class: programme membre avec un tableau dynamique en variable d'entrée

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Bonjour,

je reprend depuis peu le C++ après de longues années où je n'en avais pas fait et j'ai un peu du mal.

depuis peu j'ai décidé d'utiliser des classes pour faire ce que j'avais commencé.
il m'a semblé que ça me faciliterais grandement la vie pour le développement futur du programme.
mais pour le moment ça me le facilite pas du tout ...

alors mon problème:
j'ai une classe que j'appelle Images.
je veux faire un programme membre dans cette classe qui "lit" les images pour les stocker dans un tableau dynamique de 5 dimensions (x, y, z, temps, énergie).

du coup dans mon main.cpp j'ai mis ça pour le moment :

Code:

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#include <cstdlib>
#include <iostream>
 
#include "read_vff.h"
#include "test_class.h"
 
using namespace std;
 
int main(int argc, char *argv[])
{      
Images.reading();
std::cin.get();
}

dans mon test_class.h j'ai ça :

Code:

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#ifndef TEST_CLASS_H
#define TEST_CLASS_H
 
/*reading the vff files, header and images, and sort them in the variable ... */
 
class Images
{   
public:
   void reading(vector<std::string> &files);        
   vector<std::string> &ttype;
   //déclatration tableau dynamique 5 dimensions
 
};

et dans mon test_class.cpp j'ai ça :

Code:

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#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <math.h>
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <string>
#include <sstream>
#include <sys/types.h>
#include <dirent.h>
#include <errno.h>
#include <vector>
#include <conio.h>
#include <algorithm>
#include <functional>
#include <iterator>
 
#include "test_class.h"
using namespace std;
 
/*function getdir2*/
int getdir2 (string dir, vector<string> &files)
{
  DIR *dp;
  struct dirent *dirp;
  if((dp = opendir(dir.c_str())) == NULL) {
  cout << "Error(" << errno << ") opening " << dir << endl;
  return errno;
}
 
while ((dirp = readdir(dp)) != NULL) 
{
  files.push_back(string(dirp->d_name));
}
 
closedir(dp);
return 0;
}
// end function getdir2
 
//function main
void Images::reading()
{
vector<string> files = vector<string>();
string input = ""; 
 
// How to get a string/sentence with spaces
cout << "Enter the path of the folder where there is only the projections :\n>";
getline(cin, input);
 
getdir2(input,files);
 
//int const tailleTableau(20);
//cout << tailleTableau << endl;
for (unsigned int i = 2;i < files.size();i++) 
{
  cout << files[i] << endl; 
}
 
char *ttype[files.size()];
char *tsize[files.size()];
char *tbits[files.size()];
char *trank[files.size()];
char *tbands[files.size()];
char *ty_bin[files.size()];
char *tz_bin[files.size()];
char *trfan_y[files.size()];
char *trfan_z[files.size()];
char *tmin[files.size()];
char *tmax[files.size()];
char *twater[files.size()];
char *tair[files.size()];
char *tbonehu[files.size()];
char *tangle_increment[files.size()];
char *tcenter_of_rotation[files.size()];
char *tcentral_slice[files.size()];
char *tspacing[files.size()];
char *torigin[files.size()];
char *tformat[files.size()];
char *telementsize[files.size()];
char *tmodality[files.size()];
char *tdate[files.size()];
char *ttitle[files.size()];
char *tsubject[files.size()];
char *treverse_order[files.size()];
char *trecon_sysid[files.size()];
char *tmacaddr[files.size()];
char *tbinning[files.size()];
char *trawsize[files.size()];
char *tcurrent[files.size()];
char *tcurrentUnit[files.size()];
char *tdataSourceJID[files.size()];
char *texam[files.size()];
char *texposure[files.size()];
char *tframesAverage[files.size()];
char *tgantryPosition[files.size()];
char *tincrementAngle[files.size()];
char *toffset[files.size()];
char *tproject[files.size()];
char *tprotocol[files.size()];
char *tscanTechnique[files.size()];
char *tscanType[files.size()];
char *tsequence[files.size()];
char *tserialNumber[files.size()];
char *tseries[files.size()];
char *tseriesVersion[files.size()];
char *ttablePosition[files.size()];
char *tvoltage[files.size()];
char *tvoltageUnit[files.size()];
 
for (unsigned int i = 2;i < files.size();i++) 
{
 
  /* Read projection file*/
 
  string sep = "\\";
  string file_to_open = input+sep+files[i];
 
  ifstream input_file;
 
  input_file.open (file_to_open.c_str(), ifstream::in);
  input_file.seekg(0,ios::beg);
 
  if(input_file == NULL)
  {
    std::cerr<<"Cannot open input file \n";
  }
 
  /* Read the header */
  std::string line;
 
  cout << endl;
  cout << file_to_open << endl;
  cout << "line :" << std::getline(input_file, line )<< endl;
 
  string test ("=");
  size_t found;
 
 
  while ( std::getline(input_file, line ) )
  {
    found = line.find(test);
    cout << "found : " << int(found) << endl;
 
    string name_info;
    string info;
    name_info = line.substr(0,found);
    info = line.substr(found+1,(line.length()-found-2));
    cout << (line.length()-found-2) << endl;
    cout << name_info << endl;
    cout << "info :" << info << endl;
 
