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Exercices Python Discussion :

Fonction et parsing sur fichier .pdb


Sujet :

Exercices Python

  1. #1
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    Par défaut Fonction et parsing sur fichier .pdb
    Bonjour à tous,

    Je suis débutant en programmation et j'aurai besoin de votre aide sur cet exercice. Je dispose d'un fichier en format .pdb (Proteine Data Base), par exemple 2KVY (pièce jointe ou sur https://www.rcsb.org/structure/2kvy). Je dois construire deux fonctions une première fonction qui retourne les lignes commençant par DBREF et une fonction qui lit le fichier 2KVY.pdb et qui retourne une liste contenant les lignes trouvées par la fonction précédente. Voici mon code :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    def getChainDBREF(ligne):
        if ligne.startswith("DBREF"):
            print(ligne)
    def readPDB(nomFi):
        L=[]
        with open(nomFi) as t:
            for i in t:
                getChainDBREF(i)
    def main():
        readPDB("2KVY.pdb")
    if __name__ == '__main__':
        main()
    Cela permet d'obtenir effectivement les lignes recherchées :
    DBREF 2KVY A 1 6 PDB 2KVY 2KVY 1 6

    DBREF 2KVY B 7 12 PDB 2KVY 2KVY 7 12

    DBREF 2KVY C 13 18 PDB 2KVY 2KVY 13 18

    DBREF 2KVY D 19 24 PDB 2KVY 2KVY 19 24

    Mais je ne vois pas comment stocker ces chaînes dans la première fonction, afin de les ajouter dans une liste dans la deuxième fonction.
    Je vous remercie pour votre aide !
    Fichiers attachés Fichiers attachés

  2. #2
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    Par défaut
    Salut,

    Citation Envoyé par Hurif Voir le message
    Mais je ne vois pas comment stocker ces chaînes dans la première fonction, afin de les ajouter dans une liste dans la deuxième fonction.
    Pourquoi ne pas prendre le temps d'ouvrir votre tuto. préféré au chapitre qui parle des listes pour réviser un peu? (puis à celui qui parle des fonctions)

    - W
    Architectures post-modernes.
    Python sur DVP c'est aussi des FAQs, des cours et tutoriels

  3. #3
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    Par défaut
    J'arrive au résultat en créant une liste vide L=[ ] et en ajoutant L.append(i) mais seulement dans la fonction readPDB(nomFi) avec le test if i.startswitch("DEBREF"): dans cette fonction.
    Comment dissocier ces deux commandes ?

  4. #4
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    Salut,

    Citation Envoyé par Hurif Voir le message
    Comment dissocier ces deux commandes ?
    Une fonction peut retourner un objet, non?
    Ce n'est pas pour rien que je vous ai suggéré d'ouvrir aussi le chapitre sur les fonctions.

    - W
    Architectures post-modernes.
    Python sur DVP c'est aussi des FAQs, des cours et tutoriels

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