécialistes ... cela confirme dans bien des cas l'agacement des biologistes envers les bioinfos.

Aussi, je propose cette appli à ceux qui voudraient ne pas avoir à tout développer tout seul et profiter ainsi des idées et des talents des autres. Cela permettrait de travailler entre gens sympathiques!
Pour ceux que ça intéressent, you're wellcome ... pour les autres, j'espère qu'on vous fera envie!

Citation:

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Envoyé par djibril

Bon écoute, si tu penses que Perl n'est pas un langage de programmation qui doit être utilisé en bioinfo via perl Tk ou autre, rien ne t'oblige à l'utiliser.

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8O Ai-je dit ça?

Citation:

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Envoyé par djibril

Si je peux me permettre, je ne te vois pas poster dans le sous forum interface graphique de Perl, donc je ne pense pas que tes compétences informatique en Perl soient en adéquation à des critiques sur ce sujet.

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Euh, ai-je parlé de mes compétences? Les deux fois où j'ai parlé de ça, j'ai mentionné des discussions que j'avais lu sur la liste de mongueurs. Ou eux non plus, ils n'ont aucune compétence en Perl?
Par ailleurs, dire qu'on ne poste pas sur un forum donc on n'a pas les compétences est parfaitement falacieux : tu ne postes pas dans le forum Linux, peut-on être désobligeant et dire que tu n'y connais rien? :roll:

Citation:

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Envoyé par djibril

Le but de ce poste n'est pas de faire une comparaison entre python et Perl qui sera sans fin (c'est de même pour d'autres langages).

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Je n'en ai pas tenté une. J'ai juste dit, puisque des avis ont été demandés, que je considère Python plus approprié pour faire de l'interface graphique, suite à la discussion dont j'ai parlée. C'est tout.

Citation:

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Envoyé par djibril

1-Juste pour ton information, Il est possible de faire des interfaces en Perl via Tk, Qt, Wx, GTK2; opengl, etc. Python n'a rien inventé à ce sujet car il utilise les librairies suivantes : Tkinter, wxPython, pyGTK, et pyQt. Bref, je n'ai absolu rien contre python, si j'étais sur le forum C++, j'en ferais de même.

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Oui, je sais. Et pour une n-ième fois, je citais... (cf. plus haut, j'en ai marre de le dire).

Citation:

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Envoyé par djibril

2- J'ai déjà conçu des applications bioinfo pour faire de la visualisation de données, de génomes, gènes, sondes, etc en Perl/Tk, idem dans d'autres langages. J'en ai déjà vu conçu en tcl/Tk (langage d'origine). Donc rien n'est impossible.

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Où ai-je dit que c'est impossible?

Ce serait d'ailleurs agréable que l'on ne me fasse pas dire ce que je n'ai pas dit. Merci.

Citation:

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Envoyé par djibril

4. En ce qui concerne les tâches les plus demandées en bioinformatique, je ne pense pas que tu as assez d'expériences dans ce domaine pour donner un avis si tranché. Connaissant parfaitement ce milieu que ce soit dans le privée ou dans le publique, tu te trompes, mais bon, je ne vais pas revenir dessus.

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Que connais-tu de moi? 8O
A-t-on le droit de donner un avis lorsque celui-ci est d'ailleurs sollicité sans se prendre des attaques ad nominem quand ils ne vont pas dans ton sens?

Citation:

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Envoyé par djibril

5- On ne te demande pas de tout développer et si tu penses que le seul but est faire vivre le forum, tu peux toujours passer ton chemin et voter contre. Nous sommes sur un forum publique.

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Où ai-je dit des choses du genre? 8O

Citation:

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Envoyé par djibril

6- Concernant les fichiers de banques de données, désolé du lapsus, mais il n'est pas nécessaire d'avoir des réactions si hautaine.

Désolé si ma réaction est sanglante, mais j'en ai un peu marre de voir des critiques non fondées et surtout de lire des inepties dans des domaines d'applications que les gens ne maitrisent pas.

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Ma réaction est hautaine? Et tu as vu combien tu es méprisant? Donc, je suis une incompétente pour toi (qui es-tu pour sortir cet avis qualitatif sur moi sans me connaître?) et je sors des inepties et ça, c'est une réaction gentille? 8O Tu te rends tout de même compte que tu es en train de m'attaquer personnellement parce que je suis en désaccord avec toi?
Puisque quand on donne des avis contraires au tiens on est traités de la sorte, je vous laisse discutailler entre vous.
Bonne continuation!

Citation:

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Envoyé par MaliciaR

Je n'en ai pas tenté une. J'ai juste dit, puisque des avis ont été demandés, que je considère Python plus approprié pour faire de l'interface graphique, suite à la discussion dont j'ai parlée. C'est tout.

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C'est justement ce que j'appelle une comparaison! Dire que Python est plus approprié que Perl pour les interfaces, c'est comparer les deux langages ... Pour moi, de toutes les façons, le langage en soit ne fait pas toute la qualité de l'outil ... celle-ci est plus inhérente aux qualités du bonhomme derrière l'ordi!