 
 
    if(!strcmp(name_info.c_str(), "type" ))
    {
      cout << "1"; //à la place ça enregistrait l'info dans le tableau dynamique déclaré dans la classe.
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "size" ))
    {
      cout << "2";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "bits" ))
    {
      cout << "3";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "rank" ))
    {
      cout << "4";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "bands" ))
    {
      cout << "5";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "y_bin" ))
    {
      cout << "6";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "z_bin" ))
    {
      cout << "7";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "rfan_y" ))
    {
      cout << "8";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "rfan_z" ))
    {
      cout << "9";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "min" ))
    {
      cout << "10";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "max" ))
    {
      cout << "11";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "water" ))
    {
      cout << "12";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "air" ))
    {
      cout << "13";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "bonehu" ))
    {
      cout << "14";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "angle_increment" ))
    {
      cout << "15";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "center_of_rotation" ))
    {
      cout << "16";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "central_slice" ))
    {
      cout << "17";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "spacing" ))
    {
      cout << "18";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "origin" ))
    {
      cout << "19";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "format" ))
    {
      cout << "20";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "elementsize" ))
    {
      cout << "21";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "modality" ))
    {
      cout << "22";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "date" ))
    {
      cout << "23";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "title" ))
    {
      cout << "24";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "subject" ))
    {
      cout << "25";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "reverse_order" ))
    {
      cout << "26";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "recon_sysid" ))
    {
      cout << "27";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "macaddr" ))
    {
      cout << "28";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "binning" ))
    {
      cout << "29";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "rawsize" ))
    {
      cout << "30";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "current" ))
    {
      cout << "31";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "currentUnit" ))
    {
      cout << "32";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "dataSourceJID" ))
    {
      cout << "33";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "exam" ))
    {
      cout << "34";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "exposure" ))
    {
      cout << "35";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "framesAverage" ))
    {
      cout << "36";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "gain" ))
    {
      cout << "37";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "gantryPosition" ))
    {
      cout << "38";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "ncrementAngle" ))
    {
      cout << "39";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "offset" ))
    {
      cout << "40";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "project" ))
    {
      cout << "41";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "protocol" ))
    {
      cout << "42";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "scanTechnique" ))
    {
      cout << "43";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "scanType" ))
    {
      cout << "44";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "sequence" ))
    {
      cout << "45";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "serialNumber" ))
    {
      cout << "46";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "series" ))
    {
      cout << "47";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "seriesVersion" ))
    {
      cout << "48";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "tablePosition" ))
    {
      cout << "49";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "voltage" ))
    {
      cout << "50";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "voltageUnit" ))
    {
      cout << "51";
    }
 
    else
    { 
      cout << "qwerty";
    }
 
    // afficher la ligne à l'écran
    std::cout << line << std::endl;   
  }
 
  cout << "blurp" << endl;
  std::cin.get();
}
}

et j'ai un problème de compilation.
il ne veut pas de mon void reading(vector<std::string> &files);
(il veut pas du vector<std::string> &files) plus exactement.

quelqu'un verrait le problème ?
(et si quelqu'un a une idée de comment faire un tableau dynamique 5 dimensions au passage ...)

Merci d'avance.

01/02/2013, 20h19
Bousk

Bonsoir,

vector, tout comme string, se trouve dans le namespace std.
01/02/2013, 20h33
svagrim

tu parles pour le point h c'est ça ?
j'ai vu sur les tutoriels C++ qu'il fallait pas mettre de std dans le fichier de la classe.

Citation:

Dans les .h, il est recommandé de ne jamais mettre la directive using namespace std; car cela pourrait avoir des effets néfastes, par la suite, lorsque vous utiliserez la classe.
Par conséquent, il faut rajouter le préfixe std:: devant chaque string du .h. Sinon, le compilateur vous sortira une erreur du type string does not name a type.

du coup tu crois que c'est vraiment ça le problème ?
j'ai un peu peur de potentiel futur effet nefastes. c'est quoi ces effets néfastes dont ils parlent ?
01/02/2013, 20h51
Médinoc

La réponse n'est pas mettre un using namespace, mais écrire std::vector<std::string>
01/02/2013, 20h54
svagrim

ah oki j'avais pas compris.
merci j'essaye ça.
01/02/2013, 21h01
svagrim

nan, toujours la même erreur :

Citation:

In file included from main.cpp:5:
test_class.h:9: error: variable or field `reading' declared void
test_class.h:9: error: expected `;' before '(' token

main.cpp: In function `int main(int, char**)':

main.cpp:12: error: expected primary-expression before '.' token
01/02/2013, 22h09
JolyLoic

Il te manque un #include <vector> et un #include<string> dans ton test_class.h
01/02/2013, 22h46
svagrim

ok merci.
j'avais pas pensé qu'il fallait les mettre dans le point h aussi ...

du coup j'ai une nouvelle erreur, dans le main cette fois :

Citation:

main.cpp: In function `int main(int, char**)':

main.cpp:13: error: expected primary-expression before '.' token

il doit falloir que je fasse quelque chose avant d'appeler directer Images.reading() mais quoi ?

j'ai essayé en ajoutant une déclaration avant :

Citation:

vector<std::string> files;
Images.reading(&files); // j'ai essayé aussi sans le & que j'ai du mal à comprendre
std::cin.get();

même erreur

ah et j'ai rajouter les #include<vector et string> dans le main aussi
01/02/2013, 23h44
JolyLoic
Ok, donc le premier point est passé. En fait, le mécanisme d'include est purement textuel : Il inclus le fichier demandé. L'autre point est qu'avant d'utiliser quelquechose, il doit être déclaré.

