Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,


J'aimerais trouver la fonction perl permettant de vérifier si j'obtiens quelque chose lors d'une requête Genbank.
Le problème est que si j'introduits un accession number erroné, mon programme plante. J'aimerais qu'il m'affiche un message d'erreur et passe à l'acc suivant au lieu de s'arrêter.
J'aimerais aussi connaitre la fonction permettant de vérifier quand je me connecte à un site si celui ci est disponible ou non. Car quand Genbank est en dérangement cela fait également planter mon programme.

Quand mon programme arrive à un Acc incorrect, il m'écrit ce message à l'écran avant de stopper.

------------- EXCEPTION -------------
MSG: acc does not exist
STACK Bio:B::WebDBSeqI::get_Seq_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:177
STACK Bio:B::GenBank::get_Seq_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/GenBank.pm:216
STACK toplevel P:\Perl\scripts\INTERR~1\RECHER~1\CONTRO~1.PL:20

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Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
#----------------------- ControleGenBank.pl -----------------------#
 
#----------------------- ControleGenBank.pl -----------------------#
 
use strict;
use warnings;
use Bio::DB::GenBank;
 
my @Liste_acc = ("plantage", "AB305017", "EF560796");
 
# Recherche dans Genbank
#--------------------------
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 
foreach my $Acc (@Liste_acc)
{
        if (not exists $gb->get_Seq_by_acc($Acc)){next;}
        my $Info = $gb->get_Seq_by_acc($Acc);
        my $Gi =  $Info->primary_id();
        print $Acc." => ".$Gi."\n";
 
}
 
 
close;

Merci beaucoup,

Jasmine,

[djibril]

tu peux faire un eval :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ACCESSION:
foreach my $Acc (@Liste_acc) {
  eval { $gb->get_Seq_by_acc($Acc) }; 
  if ($@) {   
    warn "ERREUR : pb accession $ACC\n";     
    next ACCESSION;
  } 
  my $Info = $gb->get_Seq_by_acc($Acc);
  my $Gi =  $Info->primary_id();
  print $Acc." => ".$Gi."\n"; 
}

Pour tester un site (ou url ) ok, tu passe par LWP je suppose.
utilise la methode is_success

Voilà

[Jasmine80]

Merci beaucoup pour ton aide, cela fonctionne très bien.
Comment s'appelle le fait d'écrire "ACCESSION:"? C'est la première fois que je vois ce type d'écriture?

Oui, j'utilise LWP::Simple
Je dois faire:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $gb = new Bio::DB::GenBank;
is_success ($gb){....}

Merci beaucoup, je vais tester


Jasmine,

[djibril]

le fait d'ecrire ACCESSION => mettre une etiquette à ta boucle. Tu l'appels comme tu veux de cette facon (

ETIQUETTE:

) toujours avec le :

Mais ce n'est pas une obligation, j'ai juste plus propre et visible. De plus c'est conseillé d'etiqueter ces boucles dès qu'on fait appel à next; last; ou redo;.

Sinon pour la methode is_success, si ton $gb contient l'url, alors tu fais :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

die "url $gb non disponible" unless ( $gb->is_success);

et le script s'arretera.

[Jasmine80]

Pour une vérifier une connexion à une base de données, puis-je également utiliser is_success?

$DBconnect=DBI->connect( $url, $user, $password ) or print "Failure!\n";
is_success($DBconnect){}


Merci,


Jasmine,

[Jasmine80]

il n'arrive pas à localiser la fonction

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
#----------------------- ControleGenBank.pl -----------------------#
 
#----------------------- ControleGenBank.pl -----------------------#
 
use strict;
use warnings;
use LWP::Simple;
use Bio::DB::GenBank;
 
my @Liste_acc = ("plantage", "AB305017", "EF560796", "EF560795");
 
# Recherche dans Genbank
#--------------------------
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
die "url $gb non disponible" unless ( $gb->is_success);
 
 
 
ACCESSION:
foreach my $Acc (@Liste_acc) {
  eval { $gb->get_Seq_by_acc($Acc) };
  if ($@) {
    warn "ERREUR : pb accession $Acc\n";
    next ACCESSION;
  }
  my $Info = $gb->get_Seq_by_acc($Acc);
  my $Gi =  $Info->primary_id();
  print $Acc." => ".$Gi."\n";
}
 
 
 
 
 
 
 
close;

Can't locate object method "is_success" via package "Bio:B::GenBank" at P:\Perl\scripts\INTERR~1\RECHER~1\CONTRO~1.PL line 17.

[djibril]

Pour une vérifier une connexion à une base de données, puis-je également utiliser is_success?

$DBconnect=DBI->connect( $url, $user, $password ) or print "Failure!\n";
is_success($DBconnect){}


Merci,


Jasmine,

non, is_sucess est une methode du module LWP : http://search.cpan.org/~gaas/libwww-...805/lib/LWP.pm

[Jasmine80]

je suis nulle en fait j'ai pas utilisé LWP dans ce programme-ci
Je peux enlever le use LWP::Simple; cela fonctionne très bien sans.

Je fais
my $gb = new Bio:B::GenBank;

Je vais aller chercher sur le CPAN les info de ce package.
Je ne savais pas que chaque package avait ses propres fonctions de vérification, je pensais qu'il existait une fonction gérénale pour savoir quand on interrogeait le web si on obtenait une connexion


Merci,

Jasmine,

[djibril]

Bon rectification de ma part :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Carp;
use LWP::Simple;
use Bio::DB::GenBank;
use HTTP::Request::Common;
 
my $url = "TON URL de TA PAGE GENBANK AVEC LE HTTP DANS L'URL";
my @Liste_acc = ("plantage", "AB305017", "EF560796", "EF560795");
 
# Recherche dans Genbank
#--------------------------
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
my $obj_lwp_useragent = LWP::UserAgent->new;
my $request = $obj_lwp_useragent->request(GET $url);
die "url $url non disponible" unless ( $request ->is_success);
 
ACCESSION:
foreach my $Acc (@Liste_acc) {
  eval { $gb->get_Seq_by_acc($Acc) };
  if ($@) {
    warn "ERREUR : pb accession $Acc\n";
    next ACCESSION;
  }
  my $Info = $gb->get_Seq_by_acc($Acc);
  my $Gi =  $Info->primary_id();
  print $Acc." => ".$Gi."\n";
}

[Jasmine80]

Un grand merci pour ton aide, cela fonctionne très bien.


Jasmine,