Citation:

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Envoyé par MaliciaR

Où ai-je dit que c'est impossible?

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J'espère bien que non .... Vu l'outil d'analyse de données haut-débit que j'ai déjà mis en place!

Citation:

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Envoyé par MaliciaR

je sors des inepties

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Je ne crois pas non plus que c'est ce qui a été dit ... Maintenant, tu avoueras que ton avis était également très tranché ... Mon post avait pour but de rassembler les volontaires qui voudraient partager un outil et des fonctionnalités. Toi tu as davantage répondu sur l'inutilité d'une telle application.
Maintenant, les quelques exemples présentés ici concernaient uniquement l'analyse de séquences, pour faire écho à la plupart des posts trouvés dans la rubrique bioinfo ...
La bioinfo est née de l'analyse de séquences il y a quelques années de cela. Il y a donc un certain nombre d'outils déjà disponibles. Moi, je travaille dans un secteur d'activité beaucoup plus récent, beaucoup plus orienté analyse statistique, où les applications ne sont pas conviviales et pas dirigées vers les biologistes ... D'où probablement nos avis radicalement différents sur la vision de la bioinformatique ....

Je répète que le but ici serait de rassembler les fonctionnalités développées par chacun, de les rassembler dans une application unique ...
Petit exemple:
l'application de Jasmine sur le calcul de Tm avec un petit pluggin de manipulation de fichiers de données haut débit .... Chacune profitant ainsi des outils de l'autre ... L'outil serait enrichi au fur et à mesure des développements des participants.
Le grand avantage également? Connaître les développeurs, pouvoir interagir avec eux, pouvoir rapporter facilement les bugs .... [Combien d'applis non maintenues sur le Web ...]

Maintenant, c'est une idée lancée sur un forum ...

Je trouve pour ma part (avec le peu d'expérience que j'ai, hé oui je débute), que ce serait une très bonne idée ...

Finalement, il y a peu d'outils gratuits, simples d'installation, paramétrables qui fassent les tâches de base et on se retrouve souvent à faire des scripts chacun dans notre coin ...
Je trouve donc que ce serait une bonne idée d'avoir un outil qui "centralise" un peu les choses ...

:ccool:

Bonjour,

je suis pour de tels outils, car ils permettent de d'exploiter des données sans avoir besoin de se soucier du format de fichiers au différents stades de l'analyse.

Mais n'essayez vous pas de réinventer ce qui existe deja. En effet, j'ai deja essayé ters rapidement un logiciel qui s'appelait Genetic Data Environment (GDE), en particulier sa version mac (MacGDE), qui permet d'ouvrir une séquence, et de la balancer dans plusieurs outils. le prog s'occupait lui meme du format. L'autre avantage de GDE est qu'il est cosumisable a fond, et qu'il est tres aiser d'en rajouter des fonctions.

Je pense donc qu'il faudrait faire un etat des lieux, et eventuelement d'estimer si il ne vaut pas mieux contribuer à un soft deja existant, et qui pourrait deja avoir une communauté, que repartir de rien, et refaire un outil qui existe deja et sera peu ou pas utilisé.

Z.

Citation:

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Envoyé par Zwiter

Bonjour,

je suis pour de tels outils, car ils permettent de d'exploiter des données sans avoir besoin de se soucier du format de fichiers au différents stades de l'analyse.

Mais n'essayez vous pas de réinventer ce qui existe deja. En effet, j'ai deja essayé ters rapidement un logiciel qui s'appelait Genetic Data Environment (GDE), en particulier sa version mac (MacGDE), qui permet d'ouvrir une séquence, et de la balancer dans plusieurs outils. le prog s'occupait lui meme du format. L'autre avantage de GDE est qu'il est cosumisable a fond, et qu'il est tres aiser d'en rajouter des fonctions.

Je pense donc qu'il faudrait faire un etat des lieux, et eventuelement d'estimer si il ne vaut pas mieux contribuer à un soft deja existant, et qui pourrait deja avoir une communauté, que repartir de rien, et refaire un outil qui existe deja et sera peu ou pas utilisé.

Z.

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C'est vrai que le but n'est pas de réinventer la roue :mrgreen:, car malheureusement, c'est un peu le défaut de l'info car chacun veut toujours faire à sa façon. Mais c'est aussi dû au fait que pas mal de softs sont fait en interne dans les labos ou fait par des stagiaires ou thésards et donc pas forcément maintenus. car ces derniers s'en vont.
Mais bon, c'était aussi l'occasion de répondre à d'autres besoins.

D'ailleurs la suggestion de stoyak permet indirectement de faire un état de lieux de ce qui existe. Du coup, on pourrait compléter la liste de jasmine ici.

Pourrais tu rajouter l'outil GDE dans la liste ?

il semblerait que GDE soit abandonné, mais repris sous le nom de bioLegato .