Donc, quand tu compiles test_class.cpp, quand tu arrive à l'inclusion de test_class.h, tu as déjà inclus <vector>, donc tout va bien. Par contre, quand tu compiles main.cpp, quand tu arrives à l'inclusion de test_class.h, tu n'as pas encore inclus vector, d'où le problème.

C'est pour ça qu'une bonne pratique consiste à include le .h correspondant à un .cpp en tête de ce dernier : Ainsi, comme il est inclus en tout premier, tu peux être certain qu'il est autonome et indépendant, et donc que tu pourras l'inclure un peu partout sans soucis.

Pour le second problème, ta fonction reading (d'ailleurs, je trouve son nom étrange) est une fonction membre (non statique) de la classe Images. Tu as donc besoin d'une variable de type Images pour l'appeler.

Ensuite, elle a besoin d'un vector<string> en paramètre. Il faut lui fournir.
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 int main() { Images myImages; vector<string> files; files.push_back("FileA.png"); files.push_back("FileB.jpg"); myImages.reading(files); }
Il y a encore pas mal de soucis dans le code, et je ne sais pas trop où tu veux aller, j'ai donc du mal à t'aider. J'espère que ça te permettra de te débloquer.
01/02/2013, 23h58
svagrim

ok merci.
je test tout ça.

je dois en fait implémenter des méthodes de reconstructions d'images tomographique. je les ais implémenté sous matlab mais il faut que je refasse une partie du taf sous c++ parce que matlab est trop lent, et surtout même en utilisant les "options" de compilation, j'ai toujours des limites de mémoire (on ne peut pas allouer toute la mémoire libre de la workstation à matlab).
les données font une fois reconstruites environ 7/8 Go.

du coup j'essaye de faire ce que j'ai déjà fait en matlab en c++.
mais je me bats un peu. j'en ai pas fait depuis au moins 5-6 ans. je me souviens plus de grand chose.

d'où les erreurs que tu vois dans mon programme.
après certaines sont peut être aussi parce que j'avais fait la fonction qui lit les headers avant mais pas sous forme de classe.
elle marchait.
mais maintenant j'essaye de programmer en faisant des classes.

et qu'est-ce que ça a de bizarre comme nom reading ?
en tout cas par ici (vancouver) de nombreux programmes ont une fonction appelée reading pour la lecture des data.

ça ne veut toujours pas compiler.
j'ai l'erreur suivante :

Citation:

main.cpp: undefined reference to 'Images::Images()'

j'ai résolu ce problème. je laisse le reste du message au cas où vous auriez des conseilles pour atteindre mon objectif final décrit ci-dessous. et notamment avec mon tableau dynamique à 5 dimensions.

je remets mes codes que j'ai un peu modifier suite à vos remarques:
main:

Code:

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#include <cstdlib>
#include <iostream>
#include <vector>
#include <string>
#include <sys/types.h>
#include <dirent.h>
 
#include "read_vff.h"
#include "test_class.h"
 
using namespace std;
 
/*function getdir2*/
int getdir2 (string dir, vector<string> &files)
{
  DIR *dp;
  struct dirent *dirp;
  if((dp = opendir(dir.c_str())) == NULL) 
  {
     cout << "Error(" << errno << ") opening " << dir << endl;
     return errno;
  }
 
  while ((dirp = readdir(dp)) != NULL) 
  {
    files.push_back(string(dirp->d_name));
  }
 
  closedir(dp);
  return 0;
}
// end function getdir2
 
int main(int argc, char *argv[])
{      
  vector<string> files = vector<string>();
  string input = ""; 
 
  cout << "Enter the path of the folder where there is only the projections :\n>";
  getline(cin, input);
 
  getdir2(input,files);
 
  Images myImages;
  myImages.reading(input, files);
  std::cin.get();
}

test_class.h:

Code:

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#ifndef TEST_CLASS_H
#define TEST_CLASS_H
 
#include <vector>
#include <string>
 
/*reading the vff files, header and images, and sort them in the variable ... */
 
class Images
{   
public:
 
   Images();
   void reading(std::string input, std::vector<std::string> &files);        
   int** header;
   int** data;
 
};
 
#endif // TEST_CLASS_H

et test_class.cpp:

Code:

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#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <math.h>
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <string>
#include <sstream>
#include <sys/types.h>
#include <dirent.h>
#include <errno.h>
#include <vector>
#include <conio.h>
#include <algorithm>
#include <functional>
#include <iterator>
 
