contrôle d'exécution et vérification de l'existence d'un ACC

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Bonjour,

J'aimerais trouver la fonction perl permettant de vérifier si j'obtiens quelque chose lors d'une requête Genbank.
Le problème est que si j'introduits un accession number erroné, mon programme plante. J'aimerais qu'il m'affiche un message d'erreur et passe à l'acc suivant au lieu de s'arrêter.
J'aimerais aussi connaitre la fonction permettant de vérifier quand je me connecte à un site si celui ci est disponible ou non. Car quand Genbank est en dérangement cela fait également planter mon programme.

Quand mon programme arrive à un Acc incorrect, il m'écrit ce message à l'écran avant de stopper.

Citation:

------------- EXCEPTION -------------
MSG: acc does not exist
STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_Seq_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:177
STACK Bio::DB::GenBank::get_Seq_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/GenBank.pm:216
STACK toplevel P:\Perl\scripts\INTERR~1\RECHER~1\CONTRO~1.PL:20

--------------------------------------
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 #!/usr/local/bin/perl #----------------------- ControleGenBank.pl -----------------------# #----------------------- ControleGenBank.pl -----------------------# use strict; use warnings; use Bio::DB::GenBank; my @Liste_acc = ("plantage", "AB305017", "EF560796"); # Recherche dans Genbank #-------------------------- my $gb = new Bio::DB::GenBank; foreach my $Acc (@Liste_acc) { if (not exists $gb->get_Seq_by_acc($Acc)){next;} my $Info = $gb->get_Seq_by_acc($Acc); my $Gi = $Info->primary_id(); print $Acc." => ".$Gi."\n"; } close;
Merci beaucoup,

Jasmine,

tu peux faire un eval :

Code:

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ACCESSION:
foreach my $Acc (@Liste_acc) {
  eval { $gb->get_Seq_by_acc($Acc) }; 
  if ($@) {   
    warn "ERREUR : pb accession $ACC\n";     
    next ACCESSION;
  } 
  my $Info = $gb->get_Seq_by_acc($Acc);
  my $Gi =  $Info->primary_id();
  print $Acc." => ".$Gi."\n"; 
}

Pour tester un site (ou url ) ok, tu passe par LWP je suppose.
utilise la methode is_success

Voilà

07/06/2007, 11h36
Jasmine80
Merci beaucoup pour ton aide, cela fonctionne très bien.
Comment s'appelle le fait d'écrire "ACCESSION:"? C'est la première fois que je vois ce type d'écriture?

Oui, j'utilise LWP::Simple
Je dois faire:
Code:

1 2 my $gb = new Bio::DB::GenBank; is_success ($gb){....}
Merci beaucoup, je vais tester

Jasmine,
07/06/2007, 11h42
djibril

le fait d'ecrire ACCESSION => mettre une etiquette à ta boucle. Tu l'appels comme tu veux de cette facon (

Citation:

ETIQUETTE:

) toujours avec le :

Mais ce n'est pas une obligation, j'ai juste plus propre et visible. De plus c'est conseillé d'etiqueter ces boucles dès qu'on fait appel à next; last; ou redo;.

Sinon pour la methode is_success, si ton $gb contient l'url, alors tu fais :

Code:

die "url $gb non disponible" unless ( $gb->is_success);

et le script s'arretera.
07/06/2007, 11h42
Jasmine80

Pour une vérifier une connexion à une base de données, puis-je également utiliser is_success?

$DBconnect=DBI->connect( $url, $user, $password ) or print "Failure!\n";
is_success($DBconnect){}

Merci,

Jasmine,

il n'arrive pas à localiser la fonction

Code:

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#!/usr/local/bin/perl
 
#----------------------- ControleGenBank.pl -----------------------#
 
#----------------------- ControleGenBank.pl -----------------------#
 
use strict;
use warnings;
use LWP::Simple;
use Bio::DB::GenBank;
 
my @Liste_acc = ("plantage", "AB305017", "EF560796", "EF560795");
 
# Recherche dans Genbank
#--------------------------
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
die "url $gb non disponible" unless ( $gb->is_success);
 
 
 
ACCESSION:
foreach my $Acc (@Liste_acc) {
  eval { $gb->get_Seq_by_acc($Acc) };
  if ($@) {
    warn "ERREUR : pb accession $Acc\n";
    next ACCESSION;
  }
  my $Info = $gb->get_Seq_by_acc($Acc);
  my $Gi =  $Info->primary_id();
  print $Acc." => ".$Gi."\n";
}
 
 
 
 
 
 
 
close;

Citation:

Can't locate object method "is_success" via package "Bio::DB::GenBank" at P:\Perl\scripts\INTERR~1\RECHER~1\CONTRO~1.PL line 17.

07/06/2007, 11h45
djibril

Citation:

Envoyé par Jasmine80

Pour une vérifier une connexion à une base de données, puis-je également utiliser is_success?

$DBconnect=DBI->connect( $url, $user, $password ) or print "Failure!\n";
is_success($DBconnect){}

Merci,

Jasmine,

non, is_sucess est une methode du module LWP : http://search.cpan.org/~gaas/libwww-...805/lib/LWP.pm
07/06/2007, 11h49
Jasmine80

je suis nulle en fait j'ai pas utilisé LWP dans ce programme-ci
Je peux enlever le use LWP::Simple; cela fonctionne très bien sans.

Je fais
my $gb = new Bio::DB::GenBank;

Je vais aller chercher sur le CPAN les info de ce package.
Je ne savais pas que chaque package avait ses propres fonctions de vérification, je pensais qu'il existait une fonction gérénale pour savoir quand on interrogeait le web si on obtenait une connexion

Merci,

Jasmine,

Bon rectification de ma part :

Code:

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#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Carp;
use LWP::Simple;
use Bio::DB::GenBank;
use HTTP::Request::Common;
 
my $url = "TON URL de TA PAGE GENBANK AVEC LE HTTP DANS L'URL";
my @Liste_acc = ("plantage", "AB305017", "EF560796", "EF560795");
 
# Recherche dans Genbank
#--------------------------
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
my $obj_lwp_useragent = LWP::UserAgent->new;
my $request = $obj_lwp_useragent->request(GET $url);
die "url $url non disponible" unless ( $request ->is_success);
 
ACCESSION:
foreach my $Acc (@Liste_acc) {
  eval { $gb->get_Seq_by_acc($Acc) };
  if ($@) {
    warn "ERREUR : pb accession $Acc\n";
    next ACCESSION;
  }
  my $Info = $gb->get_Seq_by_acc($Acc);
  my $Gi =  $Info->primary_id();
  print $Acc." => ".$Gi."\n";
}

07/06/2007, 12h03
Jasmine80

Un grand merci pour ton aide, cela fonctionne très bien.

Jasmine,