Liste des logiciels de bioinformatique conseillés

Jasmine80 · 31/07/2009, 15h47

Le post de Stoyak m'a donné une idée. On devrait créer une discussion dans laquelle on conseillerait les logiciels qu'on trouve les plus utiles.

Bioedit (gratuit): pour ce qui est d'éditer et d'analyser des séquences.
Ce programme est vraiment génial, il est plein de fonctions utiles et en plus, il est gratuit ... malheureusement il n'est disponible que sur windows.

Autodimer (gratuit): pour l'analyse des amorces, recherche simplement les hairpins et dimères.

Perlprimer (gratuit) : pour ceux qui veulent designer des amorces. Je ne le connais pas bien mais vu qu'il est écrit en Perl, parlons-en.

yann.falevoz · 31/07/2009, 16h26

Pourquoi ne pas les ajouter à la liste des meilleurs outils gratuits pour Windows

Yann

djibril · 31/07/2009, 16h36

C'est une bonne idée.

Citation:

Pourquoi ne pas les ajouter à la liste des meilleurs outils gratuits pour Windows

Yann

Je pense qu'il faudrait déjà lister pas mal de logiciels et ensuite, il sera plus simple de le faire ajouter au logiciel de Windows.

stoyak · 04/08/2009, 11h01

Pour l'analyse de données transcriptomiques, je conseille TigrMeV !!! PAs forcément le plus intuitif au départ, les fichiers doivent être formatés le plus souvent avant import, mais il est quand même bien utile!

Homaradieux · 16/03/2010, 21h58

Très bonne initiative
Moi je voudrais bien savoir quel logiciel utiliser pour pouvoir faire un blast global de toutes les protéines à partir d une séquence consensus que j ai élaboré. est ce qu on peu blaster par exemple GGVxxxxxTKLxPR donc en remplaçant les acides aminés intercheangeables par des x sur le site du NCBI?

-SKUD- · 04/07/2011, 11h35

la très bonne suite de bioinformatique initialement développée pour unix qui se nomme EMBOSS (european molecular biology open software suite) qui compte plus de 300 microprogrammes existe en version executable sur windows et se nomme mEMBOSS, downloadable here : http://memboss.software.informer.com/
ou
sur le site officiel : http://www.interactive-biosoftware.c...embosswin.html

Un MUST have...

-SKUD- · 04/07/2011, 11h36

Citation:

Envoyé par Homaradieux

Très bonne initiative
Moi je voudrais bien savoir quel logiciel utiliser pour pouvoir faire un blast global de toutes les protéines à partir d une séquence consensus que j ai élaboré. est ce qu on peu blaster par exemple GGVxxxxxTKLxPR donc en remplaçant les acides aminés intercheangeables par des x sur le site du NCBI?

PSIBLAST serait bien adapté à ta demande, son nouveau nom est BLASTPGP

djibril · 04/07/2011, 12h13

Vous pouvez les alimenter ici.

31/07/2009, 15h47	#1
Jasmine80 Membre Expert Jasmine Inscription : octobre 2006 Messages : 2 924 Détails du profil Informations personnelles : Nom : Jasmine Âge : 33 Localisation : Belgique Informations forums : Inscription : octobre 2006 Messages : 2 924 Points : 2 145 Points : 2 145	Liste des logiciels de bioinformatique conseillés Le post de Stoyak m'a donné une idée. On devrait créer une discussion dans laquelle on conseillerait les logiciels qu'on trouve les plus utiles. Bioedit (gratuit): pour ce qui est d'éditer et d'analyser des séquences. Ce programme est vraiment génial, il est plein de fonctions utiles et en plus, il est gratuit ... malheureusement il n'est disponible que sur windows. Autodimer (gratuit): pour l'analyse des amorces, recherche simplement les hairpins et dimères. Perlprimer (gratuit) : pour ceux qui veulent designer des amorces. Je ne le connais pas bien mais vu qu'il est écrit en Perl, parlons-en. __________________ -- Jasmine -- Merci de poser les questions dans le forum, je ne répondrai pas aux MP.
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04/08/2009, 11h01	#4
stoyak Rédactrice/Modératrice Inscription : juin 2005 Messages : 391 Détails du profil Informations forums : Inscription : juin 2005 Messages : 391 Points : 1 147 Points : 1 147	Pour l'analyse de données transcriptomiques, je conseille TigrMeV !!! PAs forcément le plus intuitif au départ, les fichiers doivent être formatés le plus souvent avant import, mais il est quand même bien utile! __________________ Cela demande du courage d'en tirer du plaisir Quand on n'a qu'un marteau, tous les problèmes ressemblent à un clou
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16/03/2010, 21h58	#5
Homaradieux Invité de passage vincent paupe Inscription : mars 2010 Messages : 1 Détails du profil Informations personnelles : Nom : vincent paupe Informations forums : Inscription : mars 2010 Messages : 1 Points : 1 Points : 1	comment blaster une séquence protéique consensus Très bonne initiative Moi je voudrais bien savoir quel logiciel utiliser pour pouvoir faire un blast global de toutes les protéines à partir d une séquence consensus que j ai élaboré. est ce qu on peu blaster par exemple GGVxxxxxTKLxPR donc en remplaçant les acides aminés intercheangeables par des x sur le site du NCBI?
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04/07/2011, 12h13	#8
djibril Responsable Perl et Outils Inscription : avril 2004 Messages : 13 512 Détails du profil Informations personnelles : Sexe : Âge : 33 Localisation : France Informations forums : Inscription : avril 2004 Messages : 13 512 Points : 31 674 Points : 31 674	Vous pouvez les alimenter ici. __________________ QUIZZ, Tutoriels, FAQ de la rubrique Perl ; Compte Twitter de la rubrique Perl. Pas de questions technique par messagerie privée (lisez les règles du forum Perl) et pour les nouveaux !
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31/07/2009, 16h26	#2
yann.falevoz Membre du Club Yann Falevoz Inscription : août 2008 Messages : 47 Détails du profil Informations personnelles : Nom : Yann Falevoz Âge : 37 Localisation : France, Isère (Rhône Alpes) Informations forums : Inscription : août 2008 Messages : 47 Points : 63 Points : 63	Pourquoi ne pas les ajouter à la liste des meilleurs outils gratuits pour Windows Yann
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04/07/2011, 11h35	#6
-SKUD- Invité régulier Inscription : mars 2011 Messages : 7 Détails du profil Informations forums : Inscription : mars 2011 Messages : 7 Points : 9 Points : 9	la très bonne suite de bioinformatique initialement développée pour unix qui se nomme EMBOSS (european molecular biology open software suite) qui compte plus de 300 microprogrammes existe en version executable sur windows et se nomme mEMBOSS, downloadable here : http://memboss.software.informer.com/ ou sur le site officiel : http://www.interactive-biosoftware.c...embosswin.html Un MUST have...
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