#include "test_class.h"
using namespace std;
 
void Images::reading(string input, vector<string> &files)
{
 
//int const tailleTableau(20);
//cout << tailleTableau << endl;
for (unsigned int i = 2;i < files.size();i++) 
{
  cout << files[i] << endl; 
}
 
char *ttype[files.size()];
char *tsize[files.size()];
char *tbits[files.size()];
char *trank[files.size()];
char *tbands[files.size()];
char *ty_bin[files.size()];
char *tz_bin[files.size()];
char *trfan_y[files.size()];
char *trfan_z[files.size()];
char *tmin[files.size()];
char *tmax[files.size()];
char *twater[files.size()];
char *tair[files.size()];
char *tbonehu[files.size()];
char *tangle_increment[files.size()];
char *tcenter_of_rotation[files.size()];
char *tcentral_slice[files.size()];
char *tspacing[files.size()];
char *torigin[files.size()];
char *tformat[files.size()];
char *telementsize[files.size()];
char *tmodality[files.size()];
char *tdate[files.size()];
char *ttitle[files.size()];
char *tsubject[files.size()];
char *treverse_order[files.size()];
char *trecon_sysid[files.size()];
char *tmacaddr[files.size()];
char *tbinning[files.size()];
char *trawsize[files.size()];
char *tcurrent[files.size()];
char *tcurrentUnit[files.size()];
char *tdataSourceJID[files.size()];
char *texam[files.size()];
char *texposure[files.size()];
char *tframesAverage[files.size()];
char *tgantryPosition[files.size()];
char *tincrementAngle[files.size()];
char *toffset[files.size()];
char *tproject[files.size()];
char *tprotocol[files.size()];
char *tscanTechnique[files.size()];
char *tscanType[files.size()];
char *tsequence[files.size()];
char *tserialNumber[files.size()];
char *tseries[files.size()];
char *tseriesVersion[files.size()];
char *ttablePosition[files.size()];
char *tvoltage[files.size()];
char *tvoltageUnit[files.size()];
 
for (unsigned int i = 2;i < files.size();i++) 
{
 
  /* Read projection file*/
 
  string sep = "\\";
  string file_to_open = input+sep+files[i];
 
  ifstream input_file;
 
  input_file.open (file_to_open.c_str(), ifstream::in);
  input_file.seekg(0,ios::beg);
 
  if(input_file == NULL)
  {
    cerr<<"Cannot open input file \n";
  }
 
  /* Read the header */
  string line;
 
  cout << endl;
  cout << file_to_open << endl;
  cout << "line :" <<  getline(input_file, line )<< endl;
 
  string test ("=");
  size_t found;
 
 
  while ( getline(input_file, line ) )
  {
    found = line.find(test);
    cout << "found : " << int(found) << endl;
 
    string name_info;
    string info;
    name_info = line.substr(0,found);
    info = line.substr(found+1,(line.length()-found-2));
    cout << (line.length()-found-2) << endl;
    cout << name_info << endl;
    cout << "info :" << info << endl;
 
 
 
    if(!strcmp(name_info.c_str(), "type" ))
    {
      cout << "1";
      //Images.ttype.push_back (info);
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "size" ))
    {
      cout << "2";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "bits" ))
    {
      cout << "3";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "rank" ))
    {
      cout << "4";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "bands" ))
    {
      cout << "5";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "y_bin" ))
    {
      cout << "6";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "z_bin" ))
    {
      cout << "7";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "rfan_y" ))
    {
      cout << "8";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "rfan_z" ))
    {
      cout << "9";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "min" ))
    {
      cout << "10";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "max" ))
    {
      cout << "11";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "water" ))
    {
      cout << "12";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "air" ))
    {
      cout << "13";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "bonehu" ))
    {
      cout << "14";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "angle_increment" ))
    {
      cout << "15";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "center_of_rotation" ))
    {
      cout << "16";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "central_slice" ))
    {
      cout << "17";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "spacing" ))
    {
      cout << "18";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "origin" ))
    {
      cout << "19";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "format" ))
    {
      cout << "20";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "elementsize" ))
    {
      cout << "21";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "modality" ))
    {
      cout << "22";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "date" ))
    {
      cout << "23";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "title" ))
    {
      cout << "24";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "subject" ))
    {
      cout << "25";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "reverse_order" ))
    {
      cout << "26";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "recon_sysid" ))
    {
      cout << "27";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "macaddr" ))
    {
      cout << "28";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "binning" ))
    {
      cout << "29";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "rawsize" ))
    {
      cout << "30";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "current" ))
    {
      cout << "31";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "currentUnit" ))
    {
      cout << "32";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "dataSourceJID" ))
    {
      cout << "33";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "exam" ))
    {
      cout << "34";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "exposure" ))
    {
      cout << "35";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "framesAverage" ))
    {
      cout << "36";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "gain" ))
    {
      cout << "37";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "gantryPosition" ))
    {
      cout << "38";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "ncrementAngle" ))
    {
      cout << "39";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "offset" ))
    {
      cout << "40";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "project" ))
    {
      cout << "41";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "protocol" ))
    {
      cout << "42";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "scanTechnique" ))
    {
      cout << "43";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "scanType" ))
    {
      cout << "44";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "sequence" ))
    {
      cout << "45";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "serialNumber" ))
    {
      cout << "46";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "series" ))
    {
      cout << "47";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "seriesVersion" ))
    {
      cout << "48";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "tablePosition" ))
    {
      cout << "49";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "voltage" ))
    {
      cout << "50";
    }
    else if(!strcmp(name_info.c_str(), "voltageUnit" ))
    {
      cout << "51";
    }
 
