Combiner awk et sed sur une seule colonne

Bonjour,

J'utilise la commande suivante pour remplacer tout les - de la colonne 5 (chaque colonne séparées par un espace).

Code:

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awk '{print $5}' | sed 's/\-//g' GQPDOMB-stats.vcf > intermédiare.vcf

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Cependant, j'ai remarqué que mon remplacement s'effectue sur tout le fichier et non uniquement sur la 5ème colonne comme souhaité.

Comment est-il donc possible de ne réaliser cette action que sur la colonne 5 et non tout le fichier ?

Merci d'avance pour vos réponse.

Salut,

Il est inutile de combiner sed et awk

Code:

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1 2	awk '{print $5}' | sed 's/\-//g' GQPDOMB-stats.vcf > intermédiare.vcf

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Ce résume à ceci pour ne modifier que le champ 5

Code:

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1 2	awk '{gsub("-","",$5) ; print $5 }' GQPDOMB-stats.vcf > intermédiare.vcf

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Bonsoir,
Tout d'abord Merci pour votre réponse.
Votre commande effectue bien l'action demandée.
Cependant, le fichier intermédiaire ne contient que cette colonne alors que je souhaiterai que le fichier intermédiaire contienne le fichier de base avec la colonne 5 changée.
après recherche, j'essaie cette commande fortement inspirée de votre proposition

Code:

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awk '{gsub("-","",$5) ; print}' GQPDOMB-stats.vcf > intermédiare.vcf

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Rien de compliqué

Code:

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1 2	awk '{ $5=gensub("-","","G",$5) ; print }' GQPDOMB-stats.vcf > intermédiare.vcf

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Je vous remercie de votre aide !

Bonne soirée !