[bioperl]parser un blast xml

Bonjour,
J'ai copié collé ce petit bout de code, fourni avec bioperl :

test.pl

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7 8 9

# one can also request that the parser NOT keep the XML data in memory # by using the tempfile initialization flag. my $searchin = new Bio::SearchIO(-tempfile => 1, -format => 'blastxml', -file => 'plague_yeast.bls.xml'); while(my $result = $searchin->next_result ) {   }

---

J'ai evidemment le fichier plague_yeast.bls.xml dans le meme repertoire que test.pl

Quand je le lance (perl -w test.pl), c'est bon. Pas d'erreur.

MAIS, ce code ne montre pas comment extraire les données du blast, par exemple les query.

Dans le fichier xml, j'ai par exemple :

Code:

---

1 2	<BlastOutput_query-def>gi|5763813|emb|CAB53166.1| putative replication regulatory protein [Yersinia pestis]</BlastOutput_query-def>

---

Pour extraire ce query j'ai mis dans mon while :

Code:

---

1 2 3

$qu=$searchin->{"BlastOutput_query-def"}; print $qu."\n";

---

Mais ca me retourne : $qu n'est pas initialisée....

J'ai essayé d'autres syntaxes sans succès.

J'ai fait de nombreuses recherches sur le forum et google, sans succès.
Quelqu'un connaitrait-il la méthode ou un site qui pourrait me renseigner ?

En vous remerciant,

Sohnic

Finalement, je m'autoréponds !
J'ai trouvé un pdf qui lève un peu le voile : http://mig.jouy.inra.fr/mig/download...euclin2004.pdf

Le code ressemble maintenant a ca :

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33

use Bio::SearchIO; use strict; my $searchio=new Bio::SearchIO(-format =>'blastxml',-file =>'mon_blast.xml'); my $result; my $hit; my $query; my $length; my $description; my $database_name; my $algorithm_type; while( $result = $searchio->next_result() ) { $query=$result->query_name; $database_name=$result->database_name; $algorithm_type=$result->algorithm; while (my $hit=$result->next_hit()) { $length=$result->query_length; my $accession=$hit->accession; my $score=$hit->score; $description=$hit->description; print $description."\n"; while (my $hsp=$hit->next_hsp()) { my $start_hit=$hsp->start('hit'); my $end_hit=$hsp->end('hit'); print "$database_name\t$algorithm_type\t$query\t$accession\t$start_hit\t", $hsp->percent_identity,"\t",$hsp->length('total'),"\t$end_hit\t$length\t$description\t $score\t",$hsp->evalue,"\n\n\n"; } } }

---

Seulement avec mon fichier (qui a été fait avec BLASTX 2.2.14, j'ai un warning à la fin

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7

-------------------- WARNING --------------------- MSG: error in parsing a report:   xml declaration not at start of external entity at line 217, column 224, byte 16384 at /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.6/i386-linux-thread-multi/XML/Parser.pm line 187   ---------------------------------------------------

---

Que je n'ai pas avec le fichier d'exemple (blastp 2.1.3).
Malgrè tout , j'ai le résultat attendu....

Si ca peut aider quelqu'un....

Sohnic