    else
    { 
      cout << "qwerty";
    }
 
    // afficher la ligne à l'écran
    std::cout << line << std::endl;   
  }
 
  cout << "blurp" << endl;
  cin.get();
}
//fclose(input_file);
}

j'ai viré les std dans le test_class.cpp parce que si je comprends bien à cause du using namespace std ils servent à rien.

ah et dans le test_class.cpp je voulais mettre un fclose(input_file) mais qu'importe où je le mais il me fait une erreur en plus me disant que je l'ai pas défini alors que je le défini et ouvre le fichier input_file avant.

et pour répondre un peu plus emplemant à ce que je voudrais à la fin.

c'est un truc du genre:
Images.infoheader1 = tableau dynamique de string
Images.infoheader2 = tableau dynamique de nombres par exemple
Images.infoheader3 = tableau dynamique de veteur de 3 nombres.
Images.data = tableau dynamique 5 dimensions avec les images
dimension 1 x, dimension 2 y, dimension 3 z, dimension 4 temps, dimension 5 énergie.

voilà, c'est ce que j'avais fait sous matlab (structure) afin de pouvoir appliquer mes filtres et faire mon algo de reconstruction qui utilise les 5 dimensions à la fois.

merci encore

02/02/2013, 10h52
JolyLoic
reading me semble étrange, parce qu'en général, on voit plus souvent des noms de fonction comme read que comme reading. A la limite, reading comme état dans un automate d'état (je suis dans l'état où je suis en train de lire) ne me choquerait pas.
Pour t'en convaincre, regarde par exemple le stream que tu utilises : Tu lui fais :
Code:

1 2 input_file.open (file_to_open.c_str(), ifstream::in); input_file.seekg(0,ios::beg);
Et non :
Code:

1 2 input_file.opening (file_to_open.c_str(), ifstream::in); input_file.seekingg(0,ios::beg);
Si ça fait 5/6 ans que tu n'as pas fait de C++, peut-être que ça serait rentable que te (re)lise un livre sur le sujet pour te remettre le pied à l'étrier ?

Pour ton erreur main.cpp: undefined reference to 'Images::Images()', il s'agit non plus d'une erreur de compilation, mais d'une erreur de link. C'est à dire qu'il ne trouve pas au moment d'assembler ton programme la définition du constructeur de Images. C'est normal, tu as déclaré ce constructeur dans ton .h, mais tu ne l'as défini nulle part.

Ensuite, je vois que tu as commencé à mettre des truc** dans ta classe. Arrête tout de suite ! C'est un coup à se planter lors de l'utilisation. Tu as commencé à utiliser des structures de la STL comme vector, c'est probablement par là qu'il te faut continuer, ou si tu as besoin de vraies matrices, vers des classes de bibliothèques spécialisées. Mais pas de **.

Pour le fclose, pas besoin. Ça sers avec les FILE* du C, pas avec les stream du C++. Le flux est automatiquement fermé quand la variable est détruite.

Pour ta structure de données, je n'ai pas encore complètement compris :

Images.infoheader1 = tableau dynamique de string
Images.infoheader2 = tableau dynamique de nombres par exemple
Images.infoheader3 = tableau dynamique de veteur de 3 nombres.

Est-ce que ces 3 tableaux son liés (ont la même taille, et pour un même indice représentent différentes facettes de la même chose) ? Si oui,
Code:

1 2 3 4 5 6 7 struct Header { string name; double value; std::array<double, 3> otherValues; } typedef std::vector<Header> InfoHeader;
Pour ton tableau à 5 dimensions, est-il plein, est-il creux ? Tu parles de dimensions en x, y, z, temps, énergie. Est-ce que les indices pour ces dimensions sont tous assimilables à des entiers, ou est-ce que tu as des subtilités ?
02/02/2013, 18h03
Neckara

Bonjour,

Il me semble que personne n'a encore répondu à cette question que tu te posais :

Citation:

Envoyé par svagrim

j'ai un peu peur de potentiel futur effet nefastes. c'est quoi ces effets néfastes dont ils parlent ?

Si tu met un using namespace X dans un header, tous les fichiers incluant cet header auront le using namespace X.
Or il arrive que dans les bibliothèques ou dans le code qu'on écrit, de se retrouver avec des noms de classes identiques (ex : X::String et Y::String respectivement contenu dans la bibliothèque X et Y).
Et si tu fais un using namespace X et un using namespace Y, comment savoir si String provient de la bibliothèque X ou de la bibliothèque Y ?

