[Bash] Extraction de chaines dans des sous-fichiers

Bonjour à tous,

Je me permets de vous contacter ne trouvant pas la solution à mon problème.
j'ai un gros fichier concaténant plusieurs fichiers. Chacun des fichiers semble commencer par LOCUS et se terminer par //.
Pour chacun de ces fichiers je veux extraire 4 chaînes de caractères, voici mon code:

Code:

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1 2	motif=("/trait", "trait", "/pays", "pays") for i in ${motif[@]};do while read line;do grep -w $i;done < fichier; done

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j'affiche ce que je veux mais pas dans la bonne configuration, je m'explique. En gros pour chacun de mes sous-fichiers délimités par LOCUS.......// je veux afficher ces 4 motifs (ou moins car ils ne sont pas tous forcément présent à chaque fois)
Mais dans mon code je ne sais pas comment introduire cette délimitation.

Merci beaucoup

Bonjour,

ton code n'est pas fonctionnel, je ne vois pas comment tu peux obtenir quoi que ce soit avec:
un tableau n'est pas assigné de cette manière (le virgules sont en trop)
grep ne traite rien (aucun fichier n'est indiqué); c'est bloquant.

tu ne peux pas recréer les fichiers ?

Bonjour,

Sincèrement désolé pour la confusion. Voici un autre exemple avec un code qui fonctionne et un fichier test

Code:

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1 2	motif=("/breed=" "breed:" "/haplotype=" "/country=") for i in ${motif[@]};do while read line;do grep -w $i;done < test.txt; done

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Il y a que trois sous fichiers mais l'idée serait d'afficher chacun des motifs sur une même ligne pour tous les sous fichiers.

Merci et encore désolé pour le manque de clareté

Désolé dernière rectification, ici l'exemple serait mieux avec haplogroupe au lieux d'haplotype dans les motifs.
Encore merci pour votre aide

Code:

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$ sed -n '/LOCUS/,\@//@{\@/breed=\|breed:\|/haplogroup=\|/country=@H;\@//@{x;s@//@@;s/\n//gp}}' Piotree.dvp.test.txt /note="breed: White Park" /note="breed: White Park" /haplogroup="T3" /country="Italy" /note="breed: Italian Red Pied"

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canon merci beaucoup mais il va falloir que je décortique tout ça je suis pas hyper à l'aise avec sed.

Encore merci

salut,

une autre solution, à base de awk :

Code:

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$ awk '/^LOCUS/ {s=""} /breed:|\/(breed|haplogroup|country)=/ {s=s $0} /\/\// {print s}' test.txt /note="breed: White Park" /note="breed: White Park" /haplogroup="T3" /country="Italy" /note="breed: Italian Red Pied"

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Salut,

Merci beaucoup pour cette autre façon de procéder.

A bientôt