Erreur script file<-stout arg long nulle/ file.exist objet inrouvable

Salut!

Je débute sur les scripts R du coup je suis désolée d'avance si ma question paraît naive.
J'ai fait un script pour extraire des informations d'un objet de classe "ExpressionSet" (Cf GEOquery). Ligne à ligne dans ma fenêtre R aucun problème. Mais quand je lance le script, j'ai des erreurs que je ne comprends pas.
Voici le script avec la première erreur:

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18

sample_name<-NULL output<-NULL gse<-NULL color<-NULL   series_matrix<-dir(getwd(),pattern="*series_matrix.txt") series_matrix<-unlist(strsplit(series_matrix,"_")[1]) for(i in 1:length(series_matrix)){   gse<-getGEO(series_matrix[i],GSEMatrix=TRUE) gse<-gse[[1]]   if(length(gse$label_ch1[1])==0){ color<-"Non specified" } else { color<-"OK" #à traiter } }

---

avec l'erreur:

Code:

---

Erreur dans file.exists(destfile) : objet 'destfile' introuvable

---

Et le script entier

Code:

---

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33

sample_name<-NULL output<-NULL gse<-NULL color<-NULL   series_matrix<-dir(getwd(),pattern="*series_matrix.txt") series_matrix<-unlist(strsplit(series_matrix,"_")[1]) for(i in 1:length(series_matrix)){   gse<-getGEO(series_matrix[i],GSEMatrix=TRUE) gse<-gse[[1]]   if(length(gse$label_ch1[1])==0){ color<-"Non specified" } else { color<-"OK" #à traiter } sample_name<-cbind(as.character(gse$title),as.character(gse$geo_accession)) outputsample<-paste(getwd(),"sample.txt",sep="") write.table(paste("txt",color,sep=" "),output,row.names=FALSE,col.names=FALSE,sep="\t",quote=FALSE) write.table(sample_name,outputsample,row.names=FALSE,col.names=FALSE,sep="\t",quote=FALSE,append=TRUE)   Feature_Num<-list(1:length(featureNames(gse))) Gene_Symbol<-pData(featureData(gse)[,11]) Probe_Name<-pData(featureData(gse)[,1]) Control_Type<-pData(featureData(gse)[,3]) liste<-as.character(sampleNames(gse)) for(i in 1:lenght(liste)){ values<-cbind(Feature_Num,Gene_Symbol,Probe_name,Control_Type,exprs(gse)[,i]) colnames(values)<-c("Feature_Num","Gene_Symbol","Probe_Name","Control_Type","gMedianSignal") write.table(values,paste(getwd(),"/Ech",liste[i],".txt",sep=""),row.names=FALSE,quote=FALSE,sep="\t") } }

---

Qui me renvoie l'erreur suivante

Code:

---

1 2	Erreur dans if (file == "") file <- stdout() else if (is.character(file)) { : l'argument est de longueur nulle

---

Voilà, je ne comprends vraiment pas d'où ça vient. Dans le premier cas, je n'ai pas créé (en tout cas volontairement et consciemment) d'objet destfile, et dans le second je ne comprends pas non plus ce que R me raconte et d'où il me sort ça.

Si quelqu'un peut m'aider à comprendre ^^

Merci d'avance!