Ainsi si tu met un using namespace X dans un header, tu ne pourras plus faire de using namespace Y (ou de header le faisant) dans les fichiers qui inclueront ton header.
04/02/2013, 20h16
svagrim

merci Neckara pour les infos.

et merci JolyLoic pour l'aide.

concernant le reading.
Je suis d'accort avec toi sur l'idée mais j'ai fait que suivre la façon dont dans mon labo ils nomment leur fonction.
ils sont canadiens anglophones (je suis sur vancouver) donc j'imagine que c'est pas un souci "reading" vu qu'ils les appellent comme ça.
en fait je pense que c'est plus pour être sur que c'est une fonction programmer à la main et pas un appel d'une fonction de la bibliothèque par defaut de matlab/c++ ou autre langage qu'ils utilisent.

pour mon problème oui j'avais vu que j'avais zappé de définir le constructeur.

sinon effectivement je reprend pas le c comme ça.
j'ai fait une bonne partie des tutorials des sites du zero.

mais je me melange encore les pinceaux.
faire ce programme reprèsente environ 10% de mon taf.
du coup je commence, je peux pas m'y remettre pendant un bon moment.
j'y reviens et j'ai oublié des trucs que j'ai appris parce que pas utilisé de suite après.
bref pas l'idéal pour un langage que j'ai pas utilisé depuis longtemps.
mais ça commence à revenir petit à petit.

merci pour l'avertissement pour les **

sinon oui tu as bien compris pour mon tableau.
ils ont la même taille. et l'indice correspond à l'indice d'une image en fait. les tableaux sont les tableaux avec les informations sur l'acquisition et la reconstruction de l'image.

pour le tableau à 5 dimensions.
les indices sont tous des entiers (sous matlab j'avais des indices entiers et un vecteur pour une correspondance indice entier/valeur réelle si c'est pas un entier) c'était le plus simple.

par contre je vois pas ce que tu veux dire par creux ou plein.
Il n'y a aucune partie vide si c'est ce que tu veux savoir.
il y a des valeurs dans tous les éléments de la matrice.
04/02/2013, 21h04
JolyLoic

Citation:

Envoyé par svagrim

par contre je vois pas ce que tu veux dire par creux ou plein.
Il n'y a aucune partie vide si c'est ce que tu veux savoir.
il y a des valeurs dans tous les éléments de la matrice.

C'était bien ça. Si je demande, c'est parce que même s'il n'y a que 100 indices par dimension, le nombre total de cases augmente très vite (100^5 == 10^10 = environ 75Go si tu travaille avec des doubles = il va falloir faire un peu attention à la manière dont la mémoire est gérée).

Et donc, si la grande majorité des cases étaient avec une même valeur, il pourrait être intéressant de stocker les informations dans un std::map<tuple<int, int, int, int, int>, double>, en ne codant que les cases n'ayant pas cette valeur.

Sinon, si tu est certain d'avoir assez de mémoire contigüe pour tout stocker, un très bourrin vector<double> avec l'accès à une case du type v[x + y*nbX + z *nbX*nbY + t*nbX*nbY*nbZ + e*nbX*nbY*nbZ*nbT]Après, tu peux fragmenter un peu, par exemple un vector<vector<double>>, le premier niveau représentant e et t, le second x,y,z.

Tous ça dépend des calculs que tu vas vouloir faire. Je te conseille en particulier de te débrouiller pour que tes boucles internes soient de préférence sur des données stockées physiquement proches les unes des autres dans ton tableau. C'est important pour que le cache joue bien son rôle, et d'autant plus si tu dois paralléliser ton algorithme un jour.

Et j'ai failli oublié : Comme tu vois, il y a plein de variantes possible, selon les niveaux de découpage, les collections choisies à chaque niveau, l'ordre des indices..., et tu va probablement devoir jouer avec tout ça. Donc n'utilise pas directement les structures que je t'ai conseillées, mais wrap les dans une classe avec une interface unique, mais qui te permettra de tester diverses combinaisons.
05/02/2013, 02h40
svagrim

au niveau de la taille de la matrice "totale" ça sera environ du 1500x1500x1500x30x4 codé en float.
mais pour les algo de reconstruction, les processus de diffusion ne sont que sur 4/5 temps successifs.
du coup je peux découper en petit bout du style 1500x1500x1500x4x4.

il y aura quelques valeurs qui se répêtent mais pas tant que ça (les reconstructions tomographique c'est sur des cercles et la matrice est carré donc il y a des valeurs nuls tout autour du cercle de reconstruction).
ceci dit je suis preneur de tout gain de mémoire possible.

sinon oui c'est pour ça que j'ai commencé à apprendre à faire des classes.

merci encore pour votre aide !
05/02/2013, 08h31
JolyLoic

Quand j’entends temps successif, j'entends qu'à un moment, tu vas travailler sur les temps 0,1,2,3 et plus tard sur les temps 1,2,3,4... C'est bien ça ?

Si oui, il me semblerait intéressant de faire un deque<vector<float>>, le deque servant à stoker les temps, le vector le reste, afin de pouvoir ajouter ou enlever un pas de temps sans pour autant devoir tout recopier partout en mémoire.