Citation:

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Envoyé par http://home.cc.umanitoba.ca/~psgendb/tutorials/bioLegato/bioLegato.html

bioLegato is best thought of as a program that runs programs. The main bioLegato window consists of a multiple sequence alignment editor and menu buttons. To perform a task on any sequence or set of sequences, simply click or drag on the sequence(s), and choose a program from one of the menus. Each menu button opens a pull-down containing a list of programs. Menus group programs by topic.

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[edit] : Enf aite, ces gens reprennent GDE et le modifie totalement pour l'intégrer a leur suite bioinformatique Birsh

On pourrait récupérer certaines fonctions de PerlPrimer (enfin si c'est en accord avec la GNU General Public License) :

Citation:

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PerlPrimer is a free, open-source GUI application written in Perl that designs primers for standard PCR, bisulphite PCR, real-time PCR (QPCR) and sequencing. It aims to automate and simplify the process of primer design.

PerlPrimer's current features include the following:

* Calculation of possible primer-dimers
* Retrieval of genomic or cdna sequences from Ensembl (including both sequences automatically for QPCR)
* Ability to BLAST search primers using the NCBI server or a local server
* Results can be saved or optionally exported in a tab-delimited format that is compatible with most spreadsheet applications.
* ORF and CpG island detection algorithms
* Ability to add cloning sequences to primers, automatically adjusted to be in-frame
* QPCR primer design without manual intron-exon boundary entry

PerlPrimer calculates primer melting temperature using J. SantaLucia's extensive nearest-neighbour thermodynamic parameters. To adjust for the salt conditions of the PCR, PerlPrimer uses the empirical formula derived by von Ahsen, et al. (2001) and allows the user to specify the concentration of Mg2+, dNTPs and primers, or use standard PCR conditions. The result is a highly accurate prediction of primer melting temperature, giving rise to a maximum yeild of product when amplified.

PerlPrimer is written in Perl and Perl/Tk. In addition, for QPCR functionality PerlPrimer uses the open-source Spidey executable from NCBI, and restriction enzyme data from the REBASE project is used when adding cloning sites. The program is designed to be cross-platform compatible and has been developed and tested on both Microsoft Windows and GNU/Linux-based operating systems. Users have also reported success using the program under Mac OS X.

Please cite the reference below if this program is useful.

Marshall OJ. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics 2004 20(15):2471-2472 [Pubmed]

Latest version is 1.1.17 .

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Citation:

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PerlPrimer v1.1.16
Copyright © 2003-2008 Owen Marshall

An application to design primers for PCR, Bisulphite PCR, Real-time PCR and Sequencing.

This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later version.

http://perlprimer.sourceforge.net

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Captures d'écran

je reviens sur le projet, et je voudrais lancer quelques idées.
Je voudrais proposer une application du meme type que GDE.

Ce serait une interface (langage à definir) avec des menus configurables ainsi que des modules ajoutabes.

A module, j'entends des fonctions invisibles a l'utilisateur, comme par exemple un module pour transformer d'un format a un autre des séquences.

il serait donc possible de parametrer les menus pour ajouter des fonctions à appliquer sur les séquences qui ont été importées. Par exemple, utiliser clustalw sur les sequences. Implicitement, cette fonction pourra appeler uen fonction invisible de formatage afin de convertir les séquences dans le format idoine.

Concernant PerlPrimer (inconnu de moi), j'ai jeté un coup d'oeil au code et la partie TM
est valide (j'ai trouvé plusieurs soft donnant des TM erronné avec la meme methode invoqué).

Z.

Comme les diverses critiques qui ont été reprises dans ce fil le mentionnaient déjà, le but de cette appli n'est pas de ré-éditer ce que font très bien d'autres logiciels .... je rappelle que le but initial est le suivant:

Citation:

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... qui permettrait d'effectuer des tâches répétitives en bioinformatique ...

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Donc, le but est de répertorier et mettre en valeur les petits bouts de scripts que chacun a développé dans son coin, et qu'il reprend de manière très régulière sans jamais trop savoir dans quel répertoire il a bien pu être stocké ... voila la philosophie de ce groupe ....

Ainsi, ici, mon but n'est pas de proposer un outil pour l'analyse de microarrays, de séquençage haut débit ou de protéomique ... :arrow:
Ce sont des domaines qui demandant autrement plus de compétences que de simples codes à partager sur un forum. Le but n'est pas de créer un service de bioinformatique gratuit en ligne! De plus, il y aura conflit d'intérêt: partager sur un forum public des codes propriétaires à nos boulots respectifs avec des connaissances acquises en interne :calim2: ....

Si tel était la direction prise, je n'adhérerai plus à ce projet ... sauf a créer une société de service en bioinfo et de se faire rémunérer ces heures de bénévolat :dehors: !

je suis parfaitement d' accord .Tes idées sont des idées pertinantes.