1 pièce(s) jointe(s)
Fonction et parsing sur fichier .pdb
Bonjour à tous,
Je suis débutant en programmation et j'aurai besoin de votre aide sur cet exercice. Je dispose d'un fichier en format .pdb (Proteine Data Base), par exemple 2KVY (pièce jointe ou sur https://www.rcsb.org/structure/2kvy). Je dois construire deux fonctions une première fonction qui retourne les lignes commençant par DBREF et une fonction qui lit le fichier 2KVY.pdb et qui retourne une liste contenant les lignes trouvées par la fonction précédente. Voici mon code :
Code:
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13
|
def getChainDBREF(ligne):
if ligne.startswith("DBREF"):
print(ligne)
def readPDB(nomFi):
L=[]
with open(nomFi) as t:
for i in t:
getChainDBREF(i)
def main():
readPDB("2KVY.pdb")
if __name__ == '__main__':
main() |
Cela permet d'obtenir effectivement les lignes recherchées :
DBREF 2KVY A 1 6 PDB 2KVY 2KVY 1 6
DBREF 2KVY B 7 12 PDB 2KVY 2KVY 7 12
DBREF 2KVY C 13 18 PDB 2KVY 2KVY 13 18
DBREF 2KVY D 19 24 PDB 2KVY 2KVY 19 24
Mais je ne vois pas comment stocker ces chaînes dans la première fonction, afin de les ajouter dans une liste dans la deuxième fonction.
Je vous remercie pour votre aide ! :)
