Undefined subroutine &Bio::SearchIO called

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23/11/2011, 11h13
alaninho

Undefined subroutine &Bio::SearchIO called

Bonjour,

lorsque je lance mon programme, j'ai cette erreur et je ne sais pas comment la résoudre.

j'aimerai lire le fichier d'un blast.

Merci

Alaninho
23/11/2011, 11h19
Beniou

Bonjour,

Sans code à l'appui qui donne cette erreur, cela va être difficile de répondre à ton problème...

désolé, je pensais l'avoir mis, le voici :

Code:

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#!/usr/bin/perl -w
 
use Bio::SearchIO;
 
 
sub filtre_blast {
	$in=Bio::SearchIO(-format=>'blast', -file=>"out_blast.txt");
	while($result=$in->next_result){
		while($hit=$result->next_hit){
			while($hsp=$hit->next_hsp){
				next if($hsp->length('total')>100);
				next if($hsp->percent_identity>80);
				next if($hsp->evalue<0.05);
				print $result->query_name."\t".$hsp->start('query')."\t".$hsp->end('query')."\n";
			}
		}
	}
}
 
filtre_blast();

23/11/2011, 15h35
Beniou
Bio::SearchIO est le module.

Pour lire ton fasta tu dois utiliser la méthode new de ce module:
Code:

1 2 $in=Bio::SearchIO->new(-format=>'blast', -file=>"out_blast.txt");