[Analyze particles] Enregistrer le masque de seuillage
Bonjour à tous,
nous sommes en train de développer une macro sous Fiji qui nous permettrait d'identifier et de compter/mesurer des particules sur une séquence d'images.
Dans une partie, je voudrais faire une analyse de particules sur une image après détection des maximum locaux.
Puis enregistrer le masque créé pour pouvoir squelettiser les particules restantes après le seuillage.
J'ai essayer un peu tout, enregistrer le masque, renommer l'ID, ect mais je ne trouve pas la formule qui marche.
Voici la partie du script :
Code:
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
| open(path);
run("Enhance Contrast", "saturated=0.5 equalize histogram");//Enhance contrast with an analysis of the each slice’s histogram to make the adjustment
run("Undistort Image", "list=C:\\Params.txt ); // Directory containing the 'Params.txt' file, created with Optic_Calib
imageID=getImageID();
title=getTitle();
run("Gaussian Blur...", "sigma=1"); //Gaussian blur in order to eliminate some noise otherwise detected when finding local maxima, sigma=1 because of turbidity
run("Find Maxima...", "noise=50 output=[Maxima Within Tolerance] exclude light"); // Noise tolerance fixed to 50, not to be changed or size estimation will be different
run("Analyze Particles...", "size=250-1000 circularity=0.00-0.50 show=Masks display exclude include clear summarize");
run("Duplicate...", "title=a["+title+"]");
run("Skeletonize (2D/3D)"); |
N'hésitez pas à me poser des questions pour mieux comprendre ce qu'on essaie de faire.
Merci de votre aide !