Sinon, 1500*1500*1500*4*4*4 (mon dernier 4 étant la taille d'un float), ça fait quand même 200Go... Ça reste probablement trop gros pour que tout tienne en mémoire.

Le fait de ne pas coder les valeurs en dehors du cercle ferait gagner 21% environ, c'est peu.

Je n'ai pas d'idées particulières sur comment gagner par rapport à ça. Une autre façon de voir les choses serait de dire qu'on va travailler non plus en mémoire, mais sur disque (avec des moins bonnes perfs, bien entendu). Je sais qu'il y a une biblitohèque ayant pour but ce genre de choses, mais ne l'ai jamais testée pour voir ce qu'elle valait, et elle n'a pas l'air hyper active : http://stxxl.sourceforge.net/
05/02/2013, 19h22
svagrim

c'est bien ça pour les temps successif.
je vais regarder ta fonction. (par contre je vais peut être commencer mon algo sans inclure la diffusion donc je regarderais ça plus tard).

hum 21% de 200 Go certes ils restent beaucoup mais ça enlève tout de même 42 Go. c'est pas négligeable du tout. je vais envisager ça !

sinon pour la mémoire sur disque, ça swap pas automatiquement avec c++ ?
parce que oui il va bien falloir que ça swap j'ai que 60 Go de ram.

pour le temps de calcul, le but serait de lancer la reconstruction un vendredi soir et d'avoir le résultat le lundi matin, ce qui risque d'être nécessaire comme temps. après si ça prend moins longtemps tant mieux. comme ça je pourrais reconstruire plus vite mais on est pas dans une optique "patient" ou quelque chose comme ça où on aurait besoin de l'image assez vite.

et une petite question anodine. j'arrive pas à faire un cout d'un vector<string>. c'est normal ?
j'ai fait un

Code:

cout << ttype.at(1);

ttype étant le vector<string> que j'avais crée.
ça compile mais ça plante

pour mieux expliquer mon problème.

je suis en train de remplacer les char *variable etc ... qui était dans mon test_classe.cpp

par de vector<string ou autre> variable dans le test_classe.h

et de les remplir dans mon test_classe.cpp avec des push_back.

ça donne ça :
test_classe.h

Code:

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#ifndef TEST_CLASS_H
#define TEST_CLASS_H
 
#include <vector>
#include <string>
 
/*reading the vff files, header and images, and sort them in the variable ... */
 
class Images
{   
public:
 
   Images();
   void reading(std::string input, std::vector<std::string> &files);
   std::vector<std::string>  ttype; 
   std::vector<std::string>  tsize;
 
};
 
#endif // TEST_CLASS_H

test_classe.cpp:

Code:

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#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <math.h>
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <string>
#include <sstream>
#include <sys/types.h>
#include <dirent.h>
#include <errno.h>
#include <vector>
#include <conio.h>
#include <algorithm>
#include <functional>
#include <iterator>
 
#include "test_class.h"
using namespace std;
 
//constructor
Images::Images()
{
}
 
//function reading
void Images::reading(string input, vector<string> &files)
{
 
  //int const tailleTableau(20);
  //cout << tailleTableau << endl;
  for (unsigned int i = 2;i < files.size();i++) 
  {
    cout << files[i] << endl; 
  }
 
  //char *ttype[files.size()];
  //char *tsize[files.size()];
  char *tbits[files.size()];
  char *trank[files.size()];
  char *tbands[files.size()];
  char *ty_bin[files.size()];
  char *tz_bin[files.size()];
  char *trfan_y[files.size()];
  char *trfan_z[files.size()];
  char *tmin[files.size()];
  char *tmax[files.size()];
  char *twater[files.size()];
  char *tair[files.size()];
  char *tbonehu[files.size()];
  char *tangle_increment[files.size()];
  char *tcenter_of_rotation[files.size()];
  char *tcentral_slice[files.size()];
  char *tspacing[files.size()];
  char *torigin[files.size()];
  char *tformat[files.size()];
  char *telementsize[files.size()];
  char *tmodality[files.size()];
  char *tdate[files.size()];
  char *ttitle[files.size()];
  char *tsubject[files.size()];
  char *treverse_order[files.size()];
  char *trecon_sysid[files.size()];
  char *tmacaddr[files.size()];
  char *tbinning[files.size()];
  char *trawsize[files.size()];
  char *tcurrent[files.size()];
  char *tcurrentUnit[files.size()];
  char *tdataSourceJID[files.size()];
  char *texam[files.size()];
  char *texposure[files.size()];
  char *tframesAverage[files.size()];
  char *tgantryPosition[files.size()];
  char *tincrementAngle[files.size()];
  char *toffset[files.size()];
  char *tproject[files.size()];
  char *tprotocol[files.size()];
  char *tscanTechnique[files.size()];
  char *tscanType[files.size()];
  char *tsequence[files.size()];
  char *tserialNumber[files.size()];
  char *tseries[files.size()];
  char *tseriesVersion[files.size()];
  char *ttablePosition[files.size()];
  char *tvoltage[files.size()];
  char *tvoltageUnit[files.size()];
 
