Script et adresse de répertoire

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Bonjour à tous,

je débute en script bash. Je travaille avec le logiciel R pour faire une grande étude statistique. Pour lancer plusieurs script R, j'utilise un script bash. Le problème, c'est que je travaille en collaboration. Nous avons les même jeux de données. Dans mon script R, je suis en train de rajouter une boucle if pour que mon collègue puisse faire tourner le script bash et les scripts R également sur sa machine.

Voici un exemple du code:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 #! /bin/bash arg=${1:-b} echo $arg if [$arg == j] setwd("C:/Analysis/2013 DNA methylation/Analysis_3_general mixtures") then [$arg == b] PATH=$PATH:$/home/benoit/Documents/Svn/Analysis_4_Extrem_values FILES=/home/benoit/Documents/Svn/Analysis_4_Extrem_values/Data_test/*.ct fi echo "Start of Gaussian test" for f in $FILES do echo "Test extrem values" R --vanilla --slave $* < ./Histogramm_01.r --args $f &>> erreur_Histogramm-01.log echo "--------------------------------- END --------------------------------------" done
Merci pour votre aide :-)

14/10/2014, 14h15
Flodelarab

Bonjour,

ce premier message ne contient ni question, ni message d'erreur, ni problème puisque collaborer n'est pas un problème.

Nous ne pouvons que souhaiter "bonne chance!" :ccool:
14/10/2014, 14h28
N_BaH

+1

avec, en plus, un appel à la lecture de tutoriels (notamment, ceux inscrits dans ma signature).

Bonjour à toi,

En rouge, ce qui ne fonctionne pas.

Citation:

Envoyé par wanaga3166

Bonjour à tous,

Voici un exemple du code:

Code:

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#! /bin/bash

arg=${1:-b}

echo $arg

if [$arg == j] setwd("C:/Analysis/2013 DNA methylation/Analysis_3_general mixtures") 

then 
   [$arg == b]

      PATH=$PATH:$/home/benoit/Documents/Svn/Analysis_4_Extrem_values
      FILES=/home/benoit/Documents/Svn/Analysis_4_Extrem_values/Data_test/*.ct
      fi


echo "Start of Gaussian test"

for f in $FILES

   do

      echo "Test extrem values"
 
      R --vanilla --slave $* < ./Histogramm_01.r --args $f &>> erreur_Histogramm-01.log

      echo "--------------------------------- END --------------------------------------"
 
   done

Merci pour votre aide :-)

De rien :)

15/10/2014, 07h04
Sve@r

Citation:

Envoyé par wanaga3166

Dans mon script R, je suis en train de rajouter une boucle if pour que mon collègue puisse faire tourner le script bash et les scripts R également sur sa machine.

Bonjour

Mis à part la notion vaguement similaire entre les mots "boucle" et "faire tourner" je ne vois pas de lien logique entre "rajouter une boucle" et le fait que ça permette à ton collègue de faire tourner le script. Donc en fait sans boucle ça tourne chez-toi mais pas chez ton collègue ??? :wow:

En plus rajouter une "boucle if" ben t'as qu'à repartir en algorithmique apprendre ce qu'est une boucle et ce qu'est un "if" :roll:
15/10/2014, 15h40
Flodelarab

Citation:

ben t'as qu'à repartir en algorithmique apprendre ce qu'est une boucle et ce qu'est un "if"

T'es-tu déjà amusé à écrire des programmes en Brainfuck ?
Pour ce langage, une boucle et une condition sont la même chose.

:ptdr: Quand on sait que tous les logiciels du monde pourrait être traduit dans ce langage, on se demande si le problème est vraiment algorithmique.
15/10/2014, 16h31
Sve@r
Citation:

Envoyé par Flodelarab

T'es-tu déjà amusé à écrire des programmes en Brainfuck ?

Non mais je me suis amusé à écrire un interpréteur de Brainfuck => http://www.developpez.net/forums/d11...l/#post6450257

Citation:

Envoyé par Flodelarab

Pour ce langage, une boucle et une condition sont la même chose.

Pas tout à fait. Dans ce langage, le bloc conditionnel (et non la condition) n'existe pas. Cependant l'instruction "]" de fin de boucle retourne à l'instruction "[" de début de boucle si l'octet pointé est différent de 0. Elle réalise pour cela une opération de comparaison/condition qu'on peut alors exploiter pour "simuler" un bloc conditionnel. Mais ce n'est pas parce qu'on utilise une boucle pour créer un ersatz de bloc conditionnel qu'une boucle est un bloc conditionnel !!!

C'est comme si tu remplaçais un bête if (a == 5) b=10 else b=20 qui n'existerait plus en C par un équivalent de ce style
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 tmp=a; while (a == 5) { b=10; a=0; } a=tmp; while (a != 5) { b=20; a=5; } a=tmp;
En me disant que, puisque le résultat est le même alors les instructions sont les mêmes...

Citation:

Envoyé par Flodelarab

:ptdr: Quand on sait que tous les logiciels du monde pourrait être traduit dans ce langage, on se demande si le problème est vraiment algorithmique.

Ben oui, puisque Brainfuck n'est rien d'autre qu'une machine de Turing, tous les logiciels tournant fatalement sur des machines de Turing tournent en Brainfuck !!!
Mais je n'ai jamais dit que le problème était algorithmique, j'ai dit à wanaga3166 d'aller revoir (voir?) des cours d'algorithmiques (afin de pouvoir ensuite utiliser ce qu'on y enseigne pour traduire son problème en instructions shell et surtout afin de prendre conscience de ce qu'est une boucle par rapport à un if et que ce que cela entraine comme conséquences dans un code)...