Sélection d'une portion d'image dans une macro
Bonjour,
Je débute avec l'utilisation des macros en ImageJ.
J'utilise ImageJ pour mesurer des surfaces de feuilles, et j'ai une macro pour automatiser les mesures et l'enregistrement des données. Mon problème est que j'ai, selon les images, une ou plusieurs feuilles; et parfois des poussières, etc que je ne veux pas mesurer. L'idéal serait donc que l'utilisateur puisse sélectionner la zone à étudier à chaque fois.
J'aimerais donc pouvoir écrire une macro qui :
- Permet de sélectionner un dossier;
- Pour chaque image du dossier, ouvre l'image;
- Attend que l'utilisateur ait sélectionné la zone voulue;
- Applique la macro à cette zone uniquement;
- Selon le choix de l'utilisateur, permet de réitérer sur une autre zone de l'image ou de la fermer;
- Ouvre l'image suivante.
Je n'ai pas trouvé comment l'on pouvait appliquer le reste de la macro sur seulement sur une portion de l'image...
Voici ce que j'ai pour l'instant (qui est probablement assez maladroit :oops: , désolée....)
Code:
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macro "Leaf batch [k]" {
// À UTILISER POUR DES DONNÉES ORGANISÉES EN DATE/EXPÉRIMENTATEUR/IMAGES
print("\\Clear")
SourceDir = getDirectory("Choose Parent Directory ");
datelist = getFileList(SourceDir);
path = SourceDir + "/Results.txt"
f = File.open(path)
for (i=0; i<datelist.length; i++) {
namelist = getFileList(SourceDir + datelist[i]);
for (j=0; j<namelist.length; j++) {
filelist = getFileList(SourceDir + datelist[i] + namelist[j]);
for (k=0; k<filelist.length; k++) {
showProgress(k+1, filelist.length);
open(SourceDir + datelist[i] + namelist[j]+filelist[k]);
a=leafArea();
print(datelist[i] + "\t" + namelist[j] + "\t" + a );
close();
}
}
}
selectWindow("Log")
content = getInfo();
print(f, content);
File.close(f)
}
macro "Leaf area [a]"
{
leafArea();
}
function leafArea()
{
var dpi = 300;
var pixelsPerCentimeter = dpi / 2.54; // 300 dpi
run("Clear Results");
run("Set Scale...", "distance=" + pixelsPerCentimeter + " known=1 pixel=1 unit=cm");
run("Subtract Background...", "rolling=50 light");
run("Make Binary");
run("Fill Holes");
run("Remove Outliers...", "radius=10 threshold=50 which=Dark");
run("Create Selection");
run("Set Measurements...", "area redirect=None decimal=3");
run("Analyze Particles...", "size=0.02-Infinity circularity=0.00-1.00 show=Nothing display clear"); // The treshodl permits to avoid smaller particules
getStatistics(area);
// For composed leaves, we need to sum all the small areas
Sum = 0;
selectWindow("Results");
lines1 = split(getInfo(), "\n");
headings = split(lines1[0], "\t");
for (j=1; j<lines1.length; j++) {
values = split(lines1[j], "\t");
a = values[1];
sum = sum + a;
} |
Merci par avance pour votre aide !