  for (unsigned int i = 2;i < files.size();i++) 
  {
 
    /* Read projection file*/
 
    string sep = "\\";
    string file_to_open = input+sep+files[i];
 
    ifstream input_file;
 
    input_file.open (file_to_open.c_str(), ifstream::in);
    input_file.seekg(0,ios::beg);
 
    if(input_file == NULL)
    {
      cerr<<"Cannot open input file \n";
    }
 
    /* Read the header */
    string line;
 
    cout << endl;
    cout << file_to_open << endl;
    cout << "line :" << getline(input_file, line )<< endl;
 
    string test ("=");
    size_t found;
 
 
    while ( getline(input_file, line ) )
    {
      found = line.find(test);
      cout << "found : " << int(found) << endl;
 
      string name_info;
      string info;
      name_info = line.substr(0,found);
      info = line.substr(found+1,(line.length()-found-2));
      cout << (line.length()-found-2) << endl;
      cout << name_info << endl;
      cout << "info :" << info << endl;
 
 
 
      if(!strcmp(name_info.c_str(), "type" ))
      {
        cout << "1";
        ttype.push_back(info.c_str());
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "size" ))
      {
        cout << "2";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "bits" ))
      {
        cout << "3";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "rank" ))
      {
        cout << "4";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "bands" ))
      {
        cout << "5";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "y_bin" ))
      {
        cout << "6";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "z_bin" ))
      {
        cout << "7";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "rfan_y" ))
      {
        cout << "8";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "rfan_z" ))
      {
        cout << "9";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "min" ))
      {
        cout << "10";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "max" ))
      {
        cout << "11";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "water" ))
      {
        cout << "12";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "air" ))
      {
        cout << "13";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "bonehu" ))
      {
        cout << "14";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "angle_increment" ))
      {
        cout << "15";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "center_of_rotation" ))
      {
        cout << "16";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "central_slice" ))
      {
        cout << "17";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "spacing" ))
      {
        cout << "18";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "origin" ))
      {
        cout << "19";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "format" ))
      {
        cout << "20";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "elementsize" ))
      {
        cout << "21";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "modality" ))
      {
        cout << "22";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "date" ))
      {
        cout << "23";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "title" ))
      {
        cout << "24";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "subject" ))
      {
        cout << "25";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "reverse_order" ))
      {
        cout << "26";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "recon_sysid" ))
      {
        cout << "27";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "macaddr" ))
      {
        cout << "28";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "binning" ))
      {
        cout << "29";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "rawsize" ))
      {
        cout << "30";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "current" ))
      {
        cout << "31";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "currentUnit" ))
      {
        cout << "32";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "dataSourceJID" ))
      {
        cout << "33";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "exam" ))
      {
        cout << "34";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "exposure" ))
      {
        cout << "35";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "framesAverage" ))
      {
        cout << "36";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "gain" ))
      {
        cout << "37";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "gantryPosition" ))
      {
        cout << "38";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "ncrementAngle" ))
      {
        cout << "39";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "offset" ))
      {
        cout << "40";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "project" ))
      {
        cout << "41";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "protocol" ))
      {
        cout << "42";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "scanTechnique" ))
      {
        cout << "43";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "scanType" ))
      {
        cout << "44";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "sequence" ))
      {
       cout << "45";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "serialNumber" ))
      {
        cout << "46";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "series" ))
      {
        cout << "47";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "seriesVersion" ))
      {
        cout << "48";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "tablePosition" ))
      {
        cout << "49";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "voltage" ))
      {
        cout << "50";
      }
      else if(!strcmp(name_info.c_str(), "voltageUnit" ))
      {
        cout << "51";
      }
 
      else
      { 
        cout << "qwerty";
      }
 
      // afficher la ligne à l'écran
      cout << line << endl;   
    }
 
    //getline(input_file,line);
    //cout << line << endl;
    cout << "blurp" << endl;
    cout << ttype[1] << endl;
    cin.get();
  }
 
}

j'ai essayé ttype[1] et ttype.at(1) ça compile les deux mais quand je lance ça n'affiche pas la variable et ça plante (en attente d'une réponse d'un truc puis plante).

05/02/2013, 23h52
Iradrille

Citation:

Envoyé par svagrim

hum 21% de 200 Go certes ils restent beaucoup mais ça enlève tout de même 42 Go. c'est pas négligeable du tout. je vais envisager ça !

sinon pour la mémoire sur disque, ça swap pas automatiquement avec c++ ?
parce que oui il va bien falloir que ça swap j'ai que 60 Go de ram.

Le swap est géré par le système, ça ne dépend pas du tout du langage.
Le problème du swap c'est que tu auras très certainement des moins bonnes performances qu'avec stxxl, et qu'avec ~160Go de données tu risques fort de remplir le swap, et dans ce cas, ça plantera.
06/02/2013, 00h17
svagrim

y a un lien entre le stxxl et boost ?
parce que j'étais en train de me documenter sur la library boost et je vois que stxxl en parle.

bon ba sinon ça me fait encore un truc à regarder de plus :)
dure la reprise en c++ :) je suis physicien moi pas informaticien :) vais en passer des week end sur mon programme je crois.